Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,604,275 – 5,604,383 |
Length | 108 |
Max. P | 0.715890 |
Location | 5,604,275 – 5,604,383 |
---|---|
Length | 108 |
Sequences | 6 |
Columns | 112 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 75.84 |
Mean single sequence MFE | -27.18 |
Consensus MFE | -18.13 |
Energy contribution | -17.93 |
Covariance contribution | -0.19 |
Combinations/Pair | 1.12 |
Mean z-score | -1.25 |
Structure conservation index | 0.67 |
SVM decision value | 0.39 |
SVM RNA-class probability | 0.715890 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 5604275 108 + 27905053 UGUUCCAUGCUACGGAGAUUCUUUGAUGGAACCG----AUCUAACUAUGAUAUACCAUCUCAUUUUCAGCCGUGCCUGCUCUAACCGCCACGGUCUGAUCCGCAAGUAUGGC ....(((((((.((((........(((((.....----(((.......)))...)))))......(((((((((...((.......))))))).))))))))..))))))). ( -32.80) >DroSec_CAF1 546 108 + 1 UGUUCCAUGCUACGGAGAUUCUCUAAUGGAACCG----AACUAAAUAUGAUAUACCGUCUCAUUUUCAGCCGUGCCUGCUCUAACCGCCACGGUCUGAUCCGCAAGUAUGGC .(((((((.....((((...)))).))))))).(----((...(((..(((.....)))..)))))).(((((((.(((((..((((...))))..))...))).))))))) ( -27.60) >DroEre_CAF1 552 107 + 1 UGUGCCAUGCUAUGGAGUUUCUUGUAUGAAACCG----AUGUAACUAUGAUAUACCAUCUUAUUUU-AGCCGUGCCUGCUCUAACCGCCACGGUCUGAUCCGCAAGUACGGC ((((.((((.(((.(.(((((......)))))).----)))....)))).))))............-.(((((((.(((((..((((...))))..))...))).))))))) ( -27.00) >DroYak_CAF1 417 107 + 1 UGUGCCAUGCUCUGGAGAUUCUCUGAUGGAACCG----AUGUAAUCAUAAUAUACCAUCUCAUUUU-AGCCGUGCCUGCUCUAACCGCCACGGUCUGAUCCGCAAGUACGGC ....(((.....))).........(((((.....----(((....)))......))))).......-.(((((((.(((((..((((...))))..))...))).))))))) ( -27.50) >DroAna_CAF1 419 104 + 1 UGUGCCAAUUUAUGCCAAUUGUGUGGUAGGACGU----AU----CAGUAAUCCAUAAUCUAUAUUUCAGCCGUGCCUGCUCUAACCGCCACGGUCUGAUCCGCAAGUACGGC .....(((((......)))))(((((....((..----..----..))...)))))............(((((((.(((((..((((...))))..))...))).))))))) ( -25.90) >DroPer_CAF1 429 105 + 1 UUUGCCAAAUCUCAAACAAUCUAUA---CAAGCAUAGAAUCUACUUAUGACUU---GUUUA-AUUCCAGCCGUGCCUGCUCUAACCGUCACGGUCUCAUCCGCAAGUACGGU .....................((.(---(((((((((.......))))).)))---)).))-......(((((((.(((....((((...)))).......))).))))))) ( -22.30) >consensus UGUGCCAUGCUACGGAGAUUCUCUGAUGGAACCG____AUCUAACUAUGAUAUACCAUCUCAUUUUCAGCCGUGCCUGCUCUAACCGCCACGGUCUGAUCCGCAAGUACGGC ....................................................................(((((((.(((((..((((...))))..))...))).))))))) (-18.13 = -17.93 + -0.19)
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