Locus 1942

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 5,484,845 – 5,485,005
Length 160
Max. P 0.999987
window3192 window3193 window3194

overview

Window 2

Location 5,484,845 – 5,484,965
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 91.78
Mean single sequence MFE -48.52
Consensus MFE -44.06
Energy contribution -43.95
Covariance contribution -0.11
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -2.61
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 3.02
SVM RNA-class probability 0.998143
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5484845 120 - 27905053
GGGUCGGGAAUGGAUUUGGUGUUCUUCCCGGAUGCAAUGCUGCAUCUGGUGAAGAUCUCCCGCAUCAUUCGGCAUCCGAGGGGAUCCGUUAUGCUUGUCGGGGUCGGCGGUUCUGGAAAA
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>DroVir_CAF1 23319 120 - 1
GGCUCCGGAAUGGAUUUGGUGUUCUUCCCAGAUGCAAUGCUGCAUUUGGUGAAGAUCUCCCGCAUCAUUCGGCAUCCGAGAGGCAACGUCAUGCUGGUCGGGGUCGGAGGUUCUGGAAAA
...((((((((.(((.(((.(.((((((((((((((....))))))))).)))))...)))).))).((((((.(((((..((((......))))..))))))))))).))))))))... ( -53.40)
>DroGri_CAF1 16904 120 - 1
GGAUCCGGAAUGGAUUUGGUUUUCUUCCCAGAUGCCAUGCUACAUCUGGUGAAGAUCUCCCGCAUCAUUCGGCAUCCGAGAGGCAACGUCAUGCUGGUCGGGGUCGGCGGUUCCGGAAAA
...((((((((.(((.(((...((((((((((((........))))))).)))))....))).)))..(((((.(((((..((((......))))..))))))))))..))))))))... ( -51.60)
>DroWil_CAF1 16929 120 - 1
GGCUCUGGAAUGGAUUUGGUUUUCUUCCCAGAUGCAAUGUUGCAUUUAGUGAAGAUCUCCCGCAUCAUUCGGCAUCCGAGAGGAUCGGUCAUGCUUGUCGGGGUCGGCGGUUCUGGAAAA
(((((((((((((....((...((((((.(((((((....))))))).).)))))...))....))))))(((((((((.....))))..)))))...)))))))............... ( -38.70)
>DroMoj_CAF1 23221 120 - 1
GGCUCCGGAAUGGAUUUGGUUUUCUUCCCAGAUGCAAUGUUGCAUUUGGUGAAGAUCUCCCGCAUCAUUCGGCAUCCGAGAGGCAACGUUAUGCUAGUCGGGGUCGGAGGUUCUGGAAAA
...((((((((.(((.(((...((((((((((((((....))))))))).)))))....))).))).((((((.(((((..((((......))))..))))))))))).))))))))... ( -51.90)
>DroPer_CAF1 12992 120 - 1
GGAUCUGGAAUGGAUUUGGUGUUCUUCCCGGAUGCAAUGCUGCAUCUGGUGAAGAUCUCCCGCAUCAUUCGGCAUCCGAGAGGAUCGGUCAUGCUUGUCGGGGUCGGCGGUUCUGGAAAG
...((..((((.(...((((((((((((((((((((....))))))))).)))))......)))))).(((((.(((((.(((..........))).))))))))))).))))..))... ( -48.10)
>consensus
GGCUCCGGAAUGGAUUUGGUGUUCUUCCCAGAUGCAAUGCUGCAUCUGGUGAAGAUCUCCCGCAUCAUUCGGCAUCCGAGAGGAAACGUCAUGCUUGUCGGGGUCGGCGGUUCUGGAAAA
...((((((((.(((.(((...((((((((((((((....))))))))).)))))....))).)))..(((((.(((((..((..........))..))))))))))..))))))))... (-44.06 = -43.95 +  -0.11)

alignment

Postscript

secondary structure

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dotplot

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Window 3

Location 5,484,885 – 5,485,005
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 92.67
Mean single sequence MFE -41.50
Consensus MFE -34.86
Energy contribution -35.75
Covariance contribution 0.89
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -3.19
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 2.18
SVM RNA-class probability 0.989698
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5484885 120 + 27905053
CUCGGAUGCCGAAUGAUGCGGGAGAUCUUCACCAGAUGCAGCAUUGCAUCCGGGAAGAACACCAAAUCCAUUCCCGACCCUCGCACCAUUUCAUUAAACUGGGCGAGGAACAUGACGAGA
((((.(((..(((((((...((.(.(((((.((.(((((......))))).))))))).).))..)).))))).....((((((.(((.((.....)).)))))))))..)))..)))). ( -43.50)
>DroVir_CAF1 23359 120 + 1
CUCGGAUGCCGAAUGAUGCGGGAGAUCUUCACCAAAUGCAGCAUUGCAUCUGGGAAGAACACCAAAUCCAUUCCGGAGCCUCGCACCAUCUCAUUGAAUUGGGCGAGAAACAUAACGAGA
((((....(((((((((...((.(.(((((.(((.((((......)))).)))))))).).))..)).)))).)))...(((((.(((..((...))..))))))))........)))). ( -41.40)
>DroGri_CAF1 16944 120 + 1
CUCGGAUGCCGAAUGAUGCGGGAGAUCUUCACCAGAUGUAGCAUGGCAUCUGGGAAGAAAACCAAAUCCAUUCCGGAUCCUCGCACCAUCUCAUUGAAUUGGGCGAGGAACAUAACGAGA
((((....(((((((((...((...(((((.((((((((......)))))))))))))...))..)).)))).))).(((((((.(((..((...))..))))))))))......)))). ( -49.20)
>DroWil_CAF1 16969 120 + 1
CUCGGAUGCCGAAUGAUGCGGGAGAUCUUCACUAAAUGCAACAUUGCAUCUGGGAAGAAAACCAAAUCCAUUCCAGAGCCCCUCACCAUUUCAUUAAAUUGGGCAAGGAACAUGACGAGA
((((.((((((((((((...((...(((((.(((.(((((....))))).))))))))...))..)).)))))....((((...................))))..))..)))..)))). ( -32.11)
>DroMoj_CAF1 23261 120 + 1
CUCGGAUGCCGAAUGAUGCGGGAGAUCUUCACCAAAUGCAACAUUGCAUCUGGGAAGAAAACCAAAUCCAUUCCGGAGCCUCGCACCAUCUCAUUGAAUUGGGCGAGAAACAUAACGAGA
((((....(((((((((...((...(((((.(((.(((((....))))).))))))))...))..)).)))).)))...(((((.(((..((...))..))))))))........)))). ( -40.60)
>DroAna_CAF1 16916 120 + 1
CUCGGAUGCCGAAUGAUGCGGGAGAUCUUCACCAGAUGCAGCAUUGCAUCCGGGAAGAAAACCAAAUCCAUUCCCGACCCUCGCACCAUCUCGUUAAACUGGGCGAGGAACAUGACGAGA
((((.(((..(((((((...((...(((((.((.(((((......))))).)))))))...))..)).))))).....((((((.(((...........)))))))))..)))..)))). ( -42.20)
>consensus
CUCGGAUGCCGAAUGAUGCGGGAGAUCUUCACCAAAUGCAGCAUUGCAUCUGGGAAGAAAACCAAAUCCAUUCCGGAGCCUCGCACCAUCUCAUUAAAUUGGGCGAGGAACAUAACGAGA
((((.(((..(((((((...((...(((((.(((.((((......)))).))))))))...))..)).))))).....((((((.(((...........)))))))))..)))..)))). (-34.86 = -35.75 +   0.89)

alignment

Postscript

secondary structure

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Postscript

Window 4

Location 5,484,885 – 5,485,005
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 92.67
Mean single sequence MFE -45.32
Consensus MFE -44.76
Energy contribution -43.98
Covariance contribution -0.78
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -3.09
Structure conservation index 0.99
SVM decision value 5.45
SVM RNA-class probability 0.999987
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5484885 120 - 27905053
UCUCGUCAUGUUCCUCGCCCAGUUUAAUGAAAUGGUGCGAGGGUCGGGAAUGGAUUUGGUGUUCUUCCCGGAUGCAAUGCUGCAUCUGGUGAAGAUCUCCCGCAUCAUUCGGCAUCCGAG
.((((..((((((((((((((...........))).)))))).....((((((....((.(.((((((((((((((....))))))))).))))).).))....))))))))))).)))) ( -49.60)
>DroVir_CAF1 23359 120 - 1
UCUCGUUAUGUUUCUCGCCCAAUUCAAUGAGAUGGUGCGAGGCUCCGGAAUGGAUUUGGUGUUCUUCCCAGAUGCAAUGCUGCAUUUGGUGAAGAUCUCCCGCAUCAUUCGGCAUCCGAG
.((((..((((((((((((((.(((...))).))).)))))).....((((((....((.(.((((((((((((((....))))))))).))))).).))....))))))))))).)))) ( -45.50)
>DroGri_CAF1 16944 120 - 1
UCUCGUUAUGUUCCUCGCCCAAUUCAAUGAGAUGGUGCGAGGAUCCGGAAUGGAUUUGGUUUUCUUCCCAGAUGCCAUGCUACAUCUGGUGAAGAUCUCCCGCAUCAUUCGGCAUCCGAG
.((((..(((.((((((((((.(((...))).))).))))))).(((((...(((.(((...((((((((((((........))))))).)))))....))).))).)))))))).)))) ( -46.60)
>DroWil_CAF1 16969 120 - 1
UCUCGUCAUGUUCCUUGCCCAAUUUAAUGAAAUGGUGAGGGGCUCUGGAAUGGAUUUGGUUUUCUUCCCAGAUGCAAUGUUGCAUUUAGUGAAGAUCUCCCGCAUCAUUCGGCAUCCGAG
....(((..((((((..((..((((....))))))..))))))....((((((....((...((((((.(((((((....))))))).).)))))...))....)))))))))....... ( -36.50)
>DroMoj_CAF1 23261 120 - 1
UCUCGUUAUGUUUCUCGCCCAAUUCAAUGAGAUGGUGCGAGGCUCCGGAAUGGAUUUGGUUUUCUUCCCAGAUGCAAUGUUGCAUUUGGUGAAGAUCUCCCGCAUCAUUCGGCAUCCGAG
.((((..((((((((((((((.(((...))).))).)))))).....((((((....((...((((((((((((((....))))))))).)))))...))....))))))))))).)))) ( -44.70)
>DroAna_CAF1 16916 120 - 1
UCUCGUCAUGUUCCUCGCCCAGUUUAACGAGAUGGUGCGAGGGUCGGGAAUGGAUUUGGUUUUCUUCCCGGAUGCAAUGCUGCAUCUGGUGAAGAUCUCCCGCAUCAUUCGGCAUCCGAG
.((((..((((((((((((((...........))).)))))).....((((((....((...((((((((((((((....))))))))).)))))...))....))))))))))).)))) ( -49.00)
>consensus
UCUCGUCAUGUUCCUCGCCCAAUUCAAUGAGAUGGUGCGAGGCUCCGGAAUGGAUUUGGUUUUCUUCCCAGAUGCAAUGCUGCAUCUGGUGAAGAUCUCCCGCAUCAUUCGGCAUCCGAG
.((((..((((((((((((((.(((...))).))).)))))).....((((((....((...((((((((((((((....))))))))).)))))...))....))))))))))).)))) (-44.76 = -43.98 +  -0.78)

alignment

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