Locus 2008

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	5,704,011 – 5,704,177
Length	166
Max. P	0.984749

overview

Window 1

Location	5,704,011 – 5,704,113
Length	102
Sequences	5
Columns	116
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	82.18
Mean single sequence MFE	-29.68
Consensus MFE	-14.07
Energy contribution	-14.15
Covariance contribution	0.08
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-2.29
Structure conservation index	0.47
SVM decision value	0.13
SVM RNA-class probability	0.596126
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5704011 102 + 27905053
CCCAGUAUCCAGUAUCCAGUAUCCAGAGCUCAGCAUUCGGUAUUCA-------CUGUUCAGUAUCUAGUAUCUGGUCU-------GUGGUAUCUGGUAUCCAGCAGAUACUGAUAC
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>DroSec_CAF1 7392 95 + 1
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>DroSim_CAF1 6869 95 + 1
CCCAGUGUUCAGUAUCC-------AGUGCUCAGCAUUCGGUAUACG-------CUGUUCAGUAUCUAGUAUCUGGUCU-------GCGGUAUCUGGUAUCCAGCAGAUACAGAUAC
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>DroEre_CAF1 3253 102 + 1
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>DroYak_CAF1 7548 102 + 1
CCCAGUAUCCAGUAUCC-------AGUGCUCAGCAUUCGGUAUUCA-------CUGUUCAGUAUCUAGUAUCUGGUAUAUGGUAUAUGGUAUCUGGUAUCCAGCAGAUACAGAUAC
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>consensus
CCCAGUAUCCAGUAUCC_______AGUGCUCAGCAUUCGGUAUUCA_______CUGUUCAGUAUCUAGUAUCUGGUCU_______GUGGUAUCUGGUAUCCAGCAGAUACAGAUAC
.((((...................(((((...))))).(((((.................)))))......)))).............(((((((.((((.....))))))))))) (-14.07 = -14.15 +   0.08)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	5,704,050 – 5,704,141
Length	91
Sequences	5
Columns	105
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	88.65
Mean single sequence MFE	-24.01
Consensus MFE	-19.87
Energy contribution	-20.47
Covariance contribution	0.60
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.93
Structure conservation index	0.83
SVM decision value	1.30
SVM RNA-class probability	0.938931
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5704050 91 - 27905053
CAUAAAACUCGAUCGGGUCACAGUACGGGUAUCAGUAUCUGCUGGAUACCAGAUACCAC-------AGACCAGAUACUAGAUACUGAACAG-------UGAAUAC
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>DroSec_CAF1 7424 91 - 1
CAUAAAACUCGAUCGGGUCACAGUACGGGUAUCUGUAUCUGCUGGAUACCAGAUACCGC-------AGACCAGAUACUAGAUAUUGAACAG-------CGUAUAC
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>DroSim_CAF1 6901 91 - 1
CAUAAAACUCGAUCGGGUCACAGUACGGGUAUCUGUAUCUGCUGGAUACCAGAUACCGC-------AGACCAGAUACUAGAUACUGAACAG-------CGUAUAC
......((((....))))..(((((..((((((((..(((((.((((.....)).))))-------))).))))))))...))))).....-------....... ( -25.40)
>DroEre_CAF1 3278 105 - 1
CAUAAAACUCGAUCGGGUCACAGUACGGGUAUCUGUAUCUGCUGGAUACCAGAUACCAUAUACCAUAUACCAGAUACUAGAUACUGAACAGUGAACAGUGAACAC
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>DroYak_CAF1 7580 98 - 1
CAUAAAACUCGAUCGGGUCACAGUACGGGUAUCUGUAUCUGCUGGAUACCAGAUACCAUAUACCAUAUACCAGAUACUAGAUACUGAACAG-------UGAAUAC
.......(((....)))((((.((.(((.((((((((((((((((...)))).....((((...))))..))))))).)))))))).)).)-------))).... ( -23.60)
>consensus
CAUAAAACUCGAUCGGGUCACAGUACGGGUAUCUGUAUCUGCUGGAUACCAGAUACCAC_______AGACCAGAUACUAGAUACUGAACAG_______UGAAUAC
.......((.((((.((((........((((((((((((.....)))).))))))))..........)))).))).).))......................... (-19.87 = -20.47 +   0.60)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	5,704,082 – 5,704,177
Length	95
Sequences	5
Columns	101
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.95
Mean single sequence MFE	-26.58
Consensus MFE	-25.32
Energy contribution	-25.56
Covariance contribution	0.24
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-1.55
Structure conservation index	0.95
SVM decision value	1.98
SVM RNA-class probability	0.984749
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5704082 95 - 27905053
AGAUACAUUUUCAAUGUUUUCCCCUUUUGGGCAGCGCAUAAAACUCGAUCGGGUCACAGUACGGGUAUCAGUAUCUGCUGGAUACCAGAUACCAC------
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>DroSec_CAF1 7456 95 - 1
AGAUACAUUUUCAGUGUUUUCCCCUUUUGGGCAGCGCAUAAAACUCGAUCGGGUCACAGUACGGGUAUCUGUAUCUGCUGGAUACCAGAUACCGC------
...(((.......(((((...(((....))).))))).....((((....))))....)))..((((((((((((.....)))).))))))))..------ ( -27.30)
>DroSim_CAF1 6933 95 - 1
AGAUACAUUUUCAGUGUUUUCCCCUUUUGGGCAGCGCAUAAAACUCGAUCGGGUCACAGUACGGGUAUCUGUAUCUGCUGGAUACCAGAUACCGC------
...(((.......(((((...(((....))).))))).....((((....))))....)))..((((((((((((.....)))).))))))))..------ ( -27.30)
>DroEre_CAF1 3318 101 - 1
AGAUACAUUUUCAGUGUUUUCCCCUUUUGGGCAGCACAUAAAACUCGAUCGGGUCACAGUACGGGUAUCUGUAUCUGCUGGAUACCAGAUACCAUAUACCA
...(((.......(((((...(((....))).))))).....((((....))))....)))..((((((((((((.....)))).))))))))........ ( -27.70)
>DroYak_CAF1 7613 101 - 1
AGAUACAUUUUCAGUGUUUUCCCCUUUUGGGCAGCGCAUAAAACUCGAUCGGGUCACAGUACGGGUAUCUGUAUCUGCUGGAUACCAGAUACCAUAUACCA
...(((.......(((((...(((....))).))))).....((((....))))....)))..((((((((((((.....)))).))))))))........ ( -27.30)
>consensus
AGAUACAUUUUCAGUGUUUUCCCCUUUUGGGCAGCGCAUAAAACUCGAUCGGGUCACAGUACGGGUAUCUGUAUCUGCUGGAUACCAGAUACCAC______
...(((.......(((((...(((....))).))))).....((((....))))....)))..((((((((((((.....)))).))))))))........ (-25.32 = -25.56 +   0.24)

alignment

secondary structure

dotplot

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