Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,620,372 – 5,620,463 |
Length | 91 |
Max. P | 0.982003 |
Location | 5,620,372 – 5,620,463 |
---|---|
Length | 91 |
Sequences | 6 |
Columns | 99 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 76.91 |
Mean single sequence MFE | -34.05 |
Consensus MFE | -23.98 |
Energy contribution | -24.62 |
Covariance contribution | 0.64 |
Combinations/Pair | 1.21 |
Mean z-score | -2.35 |
Structure conservation index | 0.70 |
SVM decision value | 1.90 |
SVM RNA-class probability | 0.982003 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 5620372 91 - 27905053 GAGGGCUUCCCAGGUGGCUGUUGGGCCAAAAUGUUGGCCAGCGGCUCCCUCACACUAAUGCUUGUGUAUCCCUCUGU--GGAAU------AAAACAUUU (((((......(((..((((((((.((((....))))))))))))..))).((((........))))..)))))(((--.....------...)))... ( -34.80) >DroPse_CAF1 6709 97 - 1 GGAGGCUUGCCCGGUGGCUGUUGUGCCAGUAUAUUGGCCAGCGGCUCACGCACGCUAAUACUUGUGUAUCCCUCUGU--GAAGUGGUUAAAGAUCAUUC (((((........((((((((((.(((((....)))))))))))).)))(((((........)))))...)))))..--..(((((((...))))))). ( -32.70) >DroWil_CAF1 3205 93 - 1 GGCGGUUUACCGGGUGGCUGUUGCGCCAAUAUAUUGGCCAAAGGCUCCCGCACACUGAUGCUGGUAUAGCCCUCUAUUUAAAAU------AAUAAAUGU (((....(((((((.((((.(((.(((((....)))))))).)))))))(((......))).))))..)))...((((((....------..)))))). ( -30.60) >DroYak_CAF1 3100 91 - 1 GGGGGUUUCCCUGGGGGCUGUUGGGCCAAAAUGUUGGCCAGCGGCUCCCUCACACUAAUGCUUGUGUAUCCCUCUGC--AGAAU------AAAACAUUU (((((.......((((((((((((.((((....))))))))))))))))..((((........))))..)))))...--.....------......... ( -38.30) >DroAna_CAF1 3483 91 - 1 GACGGCUUUCCUGGUGGCUGUUGGGCUAAAAUAUUUGCCAGCGGUUCCCGCACGCUGAUGCUUGUGUAGCCCUCUGC--AAAUA------AGUAGAUUA (((((((........)))))))(((((...((((..(((((((((....)).)))))..))..)))))))))(((((--.....------.)))))... ( -31.90) >DroPer_CAF1 7083 97 - 1 GGAGGCUUGCCCGGUGGCUGUUGCGCCAGUAUAUUGGCCAGCGGCUCACGCACGCUAAUGCUUGUGUAUCCCUCUGU--GAAGUGGUUAAAGAUCAUUC (((((..(((...((((((((((.(((((....)))))))))))).)))(((.((....)).))))))..)))))..--..(((((((...))))))). ( -36.00) >consensus GGAGGCUUCCCCGGUGGCUGUUGGGCCAAAAUAUUGGCCAGCGGCUCCCGCACACUAAUGCUUGUGUAUCCCUCUGU__AAAAU______AAAACAUUU (((((.......((.((((((((.(((((....))))))))))))).))..((((........))))...)))))........................ (-23.98 = -24.62 + 0.64)
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