Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,507,334 – 5,507,454 |
Length | 120 |
Max. P | 0.702552 |
Location | 5,507,334 – 5,507,454 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 75.56 |
Mean single sequence MFE | -37.18 |
Consensus MFE | -21.31 |
Energy contribution | -22.10 |
Covariance contribution | 0.79 |
Combinations/Pair | 1.55 |
Mean z-score | -1.59 |
Structure conservation index | 0.57 |
SVM decision value | 0.36 |
SVM RNA-class probability | 0.702552 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 5507334 120 - 27905053 CGUGGUUCUGGUCACCGAGCUGGGUAUGCUUAGCUCACAGAUGGCCGAGUACUUCUUCUAUGCGGUGGUAAUGCUAGUUUGCAUCAUCCUCUAUGCCCUUUUGGCCUUCGAUUACACUCU .(((....(((((...((((((((....))))))))...((.(((((((((.........)))((.((..((((......))))...)).))........)))))).))))))))))... ( -34.60) >DroVir_CAF1 1680 120 - 1 UGUGGUGCUAGUUACCGAAGUAAAUGCGCUUAGCUCUCAAAAGGCUGAGUAUUUCUUUUAUGCCAUGCUUAUGCUGGUGUGCAUCAUAAUCUUUGCCCUGCUGGCCUAUGACUAUGGGCU ((((((((........((((.((((..((((((((.......)))))))))))))))).((((((.((....))))))))))))))))..............(((((((....))))))) ( -35.30) >DroPse_CAF1 3256 120 - 1 UGUGGUUGUGGUCACCGAGCUGGGUUUGCUGAGCUCCCAGAUGGACGAGUACUUCUUCUAUGCGGUGGUAAUGCUGGUUUGCAUCGUAAUCUUUGCACUCCUAGCCUACGACUACAUGCA (((((((((((((((((..(((((...((...)).)))))(((((.(((...))).))))).))))))....(((((..((((..(....)..))))..)).)))))))))))))).... ( -43.50) >DroGri_CAF1 2418 120 - 1 UGUUGUGCUAGUCACCCAGUUGGAUACAUUCAACUCCCAAAAAGACGAGUAUUUCUUCUAUGCAGUGGUGAUGCUGGUCUGCAUCAUUAUCUUCGCCAUGCUGGCCUAUGAUUACCGCUU ....(((.((((((.((((((((.........((((..........))))..............((((((((((......)))))))))).....))).)))))....)))))).))).. ( -30.20) >DroAna_CAF1 1760 120 - 1 CGUAGUCGUUGUCACUGAGCUGGGCAUUUUUAGCUCCCAGAUGGACGGGUACUUCUUCUAUGGAGUAAUUAUGCUAGUUUGCAUCAUCCUAUUCGCCUUGCUGGCUUUUGACUACACGCU .(((((((........((((((((....))))))))((((..((.((((((((((......)))))....((((......))))......)))))))...))))....)))))))..... ( -36.00) >DroPer_CAF1 2777 120 - 1 UGUGGUUGUGGUCACCGAGCUGGGUUUGCUGAGCUCCCAGAUGGACGAGUACUUCUUCUAUGCGGUGGUAAUGCUGGUUUGCAUCGUAAUCUUUGCACUCCUAGCCUACGACUACAUGCA (((((((((((((((((..(((((...((...)).)))))(((((.(((...))).))))).))))))....(((((..((((..(....)..))))..)).)))))))))))))).... ( -43.50) >consensus UGUGGUUCUGGUCACCGAGCUGGGUAUGCUUAGCUCCCAGAUGGACGAGUACUUCUUCUAUGCGGUGGUAAUGCUGGUUUGCAUCAUAAUCUUUGCCCUGCUGGCCUACGACUACACGCU .((((((.((((((((((((((((....))))))))....(((((.(((...))).)))))..)))))....(((((...(((..........)))....)))))))).))))))..... (-21.31 = -22.10 + 0.79)
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