Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,415,693 – 5,415,785 |
Length | 92 |
Max. P | 0.578319 |
Location | 5,415,693 – 5,415,785 |
---|---|
Length | 92 |
Sequences | 6 |
Columns | 94 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 82.66 |
Mean single sequence MFE | -33.73 |
Consensus MFE | -21.72 |
Energy contribution | -23.42 |
Covariance contribution | 1.70 |
Combinations/Pair | 1.24 |
Mean z-score | -1.92 |
Structure conservation index | 0.64 |
SVM decision value | 0.09 |
SVM RNA-class probability | 0.578319 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 5415693 92 + 27905053 --CCAUGGGUUCGCCUGCGUCAUUCGGCUGAUCGUAGAAUUCAUUUAGUUGUGGAUAUAGAGUGUUUACUGCGGUGGUCGGCUGGAGCAGGCGA --........((((((((..((..(((((.(((((((.(..(((((.((.......)).)))))..).))))))))))))..))..)))))))) ( -37.60) >DroVir_CAF1 4510 94 + 1 GUCCAUGGGCUGUACGGUGUUGUUGUGCUGAUCAUAGAAAUCGUUCAGUUGAGGAUACAGCGAGUUCACUUUGUAUGUGGGCUGCAAAAGGCGA ((((.(.(((((.(((((....(((((.....)))))..))))).))))).)))))...((.(((((((.......)))))))))......... ( -28.00) >DroSec_CAF1 2643 92 + 1 --CCAUGGGUUCGCCUGCGUUGUCCGGCUGAUCGUAGAACUGAUUCAGUUUUGGAUAUAGAGUGUUUACUGCGGUGGUCGGCUGGAGCAGGCGA --........((((((((....(((((((((((.((((((((...)))))))).......(.(((.....))).)))))))))))))))))))) ( -38.30) >DroSim_CAF1 2629 92 + 1 --CCAUGGGUUCGCCUGCGUUGUCCGGCUGAUCGUAGAACUGAUUCAGUUUUGGAUAUAGAGUGUUUACUGAGGUGGUCGGCUGGAGCAGGCGA --........((((((((....((((((((((((((((((((...)))))))).......(((....)))....)))))))))))))))))))) ( -37.70) >DroEre_CAF1 2643 92 + 1 --CCAUGGGCUCACCAGCGUUGUCCGGUUGAUCGUAGAACUGAUUCAGUUGCGGAUAUAGUGUGUUUACUGCGGUAGUCGGCUGCAGCAGGCGA --((.(((.....)))..((((((((..(.((((((((((((...)))))..((((((...)))))).))))))))..)))..))))).))... ( -25.50) >DroYak_CAF1 2683 92 + 1 --CCAUGCGUUCGCCUGCGGUGUCUGGCUGAUCGUAGAACUGAUUCAGCUGCGGAUACAGAGUGUUUACUGCGGUGGUCGGCUGGAGGAGGCGA --........((((((.(....((..(((((((...(((....))).(((((((..((.....))...))))))))))))))..))).)))))) ( -35.30) >consensus __CCAUGGGUUCGCCUGCGUUGUCCGGCUGAUCGUAGAACUGAUUCAGUUGUGGAUAUAGAGUGUUUACUGCGGUGGUCGGCUGGAGCAGGCGA ..........((((((((....(((((((((((((((((((.....))))..((((((...)))))).)))))...)))))))))))))))))) (-21.72 = -23.42 + 1.70)
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