Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,796,551 – 4,796,743 |
Length | 192 |
Max. P | 0.999986 |
Location | 4,796,551 – 4,796,663 |
---|---|
Length | 112 |
Sequences | 5 |
Columns | 115 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 96.67 |
Mean single sequence MFE | -33.92 |
Consensus MFE | -31.30 |
Energy contribution | -31.30 |
Covariance contribution | 0.00 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -3.22 |
Structure conservation index | 0.92 |
SVM decision value | 4.49 |
SVM RNA-class probability | 0.999909 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 4796551 112 + 27905053 ---UGUUGUUGUUGUGGCUCGGCAUGGUAAUGAGCUGAGCAGCCAAGAAACAGAAACAGAGUCUGAUUAUCAUGAGUAAGCAUGAUUAUGCUUAUGAGCCGAGAGUAAAAGUGAA ---...........((((((..((((((((((.(((....))))......((((.......))))))))))))).((((((((....)))))))))))))).............. ( -31.30) >DroSec_CAF1 31915 109 + 1 ---UGUU---GUUGUGGCUCGGCAUGGUAAUGAGCUGAGCAGCCAAGAAACAGAAACAGAGUCUGAUUAUCAUGAGUAAGCAUGAUUAUGCUUAUGAGCCGAGAGUAAAAGUGAA ---....---....((((((..((((((((((.(((....))))......((((.......))))))))))))).((((((((....)))))))))))))).............. ( -31.30) >DroSim_CAF1 27970 112 + 1 ---UGUUGUUGUUGUGGCUCGGCAUGGUAAUGAGCUGAGCAGCCAAGAAACAGAAACAGAGUCUGAUUAUCAUGAGUAAGCAUGAUUAUGCUUAUGAGCCGAGAGUAAAAGUGAA ---...........((((((..((((((((((.(((....))))......((((.......))))))))))))).((((((((....)))))))))))))).............. ( -31.30) >DroEre_CAF1 32672 115 + 1 AGUUGUUUUUGUUGUGGCUCGGCAUGGUAAUGAGCUGAGCAGCCAAGAAACAGAAACAGAGUCUGAUUAUCAUGAGUAAGCAUGAUUAUGCUUAUGAGCCGAGAGUAAAAGUGAA ..(..((((((((.((((((..((((((((((.(((....))))......((((.......))))))))))))).((((((((....)))))))))))))).)).))))))..). ( -35.30) >DroYak_CAF1 33096 115 + 1 AGUUGUUUUUGCUGUGGCUCGGCAUGGUAAUGAGCUGAGCAGCCAAGAAACAGAAACAGAGUCUGAUUAUCAUGAGUAAGCAUGAUUAUGCUUAUGAGCCGAGAGUAAAAGUGAA ..(..((((((((.((((((..((((((((((.(((....))))......((((.......))))))))))))).((((((((....))))))))))))))..))))))))..). ( -40.40) >consensus ___UGUUGUUGUUGUGGCUCGGCAUGGUAAUGAGCUGAGCAGCCAAGAAACAGAAACAGAGUCUGAUUAUCAUGAGUAAGCAUGAUUAUGCUUAUGAGCCGAGAGUAAAAGUGAA ..............((((((..((((((((((.(((....))))......((((.......))))))))))))).((((((((....)))))))))))))).............. (-31.30 = -31.30 + 0.00)
Location | 4,796,551 – 4,796,663 |
---|---|
Length | 112 |
Sequences | 5 |
Columns | 115 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 96.67 |
Mean single sequence MFE | -24.40 |
Consensus MFE | -24.40 |
Energy contribution | -24.40 |
Covariance contribution | 0.00 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -3.14 |
Structure conservation index | 1.00 |
SVM decision value | 5.41 |
SVM RNA-class probability | 0.999986 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 4796551 112 - 27905053 UUCACUUUUACUCUCGGCUCAUAAGCAUAAUCAUGCUUACUCAUGAUAAUCAGACUCUGUUUCUGUUUCUUGGCUGCUCAGCUCAUUACCAUGCCGAGCCACAACAACAACA--- ...............(((((.(((((((....)))))))..((((.((((((((.......))))......((((....)))).)))).))))..)))))............--- ( -24.40) >DroSec_CAF1 31915 109 - 1 UUCACUUUUACUCUCGGCUCAUAAGCAUAAUCAUGCUUACUCAUGAUAAUCAGACUCUGUUUCUGUUUCUUGGCUGCUCAGCUCAUUACCAUGCCGAGCCACAAC---AACA--- ...............(((((.(((((((....)))))))..((((.((((((((.......))))......((((....)))).)))).))))..))))).....---....--- ( -24.40) >DroSim_CAF1 27970 112 - 1 UUCACUUUUACUCUCGGCUCAUAAGCAUAAUCAUGCUUACUCAUGAUAAUCAGACUCUGUUUCUGUUUCUUGGCUGCUCAGCUCAUUACCAUGCCGAGCCACAACAACAACA--- ...............(((((.(((((((....)))))))..((((.((((((((.......))))......((((....)))).)))).))))..)))))............--- ( -24.40) >DroEre_CAF1 32672 115 - 1 UUCACUUUUACUCUCGGCUCAUAAGCAUAAUCAUGCUUACUCAUGAUAAUCAGACUCUGUUUCUGUUUCUUGGCUGCUCAGCUCAUUACCAUGCCGAGCCACAACAAAAACAACU ...............(((((.(((((((....)))))))..((((.((((((((.......))))......((((....)))).)))).))))..)))))............... ( -24.40) >DroYak_CAF1 33096 115 - 1 UUCACUUUUACUCUCGGCUCAUAAGCAUAAUCAUGCUUACUCAUGAUAAUCAGACUCUGUUUCUGUUUCUUGGCUGCUCAGCUCAUUACCAUGCCGAGCCACAGCAAAAACAACU ...............(((((.(((((((....)))))))..((((.((((((((.......))))......((((....)))).)))).))))..)))))............... ( -24.40) >consensus UUCACUUUUACUCUCGGCUCAUAAGCAUAAUCAUGCUUACUCAUGAUAAUCAGACUCUGUUUCUGUUUCUUGGCUGCUCAGCUCAUUACCAUGCCGAGCCACAACAAAAACA___ ...............(((((.(((((((....)))))))..((((.((((((((.......))))......((((....)))).)))).))))..)))))............... (-24.40 = -24.40 + 0.00)
Location | 4,796,623 – 4,796,743 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 94.44 |
Mean single sequence MFE | -32.91 |
Consensus MFE | -29.32 |
Energy contribution | -29.27 |
Covariance contribution | -0.05 |
Combinations/Pair | 1.11 |
Mean z-score | -1.72 |
Structure conservation index | 0.89 |
SVM decision value | 1.26 |
SVM RNA-class probability | 0.937775 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 4796623 120 + 27905053 GUAAGCAUGAUUAUGCUUAUGAGCCGAGAGUAAAAGUGAAAGAGGCGGAGAAUGUGUGUGUAAAGAAUGCCUUGAGUGUCUGAGUGCCUCGUAUGUAGGCCAAGUCUAUUAUGCGGCUAG ((((((((....)))))))).(((((((.(((..((.....((((((....................))))))......))...))))))((((((((((...))))).))))))))).. ( -34.05) >DroSec_CAF1 31984 116 + 1 GUAAGCAUGAUUAUGCUUAUGAGCCGAGAGUAAAAGUGAAAGAGGCGGAGAGUG----UGUAAAGAAUGCCUUGAGUGUCUGAGUGCCUCGUAUGUAGGCCAAGUCUAUUAUGCGGCUAG ((((((((....)))))))).(((((((.(((..((.....((((((.......----.........))))))......))...))))))((((((((((...))))).))))))))).. ( -34.29) >DroSim_CAF1 28042 118 + 1 GUAAGCAUGAUUAUGCUUAUGAGCCGAGAGUAAAAGUGAAAGAGGCGGAGAGUG--UGUGUAAAGAAUGCCUUGAGUGUCUGAGUGCCUCGUAUGUAGGCCAAGUCUAUUAUGCGGCUAG ((((((((....)))))))).(((((((.(((........(((.((...(((.(--(((.......)))))))..)).)))...))))))((((((((((...))))).))))))))).. ( -34.60) >DroEre_CAF1 32747 118 + 1 GUAAGCAUGAUUAUGCUUAUGAGCCGAGAGUAAAAGUGAAAGAGGCGGAGAGUG--UGUGUAAAGAAUGCCUUGAGUGUCUGAGUGCCUCGUAUGUAGGCCAAGUCUAUUAUGCGGCUAG ((((((((....)))))))).(((((((.(((........(((.((...(((.(--(((.......)))))))..)).)))...))))))((((((((((...))))).))))))))).. ( -34.60) >DroYak_CAF1 33171 118 + 1 GUAAGCAUGAUUAUGCUUAUGAGCCGAGAGUAAAAGUGAAAGAGGCGGAGAGUG--UGUGUAAAGAAUGCCUUGAGUGUCUGAGUGCCUCGUAUGUAGGCCAAGUCUAUUAUGCGGCUAG ((((((((....)))))))).(((((((.(((........(((.((...(((.(--(((.......)))))))..)).)))...))))))((((((((((...))))).))))))))).. ( -34.60) >DroAna_CAF1 31654 116 + 1 GUAAGCAUGAUUAUGCUUAUGAGCAGAGAGUAAAAGUGACUGACGGAACGAGCG--AGUG-AAAGAAUGCCUUGAGUGUCUGAGUGUUUUGUAUGUAGGCCAAGUCUAUUAUGCGGCUA- ((((((((....)))))))).(((.............(((...((((.((..((--((.(-........)))))..))))))...))).(((((((((((...))))).))))))))).- ( -25.30) >consensus GUAAGCAUGAUUAUGCUUAUGAGCCGAGAGUAAAAGUGAAAGAGGCGGAGAGUG__UGUGUAAAGAAUGCCUUGAGUGUCUGAGUGCCUCGUAUGUAGGCCAAGUCUAUUAUGCGGCUAG ((((((((....)))))))).(((((((.(((..((.....((((((....................))))))......))...))))))((((((((((...))))).))))))))).. (-29.32 = -29.27 + -0.05)
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