Locus 1704

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	4,895,553 – 4,895,645
Length	92
Max. P	0.997308

overview

Window 5

Location	4,895,553 – 4,895,645
Length	92
Sequences	6
Columns	118
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.28
Mean single sequence MFE	-28.82
Consensus MFE	-13.34
Energy contribution	-12.98
Covariance contribution	-0.36
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-2.71
Structure conservation index	0.46
SVM decision value	1.56
SVM RNA-class probability	0.963967
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 4895553 92 + 27905053
--GGUUCUUUUAGCUGGCCACCAGCU---------------GACCAAUAUCCAUGC---A--GAUCGUCGAUCGGUGGUCACCAGCUAAUG----UGUAUAAAAUUAUAAAUACAUGC
--.......(((((((((((((.(((---------------(.........)).))---.--((((...)))))))))...)))))))).(----(((((..........)))))).. ( -26.00)
>DroPse_CAF1 30450 115 + 1
UGGGUUCUCUCAACUGGCGCCCACCUUUCGCUUAUCUUCUUCAUCCCGAUCAUAUCAUGA--UAUCAUCGGUGCGUGGG-GCCAGGCCAUGAGGAUGUAUAAAAUUAUAAAUACAUGC
((.((((((....(((((.(((((.....((..............(((((.((((....)--))).))))).)))))))-))))).....)))))).))................... ( -31.16)
>DroSec_CAF1 3585 93 + 1
--GGUUCUUUUAGCUGGCCACCAGCU---------------GAUCGACAUCCAUGC---AUCCAUCA-CCAUCAGUGGUGACCAGCUAAUG----UGUAUAAAAUUAUAAAUACAUGC
--.......((((((((.(((((.((---------------(((.(..........---........-).)))))))))).)))))))).(----(((((..........)))))).. ( -26.27)
>DroSim_CAF1 3518 92 + 1
--GGUUCUUUUAGCUGGCCACCAGCU---------------GAACGACAUCCAUGC---U--GAUCGUCGAUCAGUGGUAACCAGCUAAUG----UGUAUAAAAUUAUAAAUACAUGC
--.......((((((((..((((.((---------------((.(((((((.....---.--))).)))).))))))))..)))))))).(----(((((..........)))))).. ( -31.80)
>DroEre_CAF1 3129 92 + 1
--GGUUCUUUUAGCUGGCAACCAGCG---------------CAACGAGAUCCUAGC---U--GAUCGUCGAUCCGUGGUCACCAGCUAAUG----UGUAUAAAAUUAUAAAUACAUGC
--.......((((((((..((((.((---------------...(((((((.....---.--)))).)))...))))))..)))))))).(----(((((..........)))))).. ( -27.40)
>DroYak_CAF1 3626 92 + 1
--GGUUCUUUUAGCUGGCCACCAGCG---------------CAGCGAGAUCGUUGC---A--GAUCGUCGAUCCGUGGUCACCAGCUAAUG----UGUAUAAAAUUAUAAAUACAUGC
--.......((((((((..((((..(---------------(((((....))))))---.--((((...))))..))))..)))))))).(----(((((..........)))))).. ( -30.30)
>consensus
__GGUUCUUUUAGCUGGCCACCAGCU_______________CAACGAGAUCCAUGC___A__GAUCGUCGAUCCGUGGUCACCAGCUAAUG____UGUAUAAAAUUAUAAAUACAUGC
.........((((((((..((((..................(.....)..............((((...))))..))))..))))))))......(((((..........)))))... (-13.34 = -12.98 +  -0.36)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	4,895,553 – 4,895,645
Length	92
Sequences	6
Columns	118
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.28
Mean single sequence MFE	-34.57
Consensus MFE	-17.41
Energy contribution	-17.19
Covariance contribution	-0.22
Combinations/Pair	1.16
Mean z-score	-4.00
Structure conservation index	0.50
SVM decision value	2.83
SVM RNA-class probability	0.997308
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 4895553 92 - 27905053
GCAUGUAUUUAUAAUUUUAUACA----CAUUAGCUGGUGACCACCGAUCGACGAUC--U---GCAUGGAUAUUGGUC---------------AGCUGGUGGCCAGCUAAAAGAACC--
...(((((..(....)..)))))----..(((((((((.(((((.((((((..(((--(---....)))).))))))---------------.).)))).))))))))).......-- ( -31.30)
>DroPse_CAF1 30450 115 - 1
GCAUGUAUUUAUAAUUUUAUACAUCCUCAUGGCCUGGC-CCCACGCACCGAUGAUA--UCAUGAUAUGAUCGGGAUGAAGAAGAUAAGCGAAAGGUGGGCGCCAGUUGAGAGAACCCA
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>DroSec_CAF1 3585 93 - 1
GCAUGUAUUUAUAAUUUUAUACA----CAUUAGCUGGUCACCACUGAUGG-UGAUGGAU---GCAUGGAUGUCGAUC---------------AGCUGGUGGCCAGCUAAAAGAACC--
...(((((..(....)..)))))----..(((((((((((((((((((.(-(.(((...---.))).)....).)))---------------)).)))))))))))))).......-- ( -33.30)
>DroSim_CAF1 3518 92 - 1
GCAUGUAUUUAUAAUUUUAUACA----CAUUAGCUGGUUACCACUGAUCGACGAUC--A---GCAUGGAUGUCGUUC---------------AGCUGGUGGCCAGCUAAAAGAACC--
...(((((..(....)..)))))----..((((((((((((((((((.((((.(((--.---.....))))))).))---------------)).)))))))))))))).......-- ( -37.60)
>DroEre_CAF1 3129 92 - 1
GCAUGUAUUUAUAAUUUUAUACA----CAUUAGCUGGUGACCACGGAUCGACGAUC--A---GCUAGGAUCUCGUUG---------------CGCUGGUUGCCAGCUAAAAGAACC--
...(((((..(....)..)))))----..((((((((..((((((.(.(((.((((--.---.....))))))).).---------------)).))))..)))))))).......-- ( -34.50)
>DroYak_CAF1 3626 92 - 1
GCAUGUAUUUAUAAUUUUAUACA----CAUUAGCUGGUGACCACGGAUCGACGAUC--U---GCAACGAUCUCGCUG---------------CGCUGGUGGCCAGCUAAAAGAACC--
...(((((..(....)..)))))----..(((((((((.((((((.(.(((.((((--.---.....))))))).).---------------)).)))).))))))))).......-- ( -33.40)
>consensus
GCAUGUAUUUAUAAUUUUAUACA____CAUUAGCUGGUGACCACGGAUCGACGAUC__U___GCAAGGAUCUCGAUC_______________AGCUGGUGGCCAGCUAAAAGAACC__
...(((((..(....)..)))))......(((((((((.((((....................................................)))).)))))))))......... (-17.41 = -17.19 +  -0.22)

alignment

secondary structure

dotplot

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