Locus 1707

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 4,898,521 – 4,898,666
Length 145
Max. P 0.991922
window2812 window2813 window2814 window2815

overview

Window 2

Location 4,898,521 – 4,898,635
Length 114
Sequences 6
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 72.52
Mean single sequence MFE -50.18
Consensus MFE -21.79
Energy contribution -22.48
Covariance contribution 0.70
Combinations/Pair 1.27
Mean z-score -1.98
Structure conservation index 0.43
SVM decision value 0.71
SVM RNA-class probability 0.828770
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 4898521 114 + 27905053
GGCUCCGUAGGCUCCACUGGCCGCUCCCGACAUCGCUCCCGGCCACUUGCCACGCGCUGCGGCGGCUGCUGCGGCAGCUGCUGCUGCCUGGGCCACUGUGCUGUUCACCGCAUU
((((((((.(((.....((((((....((....))....))))))...)))))).((.(((((((((((....))))))))))).))..)))))...((((.(....).)))). ( -54.00)
>DroVir_CAF1 8379 105 + 1
AGCUCCAUACGCGCUC------GCAUUGGACAUGGCGCCGGGCCACUUGGCGCGUGCUGCGGCCGCAGCAGC---UGCUGCAGCGGCCUGGGCCACGCUACUGUUGACCGCAUU
..........(((.((------(((.(((.(.((((.(((((((.((((((((.((((((....))))))))---.)))).)).))))))))))).)))).)).))).)))... ( -51.30)
>DroGri_CAF1 8968 102 + 1
CGCUCCAUAAGCGCUG------GCAUUCGACAUGGCCCCGGGCCAUUUGGCGCGUGCCGCAGCAGCUGCCAC------AGCAGCCGCCUGGGCCACACUAUUGUUGACCGCAUU
((((.....))))...------((..((((((((((((((.(((....))).)).......((.(((((...------.))))).))..))))))......))))))..))... ( -39.80)
>DroWil_CAF1 7754 108 + 1
AGUUCCAUAGGCCCC---GGCGGCACUUGACAUGGCACCUGGCCAUUUGCCACGUGCCGCUGCGGCAGCAGCAGCGGCUGCAGCUGC---AGCUACUGUGCUGUUGACGGCAUU
..........(((.(---((((((((.......(((((.((((.....)))).)))))((((((((.(((((....))))).)))))---)))....)))))))))..)))... ( -59.10)
>DroYak_CAF1 6597 114 + 1
UGCGCCGUAGGCUCCGCUGGCCGCUCCCGACAUCGCUCCCGGCCACUUGCCACGCGCUGCGGCGGCUGCUGCGGCAGCUGCUGCUGCCUGGGCCACUGUGCUGUUCACCGCAUU
((((..((..((..(((((((((....((....))....))))))...(((.((.((.(((((((((((....))))))))))).)).)))))....)))..))..)))))).. ( -52.60)
>DroMoj_CAF1 7818 102 + 1
CGCUCCGUAUGCGCUG------CUAUUCGACAUGGCGCCGGGCCAUUUGGCUCGCGCUGCAGCCGCAGCAGC------UGCAGCGGCUUGAGCCACGCUGCUGUUCACCGCAUU
........((((((((------((.........(((((.(((((....))))))))))((....))))))))------.((((((((....)))..)))))........)))). ( -44.30)
>consensus
AGCUCCAUAGGCGCCG______GCACUCGACAUGGCGCCGGGCCACUUGCCACGCGCUGCGGCGGCAGCAGC____GCUGCAGCUGCCUGGGCCACUCUGCUGUUCACCGCAUU
.((.......))..........((....((((((((.....))))........(.(((..((((((.((.((....)).)).))))))..)))).......))))....))... (-21.79 = -22.48 +   0.70)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 3

Location 4,898,521 – 4,898,635
Length 114
Sequences 6
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 72.52
Mean single sequence MFE -50.60
Consensus MFE -22.33
Energy contribution -22.92
Covariance contribution 0.58
Combinations/Pair 1.38
Mean z-score -1.72
Structure conservation index 0.44
SVM decision value -0.04
SVM RNA-class probability 0.514602
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 4898521 114 - 27905053
AAUGCGGUGAACAGCACAGUGGCCCAGGCAGCAGCAGCUGCCGCAGCAGCCGCCGCAGCGCGUGGCAAGUGGCCGGGAGCGAUGUCGGGAGCGGCCAGUGGAGCCUACGGAGCC
..(((.(....).)))((.(((((..((((((....))))))...((..(((.((..((.(.((((.....)))).).))..)).)))..))))))).))..(((....).)). ( -49.40)
>DroVir_CAF1 8379 105 - 1
AAUGCGGUCAACAGUAGCGUGGCCCAGGCCGCUGCAGCA---GCUGCUGCGGCCGCAGCACGCGCCAAGUGGCCCGGCGCCAUGUCCAAUGC------GAGCGCGUAUGGAGCU
.(((((.((..((...(((((((((.((((((((((((.---...)))))(((.((.....))))).))))))).)).)))))))....)).------)).)))))........ ( -53.20)
>DroGri_CAF1 8968 102 - 1
AAUGCGGUCAACAAUAGUGUGGCCCAGGCGGCUGCU------GUGGCAGCUGCUGCGGCACGCGCCAAAUGGCCCGGGGCCAUGUCGAAUGC------CAGCGCUUAUGGAGCG
..((.(((((((....)).)))))))(((((((((.------...)))))))))((((((..((....((((((...))))))..))..)))------).))((((...)))). ( -45.40)
>DroWil_CAF1 7754 108 - 1
AAUGCCGUCAACAGCACAGUAGCU---GCAGCUGCAGCCGCUGCUGCUGCCGCAGCGGCACGUGGCAAAUGGCCAGGUGCCAUGUCAAGUGCCGCC---GGGGCCUAUGGAACU
...(((.....((((((((..(((---((....)))))..))).)))))(((..(((((((.(((((..((((.....))))))))).))))))))---))))).......... ( -55.40)
>DroYak_CAF1 6597 114 - 1
AAUGCGGUGAACAGCACAGUGGCCCAGGCAGCAGCAGCUGCCGCAGCAGCCGCCGCAGCGCGUGGCAAGUGGCCGGGAGCGAUGUCGGGAGCGGCCAGCGGAGCCUACGGCGCA
..(((((((.....))).(((((...((((((....))))))......)))))))))(((((((((..(((((((....((....))....)))))).)...))).)).)))). ( -51.40)
>DroMoj_CAF1 7818 102 - 1
AAUGCGGUGAACAGCAGCGUGGCUCAAGCCGCUGCA------GCUGCUGCGGCUGCAGCGCGAGCCAAAUGGCCCGGCGCCAUGUCGAAUAG------CAGCGCAUACGGAGCG
.(((((.((.....(.(((((((....(((((((((------((((...))))))))))..(.(((....))).))))))))))).).....------)).)))))........ ( -48.80)
>consensus
AAUGCGGUCAACAGCACAGUGGCCCAGGCAGCUGCAGC____GCUGCAGCCGCCGCAGCACGUGCCAAAUGGCCCGGAGCCAUGUCGAAUGC______CAGCGCCUACGGAGCG
...(((.((.........((.((...(((.((.(((((....))))).)).)))...)))).......(((((.....)))))...............)).))).......... (-22.33 = -22.92 +   0.58)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 4,898,561 – 4,898,666
Length 105
Sequences 6
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 73.58
Mean single sequence MFE -52.00
Consensus MFE -23.45
Energy contribution -25.00
Covariance contribution 1.56
Combinations/Pair 1.22
Mean z-score -2.24
Structure conservation index 0.45
SVM decision value 1.38
SVM RNA-class probability 0.948257
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 4898561 105 + 27905053
GGCCACUUGCCACGCGCUGCGGCGGCUGCUGCGGCAGCUGCUGCUGCCUGGGCCACUGUGCUGUUCACCGCAUU---------GGCGGCCGCUGCCACACCGCUGCUGGUGUAG
((((.....(((.(.((.(((((((((((....))))))))))).))))))((((.((((........)))).)---------)))))))......((((((....)))))).. ( -54.00)
>DroVir_CAF1 8413 108 + 1
GGCCACUUGGCGCGUGCUGCGGCCGCAGCAGC---UGCUGCAGCGGCCUGGGCCACGCUACUGUUGACCGCAUUCGCAGCGGCGGCGGCG---GCGACGCUGCUUGUGGUGUAG
.(((((..(((((((((((((((.((....))---.))))))))(((....))).(((..((((((.((((.......))))))))))..---))))))).))).))))).... ( -62.10)
>DroGri_CAF1 9002 93 + 1
GGCCAUUUGGCGCGUGCCGCAGCAGCUGCCAC------AGCAGCCGCCUGGGCCACACUAUUGUUGACCGCAUU---------GG---CA---GCAACGCUGCUUGUAGUAUAG
((((....((((..(((....)))(((((...------.)))))))))..))))............((..((..---------((---((---((...))))))))..)).... ( -34.90)
>DroWil_CAF1 7791 99 + 1
GGCCAUUUGCCACGUGCCGCUGCGGCAGCAGCAGCGGCUGCAGCUGC---AGCUACUGUGCUGUUGACGGCAUU---------GGCGGCA---GCUACGCUGCUGGUUGUAUAA
((((....((((.((((((...((((((((.(((..(((((....))---)))..))))))))))).)))))))---------)))((((---((...))))))))))...... ( -55.30)
>DroYak_CAF1 6637 105 + 1
GGCCACUUGCCACGCGCUGCGGCGGCUGCUGCGGCAGCUGCUGCUGCCUGGGCCACUGUGCUGUUCACCGCAUU---------GGCGGCCGCUGCCACACCGCUGCUGGUGUAG
((((.....(((.(.((.(((((((((((....))))))))))).))))))((((.((((........)))).)---------)))))))......((((((....)))))).. ( -54.00)
>DroMoj_CAF1 7852 96 + 1
GGCCAUUUGGCUCGCGCUGCAGCCGCAGCAGC------UGCAGCGGCUUGAGCCACGCUGCUGUUCACCGCAUU---------GGCGGCG---GCGACGCUGCUCGUGGUGUAG
(((....((((((((((((((((.......))------)))))))...)))))))....)))...((((((...---------(((((((---....))))))).))))))... ( -51.70)
>consensus
GGCCACUUGCCACGCGCUGCGGCGGCAGCAGC____GCUGCAGCUGCCUGGGCCACUCUGCUGUUCACCGCAUU_________GGCGGCA___GCCACGCUGCUGGUGGUGUAG
((((.........((...))((((((.((.((....)).)).))))))..))))............(((((............((((((.........)))))).))))).... (-23.45 = -25.00 +   1.56)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 4,898,561 – 4,898,666
Length 105
Sequences 6
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 73.58
Mean single sequence MFE -49.87
Consensus MFE -20.82
Energy contribution -22.32
Covariance contribution 1.50
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -2.74
Structure conservation index 0.42
SVM decision value 2.30
SVM RNA-class probability 0.991922
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 4898561 105 - 27905053
CUACACCAGCAGCGGUGUGGCAGCGGCCGCC---------AAUGCGGUGAACAGCACAGUGGCCCAGGCAGCAGCAGCUGCCGCAGCAGCCGCCGCAGCGCGUGGCAAGUGGCC
...(((..((.(((.((((((.((((((((.---------..(((.(....).)))..))))))..((((((....))))))......)).)))))).)))...))..)))... ( -54.60)
>DroVir_CAF1 8413 108 - 1
CUACACCACAAGCAGCGUCGC---CGCCGCCGCCGCUGCGAAUGCGGUCAACAGUAGCGUGGCCCAGGCCGCUGCAGCA---GCUGCUGCGGCCGCAGCACGCGCCAAGUGGCC
.....((((..((.(((((((---.(((((.((.(((((...(((........)))(((((((....))))).)).)))---)).)).))))).)).).))))))...)))).. ( -52.30)
>DroGri_CAF1 9002 93 - 1
CUAUACUACAAGCAGCGUUGC---UG---CC---------AAUGCGGUCAACAAUAGUGUGGCCCAGGCGGCUGCU------GUGGCAGCUGCUGCGGCACGCGCCAAAUGGCC
..............((((.((---((---(.---------..((.(((((((....)).)))))))(((((((((.------...))))))))))))))))))(((....))). ( -42.20)
>DroWil_CAF1 7791 99 - 1
UUAUACAACCAGCAGCGUAGC---UGCCGCC---------AAUGCCGUCAACAGCACAGUAGCU---GCAGCUGCAGCCGCUGCUGCUGCCGCAGCGGCACGUGGCAAAUGGCC
........((((((((...))---))).(((---------(.((((((...((((((((..(((---((....)))))..))).))))).....))))))..))))...))).. ( -47.40)
>DroYak_CAF1 6637 105 - 1
CUACACCAGCAGCGGUGUGGCAGCGGCCGCC---------AAUGCGGUGAACAGCACAGUGGCCCAGGCAGCAGCAGCUGCCGCAGCAGCCGCCGCAGCGCGUGGCAAGUGGCC
...(((..((.(((.((((((.((((((((.---------..(((.(....).)))..))))))..((((((....))))))......)).)))))).)))...))..)))... ( -54.60)
>DroMoj_CAF1 7852 96 - 1
CUACACCACGAGCAGCGUCGC---CGCCGCC---------AAUGCGGUGAACAGCAGCGUGGCUCAAGCCGCUGCA------GCUGCUGCGGCUGCAGCGCGAGCCAAAUGGCC
.....(((...((.((.((((---(((....---------...)))))))...)).)).((((((..((.((((((------((((...))))))))))))))))))..))).. ( -48.10)
>consensus
CUACACCACCAGCAGCGUCGC___CGCCGCC_________AAUGCGGUCAACAGCACAGUGGCCCAGGCAGCUGCAGC____GCUGCAGCCGCCGCAGCACGUGCCAAAUGGCC
...........(((((...((....(((((............(((.(....).)))..)))))....)).((.(((((....))))).)).))))).((.(((.....))))). (-20.82 = -22.32 +   1.50)

alignment

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