Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,767,278 – 4,767,398 |
Length | 120 |
Max. P | 0.520992 |
Location | 4,767,278 – 4,767,398 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 84.17 |
Mean single sequence MFE | -47.02 |
Consensus MFE | -37.31 |
Energy contribution | -36.93 |
Covariance contribution | -0.38 |
Combinations/Pair | 1.41 |
Mean z-score | -1.53 |
Structure conservation index | 0.79 |
SVM decision value | -0.02 |
SVM RNA-class probability | 0.520992 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 4767278 120 + 27905053 AUCGGCUGCAUGGUGAACGGCGCCGGUCUGGCCAUGGCCACCAUGGAUAUCAUUAAGUUGUAUGGCGGUGAACCGGCCAAUUUCCUGGAUGUCGGUGGUGGUGCCACUGCCGAGGCGGUC ...(((..((((((.(.((....))...).))))))((((((((.((((((....((..(..((((((....)).))))..)..)).)))))).)))))))))))(((((....))))). ( -54.90) >DroVir_CAF1 4091 120 + 1 AUCGGUUGCAUGGUGAAUGGUGCUGGCUUGGCCAUGGCAACGAUGGAUAUUAUCAAGUUGUACGGCGGUGAGCCGGCAAAUUUCCUUGAUGUUGGCGGUGGCGCCACAGCAGAGGCUGUG ((((.(.((((.(.(((...(((((((((.(((...(((((....(((...)))..)))))..)))...)))))))))...)))..).)))).).)))).....((((((....)))))) ( -43.20) >DroGri_CAF1 2731 120 + 1 AUUGGUUGCAUGGUUAACGGUGCUGGUCUGGCCAUGGCCACCAUGGAUAUUAUCAAGUUGUACGGCGGUGAGCCAGCCAAUUUCCUUGACGUCGGCGGUGGCGCCACGGCAGAAGCCGUC ...(((..((((((((((.......)).))))))))((((((.(.(((....(((((..(...(((((....)).)))...)..))))).))).).)))))))))(((((....))))). ( -44.70) >DroWil_CAF1 3287 120 + 1 AUCGGAUGCAUGGUCAAUGGUGCUGGUCUGGCCAUGGCCACGAUGGACAUCAUUAAACUGUAUGGCGGUGAGCCAGCUAACUUCUUGGAUGUGGGCGGUGGUGCUACAGCUGAAGCUGUU .......((((..(((((((((.(.(((((((....)))).))).).)))))))........((((.....))))(((.((((....)).)).)))))..)))).(((((....))))). ( -38.30) >DroMoj_CAF1 2638 120 + 1 AUCGGAUGCAUGGUUAACGGUGCUGGCUUGGCCAUGGCCACCAUGGACAUUAUCAAGUUGUAUGGUGGUGAACCGGCCAACUUCCUUGAUGUCGGCGGUGGCGCCACAGCUGAAGCAGUC .((....((((.(....).)))).((((((((....((((((.(.(((((((..((((((..((((.....))))..))))))...))))))).).)))))))))).))))))....... ( -47.30) >DroAna_CAF1 2675 120 + 1 AUUGGUUGCAUGGUGAACGGUGCCGGUUUGGCCAUGGCUACCAUGGACAUCAUUAAGUUGUACGGCGGCGAGCCGGCCAAUUUUCUGGAUGUCGGUGGUGGUGCUACUGCCGAGGCUGUC ...((((((((.(....).))))((((.((((....((((((((.((((((...((((((..((((.....))))..))))))....)))))).))))))))))))..)))).))))... ( -53.70) >consensus AUCGGUUGCAUGGUGAACGGUGCUGGUCUGGCCAUGGCCACCAUGGACAUCAUCAAGUUGUACGGCGGUGAGCCGGCCAAUUUCCUGGAUGUCGGCGGUGGCGCCACAGCAGAAGCUGUC ...(((..((((((...((....)).....))))))((((((.(.((((((...((((((..((((.....))))..))))))....)))))).).)))))))))(((((....))))). (-37.31 = -36.93 + -0.38)
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