Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,688,471 – 5,688,670 |
Length | 199 |
Max. P | 0.954699 |
Location | 5,688,471 – 5,688,564 |
---|---|
Length | 93 |
Sequences | 6 |
Columns | 100 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.34 |
Mean single sequence MFE | -31.73 |
Consensus MFE | -20.87 |
Energy contribution | -21.23 |
Covariance contribution | 0.36 |
Combinations/Pair | 1.04 |
Mean z-score | -2.91 |
Structure conservation index | 0.66 |
SVM decision value | 1.45 |
SVM RNA-class probability | 0.954699 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 5688471 93 + 27905053 --GCUGGCUACUUAGUUUCCGAGGCAU----UUGGU-UGCUGUUGCCAUAUUGGCUGCGACAUAUAGUUGCGUUAUGGCCAAAUGAUUGAGUGGGCCAAU --..((((((((((((........(((----(((((-(......(((.....))).(((((.....))))).....)))))))))))))))).))))).. ( -31.10) >DroSec_CAF1 29863 95 + 1 UUCCUGGCUACUUAGUUGCCGAGCCAG----UUGGU-UGCUUUUGCCAUAUUGGCUGCGAUGUAUAGUUGCGUUAUGGCCAAAUGAUUGAGUGGGCCAAU ....(((((((((((((((((((((((----(((((-.......)))).)))))))(((((.....)))))....)))).....)))))))).))))).. ( -35.80) >DroSim_CAF1 31035 93 + 1 ---CUGGCUACUUAGUUGCCGAGGCAG----UUGGUGCGCUGUUGCCAUAUUGGCUGCGAUAUAUAGUUGCGUUAUGGCCAAAUGAUUGAGUGGGCCAAU ---.(((((((((((((((((..((((----(..(((.((....))..)))..)))(((((.....)))))))..)))).....)))))))).))))).. ( -32.20) >DroEre_CAF1 27720 78 + 1 ----UGGCUACUUAGUUGCAGAGGCAG----------------UUUUGUAUUGGCUGCGA--UAUAGUUGCAUUAUGGCCAAAUGAUUGAGUGGGCCAAG ----(((((((((((((((((((....----------------)))))).((((((((((--(...))))).....))))))..)))))))).))))).. ( -25.50) >DroYak_CAF1 31068 93 + 1 ----UGGCUACUUAGUUGCAGAGGCAGAGAGUUGGU-AGCUGCUGCUGUAUUGGCUGCGA--UAUAGUUGCGUUAUGGCCAAAUGAUUGAGAGGGCCAAG ----(((((.(((((((((((.(((((..(.....)-..))))).)))).((((((((((--(...))))).....))))))..)))))))..))))).. ( -32.10) >DroAna_CAF1 31189 87 + 1 UUCUUGGCUACUUAGUUGCAGGGGCCG----UUGGC-UG------GUUUAUUGGCUGCGA--UUUAGUUGCGUUAUGGCCAAAUGAUUGAGUGGCCUAAG ..(((((((((((((((.....(((((----(.(((-..------(....)..)))((((--(...)))))...))))))....)))))))))))).))) ( -33.70) >consensus ___CUGGCUACUUAGUUGCAGAGGCAG____UUGGU_UGCUGUUGCCAUAUUGGCUGCGA__UAUAGUUGCGUUAUGGCCAAAUGAUUGAGUGGGCCAAG ....(((((((((((((((....)).........................((((((((((.......)))).....))))))..)))))))))).))).. (-20.87 = -21.23 + 0.36)
Location | 5,688,564 – 5,688,670 |
---|---|
Length | 106 |
Sequences | 4 |
Columns | 112 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 81.48 |
Mean single sequence MFE | -37.92 |
Consensus MFE | -22.67 |
Energy contribution | -22.43 |
Covariance contribution | -0.25 |
Combinations/Pair | 1.30 |
Mean z-score | -2.60 |
Structure conservation index | 0.60 |
SVM decision value | 1.32 |
SVM RNA-class probability | 0.941978 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 5688564 106 + 27905053 AGUGGCGCUAAUGCGGAAUCGUGCUAGAGCUCGCCACUCGAAUAUGGCG--GCAACGUGCAAAAGUGCCAUAA-UGCUGCGCCAUACAAUCAUUAGCAUACUGUCA---AUG .(((((((....(((..((.(..((...((.(((((........))))(--....)).))...))..).))..-))).))))))).....((((..(.....)..)---))) ( -31.30) >DroEre_CAF1 27798 104 + 1 AGUGGCGCUAAUGCGGAAUCGUGCUAGUGCCUGCCACUCGAAUGUGGCG--GCAACGUGCAAAAGUGCCAUAA-UGCUGCUCCAU--AAUCAUUAGCAUACUGGCA---AUG ...(((((((..(((....)))..)))))))((((((......))))))--((.....)).....(((((..(-(((((......--......))))))..)))))---... ( -36.80) >DroYak_CAF1 31161 109 + 1 AGUGGCGCUAAUGCGGAAUCGUGCUAGUGGCUGCCACUCGAAAGUGGUGGUGCAACGUGCAGAAGUGCCAUAA-UGCUGCACCAU--AAUCAUUAGCAUACUGGCAAUAAUG .....(((....)))......(((((((((((((((((....))))))((((((.((((((....)))....)-)).))))))..--.......))).))))))))...... ( -37.40) >DroAna_CAF1 31276 104 + 1 AGUGCCACUAAUGGGG-AGCGUGCCGAGGCAUGCCUCUCGACAAUGGCA--GCAACGUGCGAAAGUUGCACAAUUGCUGCCCCAU--AAUCAUUAUCCAACUGGCA---CUG (((((((....((((.-.((((((....))))))..)))).....((((--((((.((((((...))))))..))))))))....--..............)))))---)). ( -46.20) >consensus AGUGGCGCUAAUGCGGAAUCGUGCUAGUGCCUGCCACUCGAAAAUGGCG__GCAACGUGCAAAAGUGCCAUAA_UGCUGCACCAU__AAUCAUUAGCAUACUGGCA___AUG .((((((((..((((....(((((.......((((((......))))))..)).)))))))..))))))))......................................... (-22.67 = -22.43 + -0.25)
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