Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,332,729 – 5,332,878 |
Length | 149 |
Max. P | 0.944261 |
Location | 5,332,729 – 5,332,838 |
---|---|
Length | 109 |
Sequences | 6 |
Columns | 112 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 81.11 |
Mean single sequence MFE | -42.90 |
Consensus MFE | -29.72 |
Energy contribution | -28.87 |
Covariance contribution | -0.86 |
Combinations/Pair | 1.31 |
Mean z-score | -1.24 |
Structure conservation index | 0.69 |
SVM decision value | -0.04 |
SVM RNA-class probability | 0.514592 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 5332729 109 + 27905053 AUCCCAGCUGAGAUCCCUGCUGAGCGUUGCCAAGCAACUGGCCCUGGCUCUGA---CCACCAUUGGGAAGGUUGUGAGCCACGUCCCUGAGUGGCUCGCCGUUGGGUCCCAG ..((((((.....((((((.((..((..((((.((.....))..))))..)).---.)).))..)))).....(((((((((........))))))))).))))))...... ( -41.80) >DroPse_CAF1 10314 112 + 1 AGCCCAGCUGUCCGCCUUGCUGAACAUUUCCCAGCAGCUGGCCCUGGCCUUGGUUUCCGCCGUUGGGCAGAUUGUGAGCCACGUCCUUCAGUGGCUCACCGUUCGGACCUAG .(((((((.((..(((((((((.........))))))..(((....)))..)))....)).))))))).((..(((((((((........)))))))))...))........ ( -46.30) >DroEre_CAF1 9510 109 + 1 AUCCAAGCUGAGAUCCUUGCUGAGCGUUGCCUAGCAACUGGCCCUGGCUCUGA---CCACCGUUGGGCAGGUUGUGGGCCACAUCCCUGAGUGGCUCGCCGUUGGGUCCCAG ......(((.((.......)).)))(..(((((((((((.(((((((......---))).....)))).))))(((((((((........))))))))).)))))))..).. ( -42.50) >DroYak_CAF1 2279 109 + 1 AUCCAAGCUGAGAUCCUUGCUGAGCGUUGCCAAGCAACUGGCCCUGGCUCUGA---CCCCCGUUAGGCAGGUUAUGAGCCACAUCCCUAAGUGGCUCGCCGUUGGGUCCCAG .......(((.((((((((((..((...))..)))))..(((((((.(.((((---(....))))))))))....(((((((........))))))))))...))))).))) ( -42.10) >DroAna_CAF1 10407 109 + 1 CUCCGAGCUGGCCGCUCUGUUGCACAUUGCCCAGCAGCUGGUUCUGGUUUUGG---CCACCAUUGGGCAGGUUGUGAGCCACGUCCUUCAGCGGCUCACCGUUGGGUCCCAG ..((.(((.((((((......))....(((((((....((((...(((....)---)))))))))))))))))(((((((.(........).))))))).))).))...... ( -39.70) >DroPer_CAF1 3457 112 + 1 AGCCCAGCUGUCCGCCUUGCUGAACAUUUCCCAACAGCUGGCCCUGGCCUUGGUUUCCGCCGUUGGGCAGAUUGUGAGCCACGUCCUUCAGUGGCUCACCGUUCGGACCUAG .........((((((...)).((((((((((((((....(((....)))..(((....))))))))).)))).(((((((((........))))))))).)))))))).... ( -45.00) >consensus AUCCCAGCUGACAGCCUUGCUGAACAUUGCCCAGCAACUGGCCCUGGCUCUGA___CCACCGUUGGGCAGGUUGUGAGCCACGUCCCUCAGUGGCUCACCGUUGGGUCCCAG .....(((..........))).......(((.(((((((.(((((((............)))..)))).))))(((((((((........))))))))).))).)))..... (-29.72 = -28.87 + -0.86)
Location | 5,332,729 – 5,332,838 |
---|---|
Length | 109 |
Sequences | 6 |
Columns | 112 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 81.11 |
Mean single sequence MFE | -46.06 |
Consensus MFE | -27.33 |
Energy contribution | -26.97 |
Covariance contribution | -0.36 |
Combinations/Pair | 1.29 |
Mean z-score | -2.01 |
Structure conservation index | 0.59 |
SVM decision value | 0.28 |
SVM RNA-class probability | 0.667387 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 5332729 109 - 27905053 CUGGGACCCAACGGCGAGCCACUCAGGGACGUGGCUCACAACCUUCCCAAUGGUGG---UCAGAGCCAGGGCCAGUUGCUUGGCAACGCUCAGCAGGGAUCUCAGCUGGGAU (((((((((...((((((((((........)))))))((.(((........))).)---)....))).((((..(((((...)))))))))....))).))))))....... ( -44.10) >DroPse_CAF1 10314 112 - 1 CUAGGUCCGAACGGUGAGCCACUGAAGGACGUGGCUCACAAUCUGCCCAACGGCGGAAACCAAGGCCAGGGCCAGCUGCUGGGAAAUGUUCAGCAAGGCGGACAGCUGGGCU ...(((((((((((((((((((........)))))))))......((((.(((((....)...(((....))).)))).))))...))))).....(((.....)))))))) ( -51.00) >DroEre_CAF1 9510 109 - 1 CUGGGACCCAACGGCGAGCCACUCAGGGAUGUGGCCCACAACCUGCCCAACGGUGG---UCAGAGCCAGGGCCAGUUGCUAGGCAACGCUCAGCAAGGAUCUCAGCUUGGAU ((((((.((...((((.(((((........))))).).....(((.(((....)))---.))).))).((((..(((((...))))))))).....)).))))))....... ( -39.50) >DroYak_CAF1 2279 109 - 1 CUGGGACCCAACGGCGAGCCACUUAGGGAUGUGGCUCAUAACCUGCCUAACGGGGG---UCAGAGCCAGGGCCAGUUGCUUGGCAACGCUCAGCAAGGAUCUCAGCUUGGAU ((((((.((...((((((((((........)))))))...((((.((....)))))---)....))).((((..(((((...))))))))).....)).))))))....... ( -45.30) >DroAna_CAF1 10407 109 - 1 CUGGGACCCAACGGUGAGCCGCUGAAGGACGUGGCUCACAACCUGCCCAAUGGUGG---CCAAAACCAGAACCAGCUGCUGGGCAAUGUGCAACAGAGCGGCCAGCUCGGAG .((((........(((((((((........)))))))))......))))..(.(((---((....((((.........))))((..((.....))..))))))).)...... ( -41.24) >DroPer_CAF1 3457 112 - 1 CUAGGUCCGAACGGUGAGCCACUGAAGGACGUGGCUCACAAUCUGCCCAACGGCGGAAACCAAGGCCAGGGCCAGCUGUUGGGAAAUGUUCAGCAAGGCGGACAGCUGGGCU ...(((((((((((((((((((........)))))))))......((((((((((....)...(((....))).)))))))))...))))).....(((.....)))))))) ( -55.20) >consensus CUGGGACCCAACGGCGAGCCACUGAAGGACGUGGCUCACAACCUGCCCAACGGUGG___CCAAAGCCAGGGCCAGCUGCUGGGCAACGCUCAGCAAGGAGCUCAGCUGGGAU ...((.(((...((((((((((........))))))).....(((((....)))))........))).)))))(((((...(....)((...))........)))))..... (-27.33 = -26.97 + -0.36)
Location | 5,332,767 – 5,332,878 |
---|---|
Length | 111 |
Sequences | 6 |
Columns | 117 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 77.93 |
Mean single sequence MFE | -48.99 |
Consensus MFE | -29.49 |
Energy contribution | -29.72 |
Covariance contribution | 0.22 |
Combinations/Pair | 1.28 |
Mean z-score | -2.23 |
Structure conservation index | 0.60 |
SVM decision value | 1.34 |
SVM RNA-class probability | 0.944261 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 5332767 111 - 27905053 CAUAAAGCUGCCCGAGGGCUUGGGAGGUGUGGGCAUCGGCCUGGGACCCAACGGCGAGCCACUCAGGGACGUGGCUCACAACCUUCCCAAUGGUGG---UCAGAGCCAG---GGCCA .........((((..(((((..((.((((....))))..))..)).)))...((((((((((........)))))))((.(((........))).)---)....))).)---))).. ( -48.50) >DroVir_CAF1 10844 114 - 1 UCUUAAGCUACCCGAAGGAUUAGGUGGUGUGGGCAUUGGCCUAGGCCCCAACGGUGAGCCUCUAAAGGAUGUCGCCCACAAUCUGCCUAAUGGUGGUAAUCAGAACGCU---UCCCA (((...(((((((....)((((((..((((((((.....((((((((((...)).).))))....))).....)))))))..)..))))))))))))....))).....---..... ( -39.50) >DroGri_CAF1 12108 117 - 1 UCUCAAGCUGCCCGAGGGUCUCGGCGGCGUUGGCAUUGGUCUGGGCCCCAACGGUGAGCCGCUGAAGGAUGUGGCUCACAAUCUGCCCAAUGGUGGCAAUCAGAACGCUGCCUCUCA ......((((((.(((...)))))))))...((((.((.((((.((((((...(((((((((........)))))))))...........))).)))...)))).)).))))..... ( -48.44) >DroMoj_CAF1 11030 114 - 1 UCUAAAGCUGCCCGAGGGAUUGGGUGGCGUUGGCAUCGGCCUAGGGCCCAACGGUGAGCCACUGAAAGAUGUGGCCCACAAUCUGCCGAAUGGCGGCAAUCAAAACGCC---ACACA ......((..(((((....)))))..)).((((((..((((...)))).....(((.(((((........))))).)))....)))))).(((((..........))))---).... ( -48.00) >DroAna_CAF1 10445 111 - 1 CGUUAAGCUGCCGGAGGGCUUGGGCGGAGUCGGCAUCGGCCUGGGACCCAACGGUGAGCCGCUGAAGGACGUGGCUCACAACCUGCCCAAUGGUGG---CCAAAACCAG---AACCA .(((..((..(((..((((((((((((.((((....)))))))...)))))..(((((((((........))))))))).....))))..)))..)---)...)))...---..... ( -47.90) >DroPer_CAF1 3495 114 - 1 UGUCAAACUGCCCGAGGGACUGGGCGGUGUGGGCAUUGGCCUAGGUCCGAACGGUGAGCCACUGAAGGACGUGGCUCACAAUCUGCCCAACGGCGGAAACCAAGGCCAG---GGCCA ...((.((((((((......)))))))).))(((.(((((((.(((.......(((((((((........)))))))))..((((((....)))))).))).)))))))---.))). ( -61.60) >consensus UCUAAAGCUGCCCGAGGGAUUGGGCGGUGUGGGCAUCGGCCUAGGACCCAACGGUGAGCCACUGAAGGACGUGGCUCACAAUCUGCCCAAUGGUGG_AAUCAAAACCAG___ACCCA .......(((((.......((((((((....(((....)))............(((((((((........)))))))))...)))))))).)))))..................... (-29.49 = -29.72 + 0.22)
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