Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 868,989 – 869,109 |
Length | 120 |
Max. P | 0.958475 |
Location | 868,989 – 869,109 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 4 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 88.45 |
Mean single sequence MFE | -43.93 |
Consensus MFE | -32.06 |
Energy contribution | -33.38 |
Covariance contribution | 1.31 |
Combinations/Pair | 1.06 |
Mean z-score | -3.82 |
Structure conservation index | 0.73 |
SVM decision value | 1.49 |
SVM RNA-class probability | 0.958475 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 868989 120 - 27905053 AAAGCAAACACAGGUACGAUUACGGUUACGGCUAUGGCUGUGGCUGUGGCUGUGGCUGUGGCUGUGGUGCCCGUGUAAAAGUAUCUGUGGCUCCGUAUCUGUAUCCGAAAGAUACGCAUA ...((...(((((((((...((((((((((((((((((((..((....))..)))))))))))))))...))))).....))))))))).....((((((.........))))))))... ( -53.30) >DroSec_CAF1 44023 108 - 1 AAAGCAAACACAGAUACGAUUACGGUUACGGCUAUGGCUCUGGU------------UGUGGCUGUGGUGCCCGUGUAAAAGUAUCUGUGGCUCCGUAUCUGUAUCCGAAAGAUACGCAUA ...((...(((((((((...((((((((((((((..((....))------------..)))))))))...))))).....))))))))).....((((((.........))))))))... ( -44.00) >DroSim_CAF1 43228 108 - 1 AAAGCAAACACAGAUACGAUUACGGUUACGGCUAUGGCUCUGGU------------UGUGGCUGUGGUGGCCGUGUAAAAGUAUCUGUGGCUCCGUAUCUGUAUCCGAAAGAUACGCAUA ...((...(((((((((...((((((((((((((..((....))------------..))))))))...)))))).....))))))))).....((((((.........))))))))... ( -45.50) >DroEre_CAF1 43245 106 - 1 AAAGCAAAC--AGAUACGAUUACGGUUACGGCUCUGGCUCUGGC------------UCUGGCUGUGCUGCCCGUUCAAGACUAUCUGUGGCUCCGUAUCUGUAUCCGAGAGAUACGCAUA ..(((..((--(((((.....((((.(((((((..(((....))------------)..)))))))....)))).......))))))).))).(((((((.(.....).))))))).... ( -32.90) >consensus AAAGCAAACACAGAUACGAUUACGGUUACGGCUAUGGCUCUGGC____________UGUGGCUGUGGUGCCCGUGUAAAAGUAUCUGUGGCUCCGUAUCUGUAUCCGAAAGAUACGCAUA ...((...(((((((((...((((((((((((((((((....))............)))))))))))...))))).....))))))))).....((((((.........))))))))... (-32.06 = -33.38 + 1.31)
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