Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,087,736 – 5,087,856 |
Length | 120 |
Max. P | 0.535466 |
Location | 5,087,736 – 5,087,856 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 82.94 |
Mean single sequence MFE | -33.95 |
Consensus MFE | -23.32 |
Energy contribution | -23.27 |
Covariance contribution | -0.05 |
Combinations/Pair | 1.27 |
Mean z-score | -1.64 |
Structure conservation index | 0.69 |
SVM decision value | 0.00 |
SVM RNA-class probability | 0.535466 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 5087736 120 + 27905053 GCAGCGACUACCCGGUGAUCUUCAACAUCAUCCUGUGGUUCAUGGUCGUCUUCGGACUGUCUCUGCUGGCUAUCUGCUACGCCAUCGCUGCCAUGGAUCCCGGCAGGGACUCCAUCAUUU (((((((((((..((((((.......))))))..)))))..((((.(((...((((..(((......)))..))))..))))))))))))).(((((((((....)))).)))))..... ( -44.40) >DroVir_CAF1 982 120 + 1 ACGAAGACUAUCCCGUAAUUUUCAAUAUUAUCCUAUGGUUCAUGGUUAUCUUCGGCCUGUCGCUGCUGGCCAUCUGCUAUGCCAUUGGAGCUAUGGAUCCCGGCAGGGACUCCAUCAUUU ..(((((.(((...))).))))).......(((.((((..((((((.......((((.((....)).))))....)))))))))).)))...(((((((((....)))).)))))..... ( -33.70) >DroGri_CAF1 2464 120 + 1 AUGAUAAUUAUCCUGUCAUUUUCAACAUUAUCUUGUGGUUUAUGGUCAUCUUCGCCCUGUCGCUGUUGGCCAUUUGCUACGCCAUUGGUUCCAUGGAUCCCGGCAGGGACUCCAUCAUUU (((((.....(((((((.................(((((..(((((((.(..((......))..).)))))))..))))).((((.(....))))).....))))))).....))))).. ( -33.40) >DroWil_CAF1 981 120 + 1 AUGACGACUAUCCAGUCAUCUUCAACAUCAUUCUUUGGUUCAUGGUCAUCUUUGGUCUGUCCCUUUUGGCCAUAUGCUAUGCCAUUGCUGCCAUGGAUCCCGGCAGAGAUUCCAUCAUCU ((((.((((....))))((((...........(..(((..(((((.(((...(((((..........))))).)))))))))))..)(((((.........)))))))))....)))).. ( -26.10) >DroMoj_CAF1 833 120 + 1 ACGAAGAUUAUCCAGUCAUUUUCAACAUCAUCCUGUGGUUCAUGGUCAUAUUCGGCCUGUCGCUUUUGGCCAUCUGCUACGCCAUCGGCUCCAUGGAUCCCGGCCGGGACUCCAUCAUCU ..((((((.........))))))...........(((((..(((((((.(..(((....)))..).)))))))..)))))(((...)))...(((((((((....)))).)))))..... ( -33.70) >DroAna_CAF1 825 120 + 1 GCAGCGACUACCCCGUGAUCUUCAACAUCAUCCUGUGGUUCAUGGUUGUCUUCGGCCUCUCUUUGCUGGCCAUCUGCUACGCCAUUGCCGCUAUGGAUCCCGGCAGGGACUCUAUCAUCU ((.((((((((...(((((.......)))))...)))))).(((((.((....((((..........))))....))...))))).)).)).(((((((((....)))).)))))..... ( -32.40) >consensus ACGACGACUAUCCAGUCAUCUUCAACAUCAUCCUGUGGUUCAUGGUCAUCUUCGGCCUGUCGCUGCUGGCCAUCUGCUACGCCAUUGCUGCCAUGGAUCCCGGCAGGGACUCCAUCAUCU .................................((((((..(((((((....((((.....)))).)))))))..))))))...........(((((((((....)))).)))))..... (-23.32 = -23.27 + -0.05)
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