Locus 1962

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 5,539,320 – 5,539,422
Length 102
Max. P 0.669820
window3219 window3220

overview

Window 9

Location 5,539,320 – 5,539,422
Length 102
Sequences 6
Columns 116
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.56
Mean single sequence MFE -27.30
Consensus MFE -16.30
Energy contribution -16.47
Covariance contribution 0.17
Combinations/Pair 1.38
Mean z-score -1.36
Structure conservation index 0.60
SVM decision value -0.07
SVM RNA-class probability 0.500000
Prediction OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5539320 102 + 27905053
GGUUC---GUCCAAGCGUUGGGAAAGCGUCGACACUGUAAACAGUGAGUGUAGACAC-----UGACCUC---AUAACGCUAGAUUAACUUAAAACUGAGACGU--UAA-CGUUUUA
((((.---(((..(((((((....((.(((..(((((....)))))((((....)))-----)))))).---.))))))).))).))))......(((((((.--...-))))))) ( -30.40)
>DroSec_CAF1 20388 100 + 1
GGUUC---GGCUAAGCGUUGGGAAAGCGUCGACACU--AAACAGUGAGUGUAGACAC-----UGACCUC---GUAACGCAAGAUUAACUUAAAACUGAGACGU--UAA-UGUUUUA
(.(((---((....((((((.((.((.(((.(((((--........))))).))).)-----)....))---.))))))(((.....)))....))))).)..--...-....... ( -23.60)
>DroSim_CAF1 18787 102 + 1
GGUUC---GGCUAAGCGUUGGGAAAGCGUCGACACUGUAAACAGUGAGUGUAGACAC-----UGACCUC---AUAACGCUAGAUUAACUUAAAACUGAGACGU--UAA-CGUUUUA
((((.---..(((.((((((....((.(((..(((((....)))))((((....)))-----)))))).---.)))))))))...))))......(((((((.--...-))))))) ( -29.20)
>DroEre_CAF1 18766 102 + 1
CGUUU---GGCUAAGCGUUGAGGAAGCGUCGACACUGUAAGUAGUGCGUGUAGACAC-----UGACCUA---AUAACGCUAGAUUAACUUAAAACUGAGACGU--UAU-CGUUUUA
.(((.---..(((.(((((((((.((.(((.((((.(((.....))))))).))).)-----)..))).---.)))))))))...))).......(((((((.--...-))))))) ( -28.70)
>DroYak_CAF1 18715 102 + 1
GCUCC---GGCUAAGCGUUGGGUAAGCGUCGACACUGUAAACAGUGAGUGUAGACAC-----UGACCUU---UCAGCGCUAGAUUAAUUUAAAACUGACACGU--UAA-CGUUUUA
((...---.))..((((((((..(((.(((..(((((....)))))((((....)))-----)))))))---))))))))...............(((.(((.--...-))).))) ( -27.10)
>DroPer_CAF1 19335 108 + 1
GCAUAGAAAGAUAAGCGCCCAG-ACUCGUCGACGUUGCGCACAGU------AUACAACGUCGUGACCAAUGGUUGGCGCUAGAUAAAACC-AAACUGAAACGCUUUAUUAGUUCCA
.....(((....(((((..(((-..(((.((((((((........------...)))))))))))....(((((..(....)....))))-)..)))...)))))......))).. ( -24.80)
>consensus
GGUUC___GGCUAAGCGUUGGGAAAGCGUCGACACUGUAAACAGUGAGUGUAGACAC_____UGACCUC___AUAACGCUAGAUUAACUUAAAACUGAGACGU__UAA_CGUUUUA
.............(((((((.......((((.(((((....))))).(((....))).....)))).......)))))))...............(((((((.......))))))) (-16.30 = -16.47 +   0.17)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 5,539,320 – 5,539,422
Length 102
Sequences 6
Columns 116
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.56
Mean single sequence MFE -26.68
Consensus MFE -14.01
Energy contribution -15.04
Covariance contribution 1.03
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -1.80
Structure conservation index 0.53
SVM decision value 0.29
SVM RNA-class probability 0.669820
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5539320 102 - 27905053
UAAAACG-UUA--ACGUCUCAGUUUUAAGUUAAUCUAGCGUUAU---GAGGUCA-----GUGUCUACACUCACUGUUUACAGUGUCGACGCUUUCCCAACGCUUGGAC---GAACC
((((((.-...--........)))))).(((..((((((((..(---(.((..(-----(((((......(((((....)))))..))))))..)))))))).)))).---.))). ( -28.20)
>DroSec_CAF1 20388 100 - 1
UAAAACA-UUA--ACGUCUCAGUUUUAAGUUAAUCUUGCGUUAC---GAGGUCA-----GUGUCUACACUCACUGUUU--AGUGUCGACGCUUUCCCAACGCUUAGCC---GAACC
((((((.-...--........)))))).(((...((.(((((..---(.((..(-----(((((.(((((........--))))).))))))..))))))))..))..---.))). ( -23.70)
>DroSim_CAF1 18787 102 - 1
UAAAACG-UUA--ACGUCUCAGUUUUAAGUUAAUCUAGCGUUAU---GAGGUCA-----GUGUCUACACUCACUGUUUACAGUGUCGACGCUUUCCCAACGCUUAGCC---GAACC
((((((.-...--........)))))).(((...(((((((..(---(.((..(-----(((((......(((((....)))))..))))))..)))))))).)))..---.))). ( -26.00)
>DroEre_CAF1 18766 102 - 1
UAAAACG-AUA--ACGUCUCAGUUUUAAGUUAAUCUAGCGUUAU---UAGGUCA-----GUGUCUACACGCACUACUUACAGUGUCGACGCUUCCUCAACGCUUAGCC---AAACG
((((((.-...--........)))))).(((...((((((((..---.(((..(-----(((((.((((............)))).)))))).))).))))).)))..---.))). ( -25.20)
>DroYak_CAF1 18715 102 - 1
UAAAACG-UUA--ACGUGUCAGUUUUAAAUUAAUCUAGCGCUGA---AAGGUCA-----GUGUCUACACUCACUGUUUACAGUGUCGACGCUUACCCAACGCUUAGCC---GGAGC
......(-(((--((((.(((((.(((........))).)))))---..(((.(-----(((((......(((((....)))))..)))))).)))..))).))))).---..... ( -26.60)
>DroPer_CAF1 19335 108 - 1
UGGAACUAAUAAAGCGUUUCAGUUU-GGUUUUAUCUAGCGCCAACCAUUGGUCACGACGUUGUAU------ACUGUGCGCAACGUCGACGAGU-CUGGGCGCUUAUCUUUCUAUGC
((((((.........))))))((.(-((........((((((....(((.(((..((((((((..------.......))))))))))).)))-...)))))).......))).)) ( -30.36)
>consensus
UAAAACG_UUA__ACGUCUCAGUUUUAAGUUAAUCUAGCGUUAU___GAGGUCA_____GUGUCUACACUCACUGUUUACAGUGUCGACGCUUUCCCAACGCUUAGCC___GAACC
((((((...............))))))..........(((((.....((((((......(((....))).(((((....)))))..))).)))....))))).............. (-14.01 = -15.04 +   1.03)

alignment

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secondary structure

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