Locus 1645

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 4,778,318 – 4,778,477
Length 159
Max. P 0.780319
window2712 window2713 window2714

overview

Window 2

Location 4,778,318 – 4,778,438
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 93.28
Mean single sequence MFE -46.03
Consensus MFE -40.56
Energy contribution -41.25
Covariance contribution 0.70
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -1.50
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 0.56
SVM RNA-class probability 0.780319
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 4778318 120 + 27905053
AUUACUCAAGUAGCGCGGAUUGAUCAUCAGACCAUUUGGAUUGUCCGUGGUGCUAACCACUGAACCGGGUGGACUGCAACUGCUGCUGGUGGCCGCCGCCAGUUCAUUGCAGUACGAGGU
....(((.((((.(((((((.((((..((((...))))))))))))))).))))..(((((......)))))(((((((.((..((((((((...)))))))).)))))))))..))).. ( -47.90)
>DroSec_CAF1 13807 120 + 1
AUUACUCAAGUAGCGCGGAUUGAUCAUCAGACCAUUCGGAUUGUCCGUGGUGCUGACCACCGAACCGGGUGGACUACAACUGCUGCUGGUUGCCGCCGCCAGUUCAUUGCAGUACGAGGU
....(((.((((.(((((((.((((....((....)).))))))))))).))))..(((((......)))))......(((((.((((((.......)))))).....)))))..))).. ( -42.80)
>DroSim_CAF1 9045 120 + 1
AUUACUCAAGUAGCGCGGAUUGAUCAUCAGACCAUUUGGAUUGUCCGUGGUGCUGACCACCGAACCGGGUGGACUACAACUGCUGCUGGUGGCCGCCGCCAGUUCAUUGCAGUACGAGGU
....(((.((((.(((((((.((((..((((...))))))))))))))).))))..(((((......)))))......(((((.((((((((...)))))))).....)))))..))).. ( -46.70)
>DroEre_CAF1 13968 120 + 1
AUUGCUCAAGUAGCGCGGAUUGAUCAUCAGACCAUUCGGAUUGUCCGUGGUGCUGACCACCGAACCGGGUGGACUGCAACUGCUGCUGGUGGCCGCCGCCAGUUCAUUGCAGUACGAGGU
....(((.((((.(((((((.((((....((....)).))))))))))).))))..(((((......)))))(((((((.((..((((((((...)))))))).)))))))))..))).. ( -51.00)
>DroYak_CAF1 14110 120 + 1
AUUACUCAAGUAGCGCGGAUUGAUCAUCAGACCAUUUGGAUUGUCCGUGGUGCUGACCACCGAACCGGGUGGACUGCAACUGCUGCUGGUGGCCGCCGCAAGUUCAUUGCAGUACGAGGU
....(((.((((.(((((((.((((..((((...))))))))))))))).))))..(((((......)))))(((((((..(((((.(((....))))).)))...)))))))..))).. ( -44.90)
>DroAna_CAF1 13550 120 + 1
AUUGCUGAGAUAGCGGGGAUUGAUCAUCAGACCGUUGGGAUUAUCCGUGGUGCUGACCACCGAUCCGGGAGGGCUGCAGCUGCUGCUGGUCGCCGCCGCCAGCUCGUUGCAAUAUGAGGU
(((((((((...((((((...(((((.(((.(.((((((.....))(((((....)))))((..((....))..)))))).)))).))))).)).))))...))))..)))))....... ( -42.90)
>consensus
AUUACUCAAGUAGCGCGGAUUGAUCAUCAGACCAUUUGGAUUGUCCGUGGUGCUGACCACCGAACCGGGUGGACUGCAACUGCUGCUGGUGGCCGCCGCCAGUUCAUUGCAGUACGAGGU
....(((.((((.(((((((.((((.............))))))))))).))))..(((((......)))))(((((((.((..((((((((...)))))))).)))))))))..))).. (-40.56 = -41.25 +   0.70)

alignment

Postscript

secondary structure

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dotplot

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Window 3

Location 4,778,318 – 4,778,438
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 93.28
Mean single sequence MFE -40.35
Consensus MFE -36.07
Energy contribution -36.35
Covariance contribution 0.28
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -1.26
Structure conservation index 0.89
SVM decision value 0.24
SVM RNA-class probability 0.650922
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 4778318 120 - 27905053
ACCUCGUACUGCAAUGAACUGGCGGCGGCCACCAGCAGCAGUUGCAGUCCACCCGGUUCAGUGGUUAGCACCACGGACAAUCCAAAUGGUCUGAUGAUCAAUCCGCGCUACUUGAGUAAU
..((((((.(((..((((((((..(.(((...((((....))))..))))..))))))))(((((....)))))((.....))...(((((....)))))....))).)))..))).... ( -36.10)
>DroSec_CAF1 13807 120 - 1
ACCUCGUACUGCAAUGAACUGGCGGCGGCAACCAGCAGCAGUUGUAGUCCACCCGGUUCGGUGGUCAGCACCACGGACAAUCCGAAUGGUCUGAUGAUCAAUCCGCGCUACUUGAGUAAU
..((((((.(((...(((((((.(((.(((((........))))).)))...)))))))(((.(((((.(((((((.....)))..))))))))).))).....))).)))..))).... ( -42.30)
>DroSim_CAF1 9045 120 - 1
ACCUCGUACUGCAAUGAACUGGCGGCGGCCACCAGCAGCAGUUGUAGUCCACCCGGUUCGGUGGUCAGCACCACGGACAAUCCAAAUGGUCUGAUGAUCAAUCCGCGCUACUUGAGUAAU
..((((((.(((...(((((((..(.(((...((((....))))..))))..)))))))(((.(((((.((((.((.....))...))))))))).))).....))).)))..))).... ( -39.40)
>DroEre_CAF1 13968 120 - 1
ACCUCGUACUGCAAUGAACUGGCGGCGGCCACCAGCAGCAGUUGCAGUCCACCCGGUUCGGUGGUCAGCACCACGGACAAUCCGAAUGGUCUGAUGAUCAAUCCGCGCUACUUGAGCAAU
..((((((.(((...(((((((..(.(((...((((....))))..))))..)))))))(((.(((((.(((((((.....)))..))))))))).))).....))).)))..))).... ( -41.70)
>DroYak_CAF1 14110 120 - 1
ACCUCGUACUGCAAUGAACUUGCGGCGGCCACCAGCAGCAGUUGCAGUCCACCCGGUUCGGUGGUCAGCACCACGGACAAUCCAAAUGGUCUGAUGAUCAAUCCGCGCUACUUGAGUAAU
..((((.((((((((....((((((......)).))))..)))))))).)...(((...(((.(((((.((((.((.....))...))))))))).)))...)))........))).... ( -37.00)
>DroAna_CAF1 13550 120 - 1
ACCUCAUAUUGCAACGAGCUGGCGGCGGCGACCAGCAGCAGCUGCAGCCCUCCCGGAUCGGUGGUCAGCACCACGGAUAAUCCCAACGGUCUGAUGAUCAAUCCCCGCUAUCUCAGCAAU
.......(((((...(((.((((((.(((...((((....))))..))).....((((.(((.(((((.(((..((......))...)))))))).))).)))))))))).))).))))) ( -45.60)
>consensus
ACCUCGUACUGCAAUGAACUGGCGGCGGCCACCAGCAGCAGUUGCAGUCCACCCGGUUCGGUGGUCAGCACCACGGACAAUCCAAAUGGUCUGAUGAUCAAUCCGCGCUACUUGAGUAAU
..((((....((...(((((((..(.(((...((((....))))..))))..)))))))(((.(((((.((((.((.....))...))))))))).))).......))....)))).... (-36.07 = -36.35 +   0.28)

alignment

Postscript

secondary structure

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dotplot

Postscript

Window 4

Location 4,778,358 – 4,778,477
Length 119
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 93.46
Mean single sequence MFE -51.10
Consensus MFE -46.74
Energy contribution -47.60
Covariance contribution 0.86
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -1.09
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 0.19
SVM RNA-class probability 0.628268
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 4778358 119 + 27905053
UUGUCCGUGGUGCUAACCACUGAACCGGGUGGACUGCAACUGCUGCUGGUGGCCGCCGCCAGUUCAUUGCAGUACGAGGUAGAUGUGGGCGCCUGGGGAUCUCCCUUGAUCCCCGCUCC-
..(((((((((....)))))...(((...((.(((((((.((..((((((((...)))))))).))))))))).)).)))......))))((..(((((((......)))))))))...- ( -54.40)
>DroSec_CAF1 13847 119 + 1
UUGUCCGUGGUGCUGACCACCGAACCGGGUGGACUACAACUGCUGCUGGUUGCCGCCGCCAGUUCAUUGCAGUACGAGGUAGAUGUGGGCGCCUGGGGAUCUCCCUUGAUCCCCGCUCC-
........((((((.((((((......))))).((((.(((((.((((((.......)))))).....))))).....))))...).)))))).(((((((......))))))).....- ( -49.50)
>DroSim_CAF1 9085 119 + 1
UUGUCCGUGGUGCUGACCACCGAACCGGGUGGACUACAACUGCUGCUGGUGGCCGCCGCCAGUUCAUUGCAGUACGAGGUAGAUGUGGGCGCCUGGGGAUCUCCCUUGAUCCCCGCUCC-
........((((((.((((((......))))).((((.(((((.((((((((...)))))))).....))))).....))))...).)))))).(((((((......))))))).....- ( -54.30)
>DroEre_CAF1 14008 119 + 1
UUGUCCGUGGUGCUGACCACCGAACCGGGUGGACUGCAACUGCUGCUGGUGGCCGCCGCCAGUUCAUUGCAGUACGAGGUAGAUGUGGGCGCCUGGGGAUCUCCCUUGAUCCCCGCUCC-
........((((((.((((((......)))))(((((((.((..((((((((...)))))))).)))))))))............).)))))).(((((((......))))))).....- ( -54.90)
>DroYak_CAF1 14150 119 + 1
UUGUCCGUGGUGCUGACCACCGAACCGGGUGGACUGCAACUGCUGCUGGUGGCCGCCGCAAGUUCAUUGCAGUACGAGGUAGAUGUGGGCGCCUGUGGAUCUCCCUUGAUCCCCGCUCC-
...((.(((((....))))).))...(((((((((((((..(((((.(((....))))).)))...))))))).(((((.(((((..(....)..)..)))).)))))....)))))).- ( -43.60)
>DroAna_CAF1 13590 120 + 1
UUAUCCGUGGUGCUGACCACCGAUCCGGGAGGGCUGCAGCUGCUGCUGGUCGCCGCCGCCAGCUCGUUGCAAUAUGAGGUAGAUGUGGGCGCCUGGGCCUCUCCCUUGCCACCCGGUCCG
..(((.(((((....))))).)))(((((..(((((((((.((((.((((....)))).))))..))))))....((((.(((....(((......)))))).))))))).))))).... ( -49.90)
>consensus
UUGUCCGUGGUGCUGACCACCGAACCGGGUGGACUGCAACUGCUGCUGGUGGCCGCCGCCAGUUCAUUGCAGUACGAGGUAGAUGUGGGCGCCUGGGGAUCUCCCUUGAUCCCCGCUCC_
........((((((..(((((......))))).((((.(((((.((((((((...)))))))).....))))).....)))).....)))))).(((((((......)))))))...... (-46.74 = -47.60 +   0.86)

alignment

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