Locus 1759

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	5,073,413 – 5,073,554
Length	141
Max. P	0.987190

overview

Window 7

Location	5,073,413 – 5,073,527
Length	114
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	75.65
Mean single sequence MFE	-45.65
Consensus MFE	-28.95
Energy contribution	-29.57
Covariance contribution	0.62
Combinations/Pair	1.31
Mean z-score	-2.37
Structure conservation index	0.63
SVM decision value	2.06
SVM RNA-class probability	0.987011
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5073413 114 + 27905053
CUGCUCUUGGCCUGCCUGCUGUGCCUCCAGCCGCUGGGUCCAUCUAUGGCCAGCGAGGAUGAGUCCAAUCCGCUGCUGGACAUGGCCUCCAUGUUCUUCCAGGAGGCGCUGUCC
..((....((....)).)).(((((((((((((((((..(((....))))))))).((((.......)))))))...((((((((...)))))))).....))))))))..... ( -47.50)
>DroVir_CAF1 19 111 + 1
CUAUUUGUGCUGGCGCUGCUCAGCGCACAGCCCUAUGGCCA---CAUGGCCAGUGAGGAUGAAUCCAAUCCAUUCCUGGACAUGGCCUCCAUGUUCAUACAGGAGGCAUUGUCA
..(((..((((((((((....))))).))))(((.(((((.---...)))))...))))..)))..............((((..((((((.(((....)))))))))..)))). ( -47.20)
>DroPse_CAF1 22 111 + 1
CUGCUCUUCGCGGCGCUGCUGUGUGCCCAGCCCUAUGGCCA---GAUGGCCAAUGAGGAUGAGUCCAAUCCGCUUCUGGACAUGGCCUCCAUGUUCUUCCAGGAGGCGCUGUCC
..((.....))(((((......)))))(((((((.(((((.---...)))))...)))....(((((.........)))))...((((((.((......))))))))))))... ( -44.10)
>DroGri_CAF1 911 111 + 1
GUGUUUCUGCUGGCGCUGCUCUGCGUCCAGCCCUAUGGCCA---UUUGGCCAGCGAGGAUGAGUCCAAUCCGCUGCUGGACAUGGCCUCCAUGUUCAUACAGGAGGCUUUGUCC
........((((((((......))).))))).....((((.---...))))((((.((((.......))))..))))(((((.(((((((.(((....)))))))))).))))) ( -52.60)
>DroMoj_CAF1 890 111 + 1
CUGCUUCUGCUGGCGUUGCUCUGCGCGCAGCCGUUUGGCCA---UAUGGCCGAAGAGGAGGAGUCGAAUCCAUUGCUGGAUAUGGCCUCUGUCUUUAUACAGGAGGCAUUGUCC
.(((((((((((((((......)))).))))..(((((((.---...)))))))((((((((((((.(((((....))))).))).)))).))))).....)))))))...... ( -44.10)
>DroAna_CAF1 373 114 + 1
UGGCUCUUGGCCUGUUUGCUGUGCCUUCAUCCCUAUGCCCCCACGUUGGCGGAAGAGGAGGACUCUAAUCCGCUGCUGGACAUGGCUUCCAUGUUCUUCCAGGAGGCUCUGUCC
.(((.....))).....((.(((....(((....)))....)))...((((((((((.....))))..)))))))).(((((.(((((((.((......))))))))).))))) ( -38.40)
>consensus
CUGCUCUUGCCGGCGCUGCUCUGCGCCCAGCCCUAUGGCCA___UAUGGCCAAAGAGGAUGAGUCCAAUCCGCUGCUGGACAUGGCCUCCAUGUUCAUACAGGAGGCACUGUCC
............((((......)))).((((....(((((.......)))))....((((.......))))...))))((((..((((((.((......))))))))..)))). (-28.95 = -29.57 +   0.62)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	5,073,413 – 5,073,527
Length	114
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	75.65
Mean single sequence MFE	-45.17
Consensus MFE	-23.82
Energy contribution	-25.65
Covariance contribution	1.83
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.58
Structure conservation index	0.53
SVM decision value	2.07
SVM RNA-class probability	0.987190
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5073413 114 - 27905053
GGACAGCGCCUCCUGGAAGAACAUGGAGGCCAUGUCCAGCAGCGGAUUGGACUCAUCCUCGCUGGCCAUAGAUGGACCCAGCGGCUGGAGGCACAGCAGGCAGGCCAAGAGCAG
(((((..((((((((......)).))))))..)))))....((...((((.((...((((((((((((....)))..))))))((((......)))))))..))))))..)).. ( -50.10)
>DroVir_CAF1 19 111 - 1
UGACAAUGCCUCCUGUAUGAACAUGGAGGCCAUGUCCAGGAAUGGAUUGGAUUCAUCCUCACUGGCCAUG---UGGCCAUAGGGCUGUGCGCUGAGCAGCGCCAGCACAAAUAG
.((((..(((((((((....))).))))))..)))).((((.(((((...)))))))))...(((((...---.)))))....((((.(((((....)))))))))........ ( -45.80)
>DroPse_CAF1 22 111 - 1
GGACAGCGCCUCCUGGAAGAACAUGGAGGCCAUGUCCAGAAGCGGAUUGGACUCAUCCUCAUUGGCCAUC---UGGCCAUAGGGCUGGGCACACAGCAGCGCCGCGAAGAGCAG
(((((..((((((((......)).))))))..)))))....((((...........(((...(((((...---.))))).)))((((......))))....))))......... ( -47.30)
>DroGri_CAF1 911 111 - 1
GGACAAAGCCUCCUGUAUGAACAUGGAGGCCAUGUCCAGCAGCGGAUUGGACUCAUCCUCGCUGGCCAAA---UGGCCAUAGGGCUGGACGCAGAGCAGCGCCAGCAGAAACAC
(((((..(((((((((....))).))))))..)))))...(((((...(((....))))))))((((...---.)))).....(((((.(((......))))))))........ ( -50.20)
>DroMoj_CAF1 890 111 - 1
GGACAAUGCCUCCUGUAUAAAGACAGAGGCCAUAUCCAGCAAUGGAUUCGACUCCUCCUCUUCGGCCAUA---UGGCCAAACGGCUGCGCGCAGAGCAACGCCAGCAGAAGCAG
(((....(((((.(((......))))))))(..(((((....)))))..)..)))..((((((((((...---.)))).....((((.(((........))))))).)))).)) ( -40.00)
>DroAna_CAF1 373 114 - 1
GGACAGAGCCUCCUGGAAGAACAUGGAAGCCAUGUCCAGCAGCGGAUUAGAGUCCUCCUCUUCCGCCAACGUGGGGGCAUAGGGAUGAAGGCACAGCAAACAGGCCAAGAGCCA
(((((..((.(((((......)).))).))..))))).((.((((((....))))(((((((((((....)))))))....)))).....))...)).....(((.....))). ( -37.60)
>consensus
GGACAAAGCCUCCUGGAAGAACAUGGAGGCCAUGUCCAGCAGCGGAUUGGACUCAUCCUCACUGGCCAUA___UGGCCAUAGGGCUGGACGCACAGCAGCGCCACCAAAAGCAG
(((((..((((((((......)).))))))..)))))......((((.......)))).....((((.......)))).....(((........)))................. (-23.82 = -25.65 +   1.83)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	5,073,453 – 5,073,554
Length	101
Sequences	6
Columns	108
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.22
Mean single sequence MFE	-40.75
Consensus MFE	-24.82
Energy contribution	-25.35
Covariance contribution	0.53
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-2.29
Structure conservation index	0.61
SVM decision value	0.88
SVM RNA-class probability	0.874001
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5073453 101 + 27905053
CAUCUAUGGCCAGCGAGGAUGAGUCCAAUCCGCUGCUGGACAUGGCCUCCAUGUUCUUCCAGGAGGCGCUGUCCAACCAGAACGGUGG---CAACAAUGGAGGA----
..(((((.((((.((.((((.......)))).(((.((((((..((((((.((......))))))))..))))))..)))..)).)))---)....)))))...---- ( -41.80)
>DroVir_CAF1 59 102 + 1
A---CAUGGCCAGUGAGGAUGAAUCCAAUCCAUUCCUGGACAUGGCCUCCAUGUUCAUACAGGAGGCAUUGUCAAAUCAGAACGGUGG---CGGUGGCGGUGCUGCUG
.---(((.((((.((.((((.......))))....(((((((..((((((.(((....)))))))))..))))....)))..)).)))---).)))(((....))).. ( -38.80)
>DroPse_CAF1 62 98 + 1
A---GAUGGCCAAUGAGGAUGAGUCCAAUCCGCUUCUGGACAUGGCCUCCAUGUUCUUCCAGGAGGCGCUGUCCAACCAGAAUGGUGG---CGGCGGAGGAGCA----
.---.....((.....(((....)))..((((((.(((((((..((((((.((......))))))))..))))).(((.....)))))---.))))))))....---- ( -37.80)
>DroSim_CAF1 150 101 + 1
CUUCCAUGGCCAGCGAGGAUGAGUCCAAUCCGCUGCUGGACAUGGCCUCCAUGUUCUUCCAGGAGGCGCUGUCCAACCAGAACGGUGG---CAACAAUGGAGGA----
(((((((.((((.((.((((.......)))).(((.((((((..((((((.((......))))))))..))))))..)))..)).)))---)....))))))).---- ( -47.30)
>DroYak_CAF1 153 101 + 1
CUUCUCUCGCCAGCGAGGAUGAGUCCAAUCCGCUGCUGGACAUGGCCUCGAUGUUCUUCCAGGAGGCACUCUCCAACCAGAACGGUGG---CAACAAUGGUGGC----
......((((((.(((((....(((((.........)))))....))))).((((((....((((.....))))....)))))).((.---...)).)))))).---- ( -32.80)
>DroAna_CAF1 413 104 + 1
CCACGUUGGCGGAAGAGGAGGACUCUAAUCCGCUGCUGGACAUGGCUUCCAUGUUCUUCCAGGAGGCUCUGUCCAAUCAGAAUGGUGGCGGCAACAACGGUGGC----
((((((((..(((((((.....))))..)))(((((((((((.(((((((.((......))))))))).))))).(((.....)))))))))..)))).)))).---- ( -46.00)
>consensus
C_UCCAUGGCCAGCGAGGAUGAGUCCAAUCCGCUGCUGGACAUGGCCUCCAUGUUCUUCCAGGAGGCGCUGUCCAACCAGAACGGUGG___CAACAAUGGAGGA____
.........(((.((.((((.......)))).(((.((((((..((((((.((......))))))))..))))))..)))..)).))).................... (-24.82 = -25.35 +   0.53)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	5,073,453 – 5,073,554
Length	101
Sequences	6
Columns	108
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.22
Mean single sequence MFE	-37.58
Consensus MFE	-25.51
Energy contribution	-25.98
Covariance contribution	0.47
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-1.88
Structure conservation index	0.68
SVM decision value	0.74
SVM RNA-class probability	0.838680
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5073453 101 - 27905053
----UCCUCCAUUGUUG---CCACCGUUCUGGUUGGACAGCGCCUCCUGGAAGAACAUGGAGGCCAUGUCCAGCAGCGGAUUGGACUCAUCCUCGCUGGCCAUAGAUG
----.......((((.(---(((((((....((((((((..((((((((......)).))))))..)))))))).))))...(((....)))....)))).))))... ( -40.20)
>DroVir_CAF1 59 102 - 1
CAGCAGCACCGCCACCG---CCACCGUUCUGAUUUGACAAUGCCUCCUGUAUGAACAUGGAGGCCAUGUCCAGGAAUGGAUUGGAUUCAUCCUCACUGGCCAUG---U
.....(((..((((...---...(((((((.....((((..(((((((((....))).))))))..))))..)))))))...(((....)))....))))..))---) ( -34.10)
>DroPse_CAF1 62 98 - 1
----UGCUCCUCCGCCG---CCACCAUUCUGGUUGGACAGCGCCUCCUGGAAGAACAUGGAGGCCAUGUCCAGAAGCGGAUUGGACUCAUCCUCAUUGGCCAUC---U
----.(((..(((((.(---(((......))))((((((..((((((((......)).))))))..))))))...)))))..(((....))).....)))....---. ( -36.10)
>DroSim_CAF1 150 101 - 1
----UCCUCCAUUGUUG---CCACCGUUCUGGUUGGACAGCGCCUCCUGGAAGAACAUGGAGGCCAUGUCCAGCAGCGGAUUGGACUCAUCCUCGCUGGCCAUGGAAG
----...(((((....(---(((((((....((((((((..((((((((......)).))))))..)))))))).))))...(((....)))....)))).))))).. ( -43.00)
>DroYak_CAF1 153 101 - 1
----GCCACCAUUGUUG---CCACCGUUCUGGUUGGAGAGUGCCUCCUGGAAGAACAUCGAGGCCAUGUCCAGCAGCGGAUUGGACUCAUCCUCGCUGGCGAGAGAAG
----.......((.(((---(((..(((((....((((.....))))....)))))..(((((....(((((((....).))))))....))))).)))))).))... ( -34.90)
>DroAna_CAF1 413 104 - 1
----GCCACCGUUGUUGCCGCCACCAUUCUGAUUGGACAGAGCCUCCUGGAAGAACAUGGAAGCCAUGUCCAGCAGCGGAUUAGAGUCCUCCUCUUCCGCCAACGUGG
----.((((.((((...............((.(((((((..((.(((((......)).))).))..)))))))))(((((..((((.....))))))))))))))))) ( -37.20)
>consensus
____UCCACCAUUGUUG___CCACCGUUCUGGUUGGACAGCGCCUCCUGGAAGAACAUGGAGGCCAUGUCCAGCAGCGGAUUGGACUCAUCCUCGCUGGCCAUAGA_G
.......................(((.((((.(((((((..((((((((......)).))))))..)))))))...)))).)))........................ (-25.51 = -25.98 +   0.47)

alignment

secondary structure

dotplot

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