Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,813,682 – 5,813,792 |
Length | 110 |
Max. P | 0.691154 |
Location | 5,813,682 – 5,813,792 |
---|---|
Length | 110 |
Sequences | 6 |
Columns | 119 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.26 |
Mean single sequence MFE | -42.35 |
Consensus MFE | -22.45 |
Energy contribution | -24.07 |
Covariance contribution | 1.62 |
Combinations/Pair | 1.21 |
Mean z-score | -2.21 |
Structure conservation index | 0.53 |
SVM decision value | 0.33 |
SVM RNA-class probability | 0.691154 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 5813682 110 + 27905053 CUAAAAUGACCACCACAGUGGUGCGUUUGGCGGCCGAGGUGGCUGCCGGCAAGCAGCUACCCUCGUCGUUGACCAUCAAAACCAACAAGCGCUACGGUGGCC---CGGUGCAG------ ......(((((.((((.(((((((..((((((((.(((((((((((......))))))).))))))))(((.....)))..))))...))))))).))))..---.))).)).------ ( -46.30) >DroVir_CAF1 102236 116 + 1 CCAAAAUGACAACAACUGUGGUGCGAUUGGCGGCCGAGGUGGCGGCGGGCAAACAGCUGCCUGCCUCGCUCACUAUCAAAACCAAUAAACGCUAUGGCAUACACCACAUACAA---CCA ................(((((((.(((.((.(..((((((((((((.(.....).)))))).))))))..).))))).............((....))...))))))).....---... ( -38.10) >DroSim_CAF1 105922 110 + 1 CUAAAAUGACCACCACAGUGGUGCGUUUGGCGGCCGAGGUGGCUGCCGGCAAGCAGCUACCCCCGUCGUUGACCAUCAAAACCAACAAGCGCUACGGUGGUC---AGGUGCAG------ ......((((((((...(((((((....(((((..(.(((((((((......)))))))))))))))((((...........))))..))))))))))))))---).......------ ( -50.30) >DroEre_CAF1 102125 110 + 1 CGAAAAUGACCACCACAGUGGUGCGAUUGGCGGCCGAGGUGGCUGCCGGCAAGCAGCUACCCUCGUCGCUGACCAUCAAAACCAACAAGCGUUACGGUGGAC---AGGUGCAG------ .(....((.(((((....(((((.(.(..(((((.(((((((((((......))))))).)))))))))..))))))).....(((....)))..))))).)---)....)..------ ( -43.60) >DroYak_CAF1 91113 116 + 1 CAAAAAUGACCACCACAGUGGUGCGAUUGGCCGCCGAGGUGGCUGCCGGCAAGCAGCUACCCUCGUCGUUGACUAUCAAAACCAACAAGCGUUACGGUGCAC---AGAUGCAGCAGCCG ........(((((....)))))......((((((((((((((((((......))))))).)))))..((((...........))))..)))....(.((((.---...)))).).))). ( -40.10) >DroAna_CAF1 57575 109 + 1 CCAAAAUGACAACAACGGUGGUGCGACUGGCAGCUGAAGUGGCGGCAGGCAAACAGCUUCCUGCCUCACUUACCAUCAAAACCAAUCGGCGGUACGGAGC-C---AGUCAGAG------ ......((((......((((((((........))..((((((.((((((.((.....))))))))))))))))))))..........(((........))-)---.))))...------ ( -35.70) >consensus CCAAAAUGACCACCACAGUGGUGCGAUUGGCGGCCGAGGUGGCUGCCGGCAAGCAGCUACCCUCGUCGCUGACCAUCAAAACCAACAAGCGCUACGGUGGAC___AGGUGCAG______ .............(((.(((((((..(((((((.((((((((((((......)))))))))....))))))..........))))...))))))).))).................... (-22.45 = -24.07 + 1.62)
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