Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,453,755 – 5,453,875 |
Length | 120 |
Max. P | 0.902064 |
Location | 5,453,755 – 5,453,875 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 77.39 |
Mean single sequence MFE | -39.32 |
Consensus MFE | -27.55 |
Energy contribution | -28.87 |
Covariance contribution | 1.31 |
Combinations/Pair | 1.35 |
Mean z-score | -1.61 |
Structure conservation index | 0.70 |
SVM decision value | 1.02 |
SVM RNA-class probability | 0.902064 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 5453755 120 - 27905053 GAACGCUCCUGCAUAUCCUUGCAUUUGUGGCUGUCCAGGCUCUGGGUGCUUGAAAAGACCUUUAAGCAUUCCGGGCACUCGACGGUGGAAUUGCUAUUGCGAUAACAUUGGUGGUUAUCC ...(((...((((......))))...)))((((((.((((((.(((((((((((......))))))))))).)))).)).))))))(((((..(((.((......)).)))..))..))) ( -42.40) >DroSec_CAF1 7744 120 - 1 GAACGCUCCUGCAUAUCCUUGCAUUUGUGGCUGUCCAGGCUCUGGGUGCUUGAAAAGACUUUCAAGCAUACCGGGCACUCGACGGUGGAAUUGCUGUUGCGAUAACAUAGGUGGUUAUCC .(((((....)).........((((((((((((((.((((.((((((((((((((....)))))))))).)))))).)).))))))...(((((....)))))..))))))))))).... ( -44.70) >DroSim_CAF1 7707 120 - 1 GAACGCUCCUGCAUAUCCUUGCAUUUGUGGCUGUCCAGGCUCUGGGUGCUUGAAAAGACCUUCAAGCAUACCGGGCACUCGACGGUGGAAUUGCUGUUGCGAUAACAUAGGUGGUUAUCC .(((((....)).........((((((((((((((.((((.(((((((((((((......))))))))).)))))).)).))))))...(((((....)))))..))))))))))).... ( -44.00) >DroEre_CAF1 6410 111 - 1 GGGUGUUC---------CUCGCAUUUGUGACUGUCCAGGCUUUGGGUACUUGAGAAUACCUUCAAGCAUAUAGGGCACUCAACAGUGGAAUUGCUGUUGCGAUAGCACAGGUGCUUAUCC (((((...---------...(((((((((.(((((...((((((.((.((((((......)))))).)).))))))...(((((((......))))))).)))))))))))))).))))) ( -38.70) >DroYak_CAF1 6372 120 - 1 GGAUUUUCCUGCAUAUCCUCGCAUUUGUGGCUGUCAAGGCUAUGAGUACUUGAGAAGACUUUCAAGCAUACAGGGCACUCAACAGUGGAAUCGCUGUUGCGAUAGCAUAGGUGCUUAUCC ((((..........))))..(((((((((.(((((...(((.((.((.(((((((....))))))).)).)).)))...((((((((....)))))))).))))))))))))))...... ( -40.70) >DroAna_CAF1 7531 117 - 1 ---CCCUCUUCCAGAGACUGACACUUAUGCAAGUCUAAUCCUCGGCUGGUGGGAAAAACCUUCAAGCAAACAGGGCACUCGACGGCGGAGUUAUUGGUUUUGAAGCACUGAUGCUGAUCC ---...((..(((((((((..((....))..)))))....(((.((((.((((.....(((..........)))...)))).)))).)))...))))....))((((....))))..... ( -25.40) >consensus GAACGCUCCUGCAUAUCCUUGCAUUUGUGGCUGUCCAGGCUCUGGGUGCUUGAAAAGACCUUCAAGCAUACAGGGCACUCGACGGUGGAAUUGCUGUUGCGAUAACAUAGGUGCUUAUCC .....................((((((((((((((.((((((.(..((((((((......))))))))..).)))).)).))))))...(((((....)))))..))))))))....... (-27.55 = -28.87 + 1.31)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:23:10 2006