Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,242,125 – 5,242,224 |
Length | 99 |
Max. P | 0.932738 |
Location | 5,242,125 – 5,242,224 |
---|---|
Length | 99 |
Sequences | 6 |
Columns | 117 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 78.92 |
Mean single sequence MFE | -38.33 |
Consensus MFE | -27.54 |
Energy contribution | -28.27 |
Covariance contribution | 0.73 |
Combinations/Pair | 1.17 |
Mean z-score | -1.99 |
Structure conservation index | 0.72 |
SVM decision value | 1.22 |
SVM RNA-class probability | 0.932738 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 5242125 99 - 27905053 CUA------------------AGCUCACCUUCUGUGUAUGCUCCUCUGGAGUGCCGCAUUGCAUCAGAUUGGUGCGGUGCAGAACGUAGCCUACUCGCUGGGUUUUGGCCGAGCUCU ...------------------(((((.............(((((...)))))(((((((((((((.....))))))))))(((((.((((......)))).)))))))).))))).. ( -40.80) >DroPse_CAF1 14922 117 - 1 GAAGUAAUUGAAGAUAAAGGUAUUUUACCUUCUCCGUCUGUUGCUCUUCACCGCCGCACUGCAUUAGAUUCGUGCGAUGCAGCACGAAGCCUACGCGCUGCGUCUUGGCCGUGUUCU ..((((((.((.....((((((...)))))).....)).))))))...(((.(((((((............))))((((((((.((.......)).))))))))..))).))).... ( -38.40) >DroSec_CAF1 15980 110 - 1 CGAAGAAUCUUUA-------GAGCUCACCUUCUGUGCGUUCUCCUCUGGAGUGCCGCAUUGCAUCAGAUUGGUGCGGUGCAGAACGUAGCCUACUCGCUGGGUUUUGGCCGAACUCU ............(-------((((.(((.....))).))))).....((((((((((((((((((.....))))))))))(((((.((((......)))).))))))))...))))) ( -39.40) >DroSim_CAF1 16044 110 - 1 CAAAGAAUCUUUA-------GAGCUCACCUUCUGUGCGUUCUCCUCUGGAGUGCCGCAUUGCAUCAGAUUGGUGCGGUGCAGAACGUAGCCUACUCGCUGGGUUUUGGCCGAGCUCU ............(-------((((((........((((((((.....((....))((((((((((.....))))))))))))))))))(((.(((.....)))...))).))))))) ( -43.10) >DroEre_CAF1 18237 109 - 1 CUAAUAU-CUAAA-------CAGCUUACCUUCUGUGCGUGCUCCUCUGUAUUGCCGCAUUGCAUCAGAUUGGUGCGGUGUAGAACAUAGCCUACUCUCUGGGUUUUGGCGGAGCUCU .......-....(-------(((........))))..(.(((((..(((....(..(((((((((.....)))))))))..).)))..(((.(((.....)))...)))))))).). ( -32.20) >DroYak_CAF1 15969 110 - 1 CCAUUACUCAAAG-------AAGCUCACCUUUUGUGCGUGCUCCUCUGUAUUGCCGCAUUGCAUCAGAUUGGUGCGGUGUAGAACGUAGCCUACUCGCUGGGUUUUGGCGGAGCUCU ...........((-------(.((((...........((((......))))((((((((((((((.....))))))))))(((((.((((......)))).)))))))))))))))) ( -36.10) >consensus CAAAUAAUCUAAA_______GAGCUCACCUUCUGUGCGUGCUCCUCUGGAGUGCCGCAUUGCAUCAGAUUGGUGCGGUGCAGAACGUAGCCUACUCGCUGGGUUUUGGCCGAGCUCU .....................(((((............(((......)))..(((((((((((((.....))))))))))(((((.((((......)))).)))))))).))))).. (-27.54 = -28.27 + 0.73)
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