Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,916,833 – 5,916,935 |
Length | 102 |
Max. P | 0.975162 |
Location | 5,916,833 – 5,916,935 |
---|---|
Length | 102 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 78.16 |
Mean single sequence MFE | -37.18 |
Consensus MFE | -33.14 |
Energy contribution | -32.31 |
Covariance contribution | -0.83 |
Combinations/Pair | 1.24 |
Mean z-score | -2.66 |
Structure conservation index | 0.89 |
SVM decision value | 1.73 |
SVM RNA-class probability | 0.974590 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 5916833 102 + 27905053 AGCGAAUUU-UCCA--------------UAUGCAACUGCCAUUGGGAUAC-ACCCUGUGCUCGCUUUGAAUGAAAUGCAAGCAAGUGAACACAGCUGGUGGUAUCCAGUGGCCGUU--UG .(((.((..-...)--------------).)))(((.(((((((((...(-((((((((.((((((.(..((.....))..))))))).)))))..))))...))))))))).)))--.. ( -36.20) >DroGri_CAF1 35320 100 + 1 AGCU---UU-UCGC--------------UGUGCAAUUGCCACUGGGAUAUUGCCCUGUGCUCGCUUUGAAUAUUGUGUAAGCAAGUGAACACAGCUGGUGGUAUCCAGUGGCCGUU--UG (((.---..-..))--------------)....(((.((((((((.((((..(((((((.((((((.(..(((...)))..))))))).)))))..))..)))))))))))).)))--.. ( -38.70) >DroWil_CAF1 38684 108 + 1 AGCU----U-UCUA------GAUUCUUCUGUGCAACUGCCACUGGGAUAC-ACCCUGUGCUCGCUUUGAAUAUUGUGCAAACAAGUGAACACAGCUGGUGGUAUCCAGUGGCCGUUUUUU .((.----.-..((------((....)))).))(((.(((((((((...(-((((((((.(((((........(((....)))))))).)))))..))))...))))))))).))).... ( -39.00) >DroMoj_CAF1 36431 98 + 1 AGCU---UUCUCUC--------------UGUGCAAUUGCCGCUGGGAUAC-ACCCUGUGCUCGCUUUGAGU--UUAUGUUGCAAGUGAACACAGCUGGUGGUAUCCAGAGGCCGUU--GA ....---.......--------------....((((.(((.(((((...(-((((((((.((((((...((--.......)))))))).)))))..))))...))))).))).)))--). ( -34.00) >DroAna_CAF1 30874 99 + 1 AGCUCAUUU----G--------------UGUGCAUCGGCUGCUGGGAUAC-ACCCUGUGCUCGCUUUGAAUGAAAUGCAAGCAAGUGAACACAGCUGGUGGUAUCCAGUGGCCGUU--UU .((.((...----.--------------)).))..((((..(((((...(-((((((((.((((((.(..((.....))..))))))).)))))..))))...)))))..))))..--.. ( -41.20) >DroPer_CAF1 35239 112 + 1 AGCU---CU-UCCGUGUCUCGUGU-CUCUGUGCAACUGCCGUUGGGAUAC-ACCCUGUGCUCGCUUUGAAUAUGGUGCAAGCAAGUGAACACAGCUGGUGGUAUCCAAUGGCCGUU--CU .((.---(.-.(((.....)).).-....).))(((.(((((((((...(-((((((((.((((((................)))))).)))))..))))...))))))))).)))--.. ( -33.99) >consensus AGCU___UU_UCCA______________UGUGCAACUGCCACUGGGAUAC_ACCCUGUGCUCGCUUUGAAUAUUGUGCAAGCAAGUGAACACAGCUGGUGGUAUCCAGUGGCCGUU__UU .................................(((.((((((((.((((.((((((((.((((((................)))))).)))))..))).)))))))))))).))).... (-33.14 = -32.31 + -0.83)
Location | 5,916,833 – 5,916,935 |
---|---|
Length | 102 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 78.16 |
Mean single sequence MFE | -33.77 |
Consensus MFE | -29.28 |
Energy contribution | -29.72 |
Covariance contribution | 0.44 |
Combinations/Pair | 1.04 |
Mean z-score | -2.84 |
Structure conservation index | 0.87 |
SVM decision value | 1.74 |
SVM RNA-class probability | 0.975162 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 5916833 102 - 27905053 CA--AACGGCCACUGGAUACCACCAGCUGUGUUCACUUGCUUGCAUUUCAUUCAAAGCGAGCACAGGGU-GUAUCCCAAUGGCAGUUGCAUA--------------UGGA-AAAUUCGCU ..--(((.((((..((((((.(((..((((((((.(((...((.....))....))).)))))))))))-))))))...)))).))).....--------------....-......... ( -32.40) >DroGri_CAF1 35320 100 - 1 CA--AACGGCCACUGGAUACCACCAGCUGUGUUCACUUGCUUACACAAUAUUCAAAGCGAGCACAGGGCAAUAUCCCAGUGGCAAUUGCACA--------------GCGA-AA---AGCU ..--....(((((((((((...((..((((((((.(((................))).))))))))))...))).))))))))........(--------------((..-..---.))) ( -32.69) >DroWil_CAF1 38684 108 - 1 AAAAAACGGCCACUGGAUACCACCAGCUGUGUUCACUUGUUUGCACAAUAUUCAAAGCGAGCACAGGGU-GUAUCCCAGUGGCAGUUGCACAGAAGAAUC------UAGA-A----AGCU ........((((((((((((.(((..((((((((.(((................))).)))))))))))-)))).))))))))((((....(((....))------)...-.----)))) ( -37.79) >DroMoj_CAF1 36431 98 - 1 UC--AACGGCCUCUGGAUACCACCAGCUGUGUUCACUUGCAACAUAA--ACUCAAAGCGAGCACAGGGU-GUAUCCCAGCGGCAAUUGCACA--------------GAGAGAA---AGCU .(--((..(((.((((((((.(((..((((((((.(((.........--.....))).)))))))))))-)))).)))).)))..)))....--------------.......---.... ( -33.04) >DroAna_CAF1 30874 99 - 1 AA--AACGGCCACUGGAUACCACCAGCUGUGUUCACUUGCUUGCAUUUCAUUCAAAGCGAGCACAGGGU-GUAUCCCAGCAGCCGAUGCACA--------------C----AAAUGAGCU ..--..((((..((((((((.(((..((((((((.(((...((.....))....))).)))))))))))-)))).))))..))))..((.((--------------.----...)).)). ( -34.30) >DroPer_CAF1 35239 112 - 1 AG--AACGGCCAUUGGAUACCACCAGCUGUGUUCACUUGCUUGCACCAUAUUCAAAGCGAGCACAGGGU-GUAUCCCAACGGCAGUUGCACAGAG-ACACGAGACACGGA-AG---AGCU ..--(((.(((.((((((((.(((..((((((((.(((................))).)))))))))))-)))).)))).))).)))........-..........(...-.)---.... ( -32.39) >consensus AA__AACGGCCACUGGAUACCACCAGCUGUGUUCACUUGCUUGCACAAUAUUCAAAGCGAGCACAGGGU_GUAUCCCAGCGGCAGUUGCACA______________CAGA_AA___AGCU ........(((.((((((((.(((..((((((((.(((................))).))))))))))).)))).)))).)))..................................... (-29.28 = -29.72 + 0.44)
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