Locus 1839

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	5,271,860 – 5,272,004
Length	144
Max. P	0.983748

overview

Window 2

Location	5,271,860 – 5,271,974
Length	114
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.82
Mean single sequence MFE	-58.28
Consensus MFE	-39.14
Energy contribution	-38.32
Covariance contribution	-0.83
Combinations/Pair	1.38
Mean z-score	-2.47
Structure conservation index	0.67
SVM decision value	1.79
SVM RNA-class probability	0.977406
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5271860 114 + 27905053
GACAGCCGCUGCCGCAUCUGCGGCCACCGCCAGCAAUGUGUUCGGUGCCGUUGGCCAGGUAAAUCUGGAGCAAUAUGCCGCAGCGGUGGCCUCUGCAGCUGCCGCCAGCCGGCC
....((((((((.(((.(((((((((((((((....))....(((((..((((.(((((....)))))..)))).)))))..)))))))))...)))).))).).))).)))). ( -54.20)
>DroVir_CAF1 45097 111 + 1
AACUGCGGCCGCGGCUACGGCGGCCACAGCGAGCAAUGUUUUUGGCGCUGUCGGUCAGGUUAACUUUGAG---UAUGCUGCCGCGGCGGCUGCUGCUGCGGCGGCCAGUCGGCC
......((((((.((....))((((((((((..(((.....))).)))))).))))..............---...(((((((((((((...)))))))))))))..).))))) ( -55.40)
>DroPse_CAF1 48681 111 + 1
GACGGCGGCCGCCA---AUGCGGCCAACGCCAGCAAUGUGUUUGGCGCUGUCGGCCAGGUGAAUCUGGAGCAGUAUGCCGCUGCAGCAGCGGCUGCCGCAGCCGCCAGCCGGCC
((((((((((((..---..))))))...((((((.....).)))))))))))((((.(((....(((.(((.(....).))).)))..(((((((...)))))))..))))))) ( -59.90)
>DroWil_CAF1 56150 114 + 1
GACAGCUGCUGCUGCAACAGCGGCCACCGCUGGCAAUGUCUUCGGUGCUGUUGGCCAGGUCAAUUUGGAGCAAUACGCUGCCGCGGCAGCUGCUGCAGCAGCAGCCGGUCGGCC
(((.(((((((((((..(((((((.((((..(((...)))..))))))))))).(((((....)))))((((....(((((....))))))))))))))))))))..))).... ( -60.60)
>DroMoj_CAF1 46659 111 + 1
GACAGCCGCCGCAGCGUCAGCGGCCACGGCCAGCAAUGUCUUCGGCGCUGUUGGGCAGGUGAACUUUGAG---UACGCUGCCGCUGCGGCAGCUGCUGCGGCGGCCAAUCGGCC
....((((((((((((.(((((..(..(.((((((.((.(....))).)))))).)(((....)))...)---..))))).))))))))).((....)))))((((....)))) ( -59.70)
>DroPer_CAF1 49221 111 + 1
GACGGCGGCCGCCA---AUGCGGCCAACGCCAGCAAUGUGUUUGGCGCUGUCGGCCAGGUGAAUCUGGAGCAGUAUGCCGCUGCAGCAGCGGCUGCCGCAGCCGCCAGCCGGCC
((((((((((((..---..))))))...((((((.....).)))))))))))((((.(((....(((.(((.(....).))).)))..(((((((...)))))))..))))))) ( -59.90)
>consensus
GACAGCGGCCGCCGC__CUGCGGCCACCGCCAGCAAUGUGUUCGGCGCUGUCGGCCAGGUGAAUCUGGAGCA_UAUGCCGCCGCGGCAGCGGCUGCAGCAGCCGCCAGCCGGCC
((((((.(((((.......)))))....(((((........)))))))))))(((((((....)))..........((.(((((.((((...)))).))))).)).....)))) (-39.14 = -38.32 +  -0.83)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	5,271,860 – 5,271,974
Length	114
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.82
Mean single sequence MFE	-57.35
Consensus MFE	-37.90
Energy contribution	-37.60
Covariance contribution	-0.30
Combinations/Pair	1.48
Mean z-score	-2.70
Structure conservation index	0.66
SVM decision value	1.95
SVM RNA-class probability	0.983748
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5271860 114 - 27905053
GGCCGGCUGGCGGCAGCUGCAGAGGCCACCGCUGCGGCAUAUUGCUCCAGAUUUACCUGGCCAACGGCACCGAACACAUUGCUGGCGGUGGCCGCAGAUGCGGCAGCGGCUGUC
(((((.(((.(.(((.((((...(((((((((..(((((...((.(((((......)))(((...)))...)).))...)))))))))))))))))).))).)))))))))... ( -56.40)
>DroVir_CAF1 45097 111 - 1
GGCCGACUGGCCGCCGCAGCAGCAGCCGCCGCGGCAGCAUA---CUCAAAGUUAACCUGACCGACAGCGCCAAAAACAUUGCUCGCUGUGGCCGCCGUAGCCGCGGCCGCAGUU
(((((..((((.(((((((((((((.(((.(((((((...(---(.....))....))).))).).))).........))))).)))))))).))))......)))))...... ( -46.50)
>DroPse_CAF1 48681 111 - 1
GGCCGGCUGGCGGCUGCGGCAGCCGCUGCUGCAGCGGCAUACUGCUCCAGAUUCACCUGGCCGACAGCGCCAAACACAUUGCUGGCGUUGGCCGCAU---UGGCGGCCGCCGUC
((((((.((((.((((((((((...)))))))))).))...(((...)))...)).))))))((((((((((..........)))))))((((((..---..))))))...))) ( -60.40)
>DroWil_CAF1 56150 114 - 1
GGCCGACCGGCUGCUGCUGCAGCAGCUGCCGCGGCAGCGUAUUGCUCCAAAUUGACCUGGCCAACAGCACCGAAGACAUUGCCAGCGGUGGCCGCUGUUGCAGCAGCAGCUGUC
....(((.((((((((((((((((((.(((((((.(((.....))))).......((((((......(......).....))))).)))))).))))))))))))))))))))) ( -62.10)
>DroMoj_CAF1 46659 111 - 1
GGCCGAUUGGCCGCCGCAGCAGCUGCCGCAGCGGCAGCGUA---CUCAAAGUUCACCUGCCCAACAGCGCCGAAGACAUUGCUGGCCGUGGCCGCUGACGCUGCGGCGGCUGUC
((((....))))......(((((((((((((((((((.(((---(.....))..)))))))...((((((((....((....))....))).)))))..)))))))))))))). ( -58.30)
>DroPer_CAF1 49221 111 - 1
GGCCGGCUGGCGGCUGCGGCAGCCGCUGCUGCAGCGGCAUACUGCUCCAGAUUCACCUGGCCGACAGCGCCAAACACAUUGCUGGCGUUGGCCGCAU---UGGCGGCCGCCGUC
((((((.((((.((((((((((...)))))))))).))...(((...)))...)).))))))((((((((((..........)))))))((((((..---..))))))...))) ( -60.40)
>consensus
GGCCGACUGGCGGCUGCAGCAGCAGCCGCCGCGGCAGCAUA_UGCUCCAAAUUCACCUGGCCAACAGCGCCAAACACAUUGCUGGCGGUGGCCGCAG__GCGGCGGCCGCUGUC
....(((.(((((((((.((.((.((((((((((((((.....)))..........(((.....))).............))).)))))))).))....)).)))))))))))) (-37.90 = -37.60 +  -0.30)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	5,271,900 – 5,272,004
Length	104
Sequences	6
Columns	104
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	76.23
Mean single sequence MFE	-45.47
Consensus MFE	-30.84
Energy contribution	-30.40
Covariance contribution	-0.44
Combinations/Pair	1.53
Mean z-score	-1.04
Structure conservation index	0.68
SVM decision value	0.03
SVM RNA-class probability	0.546651
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5271900 104 + 27905053
UUCGGUGCCGUUGGCCAGGUAAAUCUGGAGCAAUAUGCCGCAGCGGUGGCCUCUGCAGCUGCCGCCAGCCGGCCGACGCAGUCGCAACUGGACGCUGCCGCAGU
..(((((..((((.(((((....)))))..)))).)))))..((((..((.(((((.(((((.(((....)))....))))).))....))).))..))))... ( -42.30)
>DroVir_CAF1 45137 92 + 1
UUUGGCGCUGUCGGUCAGGUUAACUUUGAG---UAUGCUGCCGCGGCGGCUGCUGCUGCGGCGGCCAGUCGGCCAACGCAGUCUCAGCUGGAG---------GU
((..((.(((.....)))........((((---..(((.((((((((((...))))))))))((((....))))...)))..))))))..)).---------.. ( -42.00)
>DroPse_CAF1 48718 104 + 1
UUUGGCGCUGUCGGCCAGGUGAAUCUGGAGCAGUAUGCCGCUGCAGCAGCGGCUGCCGCAGCCGCCAGCCGGCCGACACAGUCGCAGCUGGACGCCGCCGCGGU
...(((((((((((((.(((....(((.(((.(....).))).)))..(((((((...)))))))..)))))))))))((((....))))...).))))..... ( -49.30)
>DroWil_CAF1 56190 104 + 1
UUCGGUGCUGUUGGCCAGGUCAAUUUGGAGCAAUACGCUGCCGCGGCAGCUGCUGCAGCAGCAGCCGGUCGGCCAACACAGUCACAAUUGGAAGCGGCUGCUGU
...((((((((((.(((((....)))))..))))).)).)))(((((....))))).((((((((((.(...((((...........)))).).)))))))))) ( -43.10)
>DroMoj_CAF1 46699 92 + 1
UUCGGCGCUGUUGGGCAGGUGAACUUUGAG---UACGCUGCCGCUGCGGCAGCUGCUGCGGCGGCCAAUCGGCCCACGCAGUCGCAACUGGAG---------GU
....((((((((((((.((((.((.....)---).))))(((((((((((....)))))))))))......))))).)))).)))........---------.. ( -46.80)
>DroPer_CAF1 49258 104 + 1
UUUGGCGCUGUCGGCCAGGUGAAUCUGGAGCAGUAUGCCGCUGCAGCAGCGGCUGCCGCAGCCGCCAGCCGGCCGACACAGUCGCAGCUGGACGCCGCCGCGGU
...(((((((((((((.(((....(((.(((.(....).))).)))..(((((((...)))))))..)))))))))))((((....))))...).))))..... ( -49.30)
>consensus
UUCGGCGCUGUCGGCCAGGUGAAUCUGGAGCA_UAUGCCGCCGCGGCAGCGGCUGCAGCAGCCGCCAGCCGGCCGACACAGUCGCAACUGGACGC_GCCGC_GU
..((((..(((((((((((....)))..........((.(((((.((((...)))).))))).)).....))))))))((((....))))......)))).... (-30.84 = -30.40 +  -0.44)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	5,271,900 – 5,272,004
Length	104
Sequences	6
Columns	104
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	76.23
Mean single sequence MFE	-44.52
Consensus MFE	-24.70
Energy contribution	-25.07
Covariance contribution	0.36
Combinations/Pair	1.30
Mean z-score	-1.69
Structure conservation index	0.55
SVM decision value	0.34
SVM RNA-class probability	0.695318
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5271900 104 - 27905053
ACUGCGGCAGCGUCCAGUUGCGACUGCGUCGGCCGGCUGGCGGCAGCUGCAGAGGCCACCGCUGCGGCAUAUUGCUCCAGAUUUACCUGGCCAACGGCACCGAA
..(((.(((((.....))))).....(((.((((((((((.(((((((((((.((...)).)))))))....))))))))......)))))).))))))..... ( -44.60)
>DroVir_CAF1 45137 92 - 1
AC---------CUCCAGCUGAGACUGCGUUGGCCGACUGGCCGCCGCAGCAGCAGCCGCCGCGGCAGCAUA---CUCAAAGUUAACCUGACCGACAGCGCCAAA
..---------.....((((...(((((.(((((....))))).)))))...))))(((.(((((((...(---(.....))....))).))).).)))..... ( -34.30)
>DroPse_CAF1 48718 104 - 1
ACCGCGGCGGCGUCCAGCUGCGACUGUGUCGGCCGGCUGGCGGCUGCGGCAGCCGCUGCUGCAGCGGCAUACUGCUCCAGAUUCACCUGGCCGACAGCGCCAAA
..(((.(((((.....))))).....((((((((((.((((.((((((((((...)))))))))).))...(((...)))...)).)))))))))))))..... ( -56.30)
>DroWil_CAF1 56190 104 - 1
ACAGCAGCCGCUUCCAAUUGUGACUGUGUUGGCCGACCGGCUGCUGCUGCAGCAGCUGCCGCGGCAGCGUAUUGCUCCAAAUUGACCUGGCCAACAGCACCGAA
...((((.(((........))).))))((((((((..((((.(((((....))))).)))).((.(((.....))))).........))))))))......... ( -42.60)
>DroMoj_CAF1 46699 92 - 1
AC---------CUCCAGUUGCGACUGCGUGGGCCGAUUGGCCGCCGCAGCAGCUGCCGCAGCGGCAGCGUA---CUCAAAGUUCACCUGCCCAACAGCGCCGAA
..---------...(((((((...((((..((((....))))..))))))))))).(((...(((((.(((---(.....))..))))))).....)))..... ( -33.00)
>DroPer_CAF1 49258 104 - 1
ACCGCGGCGGCGUCCAGCUGCGACUGUGUCGGCCGGCUGGCGGCUGCGGCAGCCGCUGCUGCAGCGGCAUACUGCUCCAGAUUCACCUGGCCGACAGCGCCAAA
..(((.(((((.....))))).....((((((((((.((((.((((((((((...)))))))))).))...(((...)))...)).)))))))))))))..... ( -56.30)
>consensus
AC_GCGGC_GCGUCCAGCUGCGACUGCGUCGGCCGACUGGCGGCUGCAGCAGCAGCCGCCGCGGCAGCAUA_UGCUCCAAAUUCACCUGGCCAACAGCGCCAAA
........................(((((((((((....(((((.((.((....)).)).)))))(((.....)))...........)))))))).)))..... (-24.70 = -25.07 +   0.36)

alignment

secondary structure

dotplot

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