Locus 1665

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 4,794,542 – 4,794,662
Length 120
Max. P 0.997691
window2749 window2750

overview

Window 9

Location 4,794,542 – 4,794,662
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.89
Mean single sequence MFE -34.92
Consensus MFE -29.95
Energy contribution -31.90
Covariance contribution 1.95
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -3.21
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 2.45
SVM RNA-class probability 0.994136
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 4794542 120 + 27905053
AUGGGGAAAAAUGAAGCGAAUUAUUGUUCGCUCGAUGGUGCCACACAAAAUUAACCCAAUUAUGAGAGGCGCAACAUAAUCCAAGCGGACAAAGGAUGCUAUAGUAUCCUGCUCAUUUCA
........((((((.((......(((((((((.(((.(((((.(.((.((((.....)))).)).).)))))......)))..)))))))))(((((((....))))))))))))))).. ( -36.70)
>DroSec_CAF1 29929 117 + 1
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........((((((.((......((---((((.(((.(((((.(.((.((((.....)))).)).).)))))......)))..))))))...(((((((....))))))))))))))).. ( -31.10)
>DroSim_CAF1 25962 120 + 1
AUGGGGAAAAAUGAAGCGAAUUAUUGUCCGCUCGAUGGUGCCACACAAAAUUAACCCAAUUAUGAGAGGCGCAACAUAAUCAAAGCGGACAAAGGAUGCUAUAGUAUCCUGCUCAUUUCA
........((((((.((......(((((((((.(((.(((((.(.((.((((.....)))).)).).)))))......)))..)))))))))(((((((....))))))))))))))).. ( -39.50)
>DroEre_CAF1 30504 120 + 1
GUGGGGAAAAAUGAAGCGAAUUACUGUCCGCUCGAUGGUGCCACACAAAAUUAACCCAAUUAUGAGAGGCGCAACAUAAUCAAAGCGGACAAAGGAUGCUACAGUAUCCUGCUCAUUUCA
........((((((.((.......((((((((.(((.(((((.(.((.((((.....)))).)).).)))))......)))..)))))))).(((((((....))))))))))))))).. ( -38.40)
>DroYak_CAF1 30895 120 + 1
GUAGGGAAAAAUGAAGCGAAUUACUGUCCGCUCGAUGGUGCCACACGAAAUUAACCCAAUUAUGAGAGGCGCAACAUAAUCAAAGCGGACAAAGGAUGCUACAGUAUCCUGCUCAUUUCA
........((((((.((.......((((((((.(((.(((((.(.((.((((.....)))).)).).)))))......)))..)))))))).(((((((....))))))))))))))).. ( -37.70)
>DroAna_CAF1 29711 115 + 1
GAAAAGA-AAAUGCAGGGAAUUAUUGCCCGC----UGGUGCCACACAAAAUUAACCCAAUUAUGAGAGGCGCAACAUAAUCAAAGCGGACAAAGGAUGCCAAGCCAUCCUGAACAGUUUU
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>consensus
AUGGGGAAAAAUGAAGCGAAUUAUUGUCCGCUCGAUGGUGCCACACAAAAUUAACCCAAUUAUGAGAGGCGCAACAUAAUCAAAGCGGACAAAGGAUGCUAUAGUAUCCUGCUCAUUUCA
........((((((.((......(((((((((.(((.(((((.(.((.((((.....)))).)).).)))))......)))..)))))))))(((((((....))))))))))))))).. (-29.95 = -31.90 +   1.95)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 4,794,542 – 4,794,662
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 90.89
Mean single sequence MFE -34.67
Consensus MFE -31.54
Energy contribution -32.93
Covariance contribution 1.39
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -2.60
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 2.91
SVM RNA-class probability 0.997691
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 4794542 120 - 27905053
UGAAAUGAGCAGGAUACUAUAGCAUCCUUUGUCCGCUUGGAUUAUGUUGCGCCUCUCAUAAUUGGGUUAAUUUUGUGUGGCACCAUCGAGCGAACAAUAAUUCGCUUCAUUUUUCCCCAU
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>DroSec_CAF1 29929 117 - 1
UGAAAUGAGCAGGAUACUAUAGCAUCCUUUGUCCGCUUUGAUUAUGUUGCGCCUCUCAUAAUUGGGUUAAUUUUGUGUGGCACCAUCGAGCG---AAUAAUUCGCUUCAUUUUUCCCCAU
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>DroSim_CAF1 25962 120 - 1
UGAAAUGAGCAGGAUACUAUAGCAUCCUUUGUCCGCUUUGAUUAUGUUGCGCCUCUCAUAAUUGGGUUAAUUUUGUGUGGCACCAUCGAGCGGACAAUAAUUCGCUUCAUUUUUCCCCAU
.((((((((((((((.(....).)))))((((((((((.(((..(((..(((..((((....))))........)))..)))..)))))))))))))......)).)))))))....... ( -39.20)
>DroEre_CAF1 30504 120 - 1
UGAAAUGAGCAGGAUACUGUAGCAUCCUUUGUCCGCUUUGAUUAUGUUGCGCCUCUCAUAAUUGGGUUAAUUUUGUGUGGCACCAUCGAGCGGACAGUAAUUCGCUUCAUUUUUCCCCAC
.((((((((((((((.(....).)))))((((((((((.(((..(((..(((..((((....))))........)))..)))..)))))))))))))......)).)))))))....... ( -38.90)
>DroYak_CAF1 30895 120 - 1
UGAAAUGAGCAGGAUACUGUAGCAUCCUUUGUCCGCUUUGAUUAUGUUGCGCCUCUCAUAAUUGGGUUAAUUUCGUGUGGCACCAUCGAGCGGACAGUAAUUCGCUUCAUUUUUCCCUAC
.((((((((((((((.(....).)))))((((((((((.(((..(((..(((..((((....))))........)))..)))..)))))))))))))......)).)))))))....... ( -38.90)
>DroAna_CAF1 29711 115 - 1
AAAACUGUUCAGGAUGGCUUGGCAUCCUUUGUCCGCUUUGAUUAUGUUGCGCCUCUCAUAAUUGGGUUAAUUUUGUGUGGCACCA----GCGGGCAAUAAUUCCCUGCAUUU-UCUUUUC
..........((((((......))))))(((((((((.......(((..(((..((((....))))........)))..)))..)----))))))))...............-....... ( -27.90)
>consensus
UGAAAUGAGCAGGAUACUAUAGCAUCCUUUGUCCGCUUUGAUUAUGUUGCGCCUCUCAUAAUUGGGUUAAUUUUGUGUGGCACCAUCGAGCGGACAAUAAUUCGCUUCAUUUUUCCCCAC
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alignment

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secondary structure

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