Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,227,590 – 5,227,710 |
Length | 120 |
Max. P | 0.500000 |
Location | 5,227,590 – 5,227,710 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.17 |
Mean single sequence MFE | -39.35 |
Consensus MFE | -22.99 |
Energy contribution | -24.42 |
Covariance contribution | 1.42 |
Combinations/Pair | 1.32 |
Mean z-score | -1.63 |
Structure conservation index | 0.58 |
SVM decision value | -0.06 |
SVM RNA-class probability | 0.500000 |
Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 5227590 120 + 27905053 AGGUGUACAUCGUGGGCGGAACAAUCCCUGAACUGGGCGAAAACGAUGCCAUCUACAACACCUGCACGGUUUGGUCACCCACUGGUGACCUUGUGGCCAAGCAUCGCAAGAUGCAUCUCU ((((((.....((((.((.......(((......)))......))...)))).....))))))....((((.(((((((....)))))))....))))..(((((....)))))...... ( -43.72) >DroPse_CAF1 1628 120 + 1 AGGUGUACAUUGUGGGUGGAACCAUUCCAGAGCUCGGCGAGAACGAUGCCAUCUACAAUACGUGUACGGUGUGGUCGCCCAGCGGCGAUCUGAUAGCCAAGCAUCGGAAGAUGCAUCUAU (((((((((((((((((((...(.(((....((...))..))).)...)))))))))....))))))(((..(((((((....))))))).....)))..(((((....))))))))).. ( -45.20) >DroEre_CAF1 3555 120 + 1 AGGUGUAUAUUGUUGGCGGAACGAUACCGGAACUGGGCGAAAACGAUGCCAUCUACAACACCUGCACUGUUUGGUCACCCACUGGUGAACUAGUGGCCAAGCACCGCAAGAUGCAUCUCU ((((((((..(((((.(((.......)))......((((.......)))).....)))))(.(((..(((((((....(((((((....))))))))))))))..))).))))))))).. ( -40.50) >DroWil_CAF1 5555 120 + 1 AAAUUUACAUUGUAGGCGGCACAAUCCCCGAACUGGGUGAGAACAAUGCCAUCUAUAACACCUGCACUGUCUGGUCACCCACAGGCGAUUUGCUGGCAAAACAUCGAAAAAUGCAUUUAU .........((((((..((((...(((((.....))).))......))))..))))))....((((.((((((........)))))).((((.((......)).))))...))))..... ( -28.70) >DroAna_CAF1 1416 120 + 1 AGGUCUACAUAGUGGGAGGGACUAUUCCGGAACUGGGCGAAAAUGAUGCAAUUUAUAACACAUGCACCGUGUGGUCCCCGACUGGAGAUCUCAUUGCUAAGCACCGCAAGAUGCAUUUGU ((((((...((((.((..(((((((((((....)))).....(((.((((............)))).)))))))))))).)))).)))))).........(((.(....).)))...... ( -32.80) >DroPer_CAF1 1601 120 + 1 AGGUGUACAUUGUGGGUGGAACCAUUCCAGAGCUCGGCGAGAACGAUGCCAUCUACAAUACGUGUACGGUGUGGUCGCCCAGCGGCGAUCUGAUAGCCAAGCAUCGGAAGAUGCAUCUAU (((((((((((((((((((...(.(((....((...))..))).)...)))))))))....))))))(((..(((((((....))))))).....)))..(((((....))))))))).. ( -45.20) >consensus AGGUGUACAUUGUGGGCGGAACAAUUCCAGAACUGGGCGAAAACGAUGCCAUCUACAACACCUGCACGGUGUGGUCACCCACUGGCGAUCUGAUGGCCAAGCAUCGCAAGAUGCAUCUAU ..(((((..(((((((.((.......)).......((((.......)))).)))))))....)))))((((.(((((((....)))))))....))))..(((((....)))))...... (-22.99 = -24.42 + 1.42)
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