Locus 1634

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	4,763,612 – 4,763,825
Length	213
Max. P	0.982637

overview

Window 9

Location	4,763,612 – 4,763,717
Length	105
Sequences	6
Columns	108
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	82.48
Mean single sequence MFE	-37.98
Consensus MFE	-23.22
Energy contribution	-24.42
Covariance contribution	1.20
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-2.70
Structure conservation index	0.61
SVM decision value	0.54
SVM RNA-class probability	0.774696
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 4763612 105 + 27905053
AAAAUUCGGCAUGCUCCUGUAUCACACAACCUGCCACUUGCC-CUUAAAAAGAAGGGCGCAGUGGGCGUGGUACGU--AUACAUAUGAGCCAUGCUGCAUUUUGGCCG
......((((((((....))))....(((..(((((((((((-(((......))))))).))))((((((((.(((--(....)))).)))))))))))..))))))) ( -41.10)
>DroSec_CAF1 2806 103 + 1
AAAAUUCGGCAUGCUCCUGUAUCA--CAACCUGCCACUUCCC-CUUAAACAGAAGGGCGUAGUGGGCGUGGUACGU--AUACAUAUGAGCCAUGCUGCAUUUUGGCCG
......((((((((....))))..--(((..(((((((.(((-(((......))))).).))))((((((((.(((--(....)))).)))))))))))..))))))) ( -37.20)
>DroSim_CAF1 2808 103 + 1
AAAAUUCGGCAUGCUCCUGUAUCA--CAACCUGCCACUUCCC-CUUAAGAAGAAGGGCGGAGUGGGCGUGGUACGU--AUACAUAUGAGCCAUGCUGCAUUUUGGCCG
......((((((((....))))..--(((..(((((((((((-(((......))))).))))))((((((((.(((--(....)))).)))))))))))..))))))) ( -41.10)
>DroEre_CAF1 2754 103 + 1
AAAAUACGUCAUGCUCCUGUAUCG--CAACCUGCCACUUCCC-CUUAAUCAUAUGGGCGGAGUGGGCGUGGUCCGU--AUACAUAUGAGCCAUGCUGCAUUUUGGCCG
.......(((((((....)))..(--((.....(((((((((-(..........))).)))))))((((((..(((--(....))))..)))))))))....)))).. ( -35.70)
>DroYak_CAF1 2798 104 + 1
AAAAUGCGUCAUGCUCCUGUAUCG--CAACCUGCCACUUCCAACUUUAGUUUGAGGGCGGAGUGGGCGCGGUCCGU--AUACAUAUGAGCCAUGCUGGAUUUUGGCCG
(((((.((.(((((((.(((((((--..(((((((..((((..((((.....))))..))))..)))).))).)).--)))))...))).)))).)).)))))..... ( -31.30)
>DroAna_CAF1 2658 101 + 1
AAAGUGCUGCAUGCUCAUGUAUAG--GAAUCGGAUGCUUCCC-CCCAAG----AGUGGGUGGCUGGCGGGUUCCAUACAUACAUUUGAGUCAUGCCGCAUUUUGGUCG
(((((((.((((((((((((((.(--(((((...((((..((-((((..----..)))).))..)))))))))))))))......)))).))))).)))))))..... ( -41.50)
>consensus
AAAAUUCGGCAUGCUCCUGUAUCA__CAACCUGCCACUUCCC_CUUAAGAAGAAGGGCGGAGUGGGCGUGGUACGU__AUACAUAUGAGCCAUGCUGCAUUUUGGCCG
(((((.((((((((((.(((((......((((((((((.(((.(((......))))).).))).)))).)))......)))))...))).))))))).)))))..... (-23.22 = -24.42 +   1.20)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	4,763,717 – 4,763,825
Length	108
Sequences	6
Columns	113
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.11
Mean single sequence MFE	-31.08
Consensus MFE	-30.26
Energy contribution	-29.43
Covariance contribution	-0.83
Combinations/Pair	1.30
Mean z-score	-3.25
Structure conservation index	0.97
SVM decision value	1.92
SVM RNA-class probability	0.982637
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 4763717 108 + 27905053
UA--AUGAAAAUGCAC-UGCUUUACUUGGAAAAUUCGCUUGCACAAAAUCAACGCCGCGGCUGAUUUAUUAU-UGAUGUGCUCAAGCAA-AUUCAAGUGAAGCAUUUGCGCGA
..--........(((.-(((((((((((((...((.(((((((((((((((..((....)))))))).....-...)))))..)))).)-))))))))))))))..))).... ( -32.00)
>DroVir_CAF1 3385 107 + 1
UC--AUGAAAAUGCAUUUGCUUCACUUAUAG-CCUGGCUUGCACAAAAUCAAUACCGCGGUUGAUUUUAU---AAAUGUGUUUAGGUCAAUUUUAAGUGAAACAAUUGCCUUA
..--........(((.(((.((((((((...-..(((((((((((((((((((......))))))))...---...)))))..))))))....)))))))).))).))).... ( -28.70)
>DroPse_CAF1 3214 111 + 1
UAGACUGAAAAUGCACUUGCUUCACUUUAAGCCUUCGCUUGCACAGAAUCAACGCCGCGGCUGAUUUAUUAU-UAAUGUGUUUAAGCAA-AUUCAAGUGAAGCAUUUGCGCAA
............(((..((((((((((.((......(((((((((((((((..((....)))))))).....-...)))))..))))..-.)).))))))))))..))).... ( -30.70)
>DroGri_CAF1 4044 110 + 1
CC--AUGAAAAUGCAUUUGUUUCACUUAAUG-CUUGGCUUGCACAGAAUCAAUACCGCGGUUGAUUUCCUUUAAAUUGUGCUUAAGCUUUAUUUAAGUGAAACAUUUGCACAA
..--.......((((..((((((((((((..-...((((((((((((((((((......)))))))).........)))))..)))))....))))))))))))..))))... ( -36.90)
>DroAna_CAF1 2759 108 + 1
CG--AUGAAAAUGCAUUUGCUUCCCUUGAAGCACUCGCUUGCACAAAAUCAACGCCGCGGCUGAUUUAUUAU-UGAUGUGC-CAAGCAA-UUUCAAGUGAAACAUUUGUGAGA
.(--(((......))))((((((....))))))((((((((((((((((((..((....)))))))).....-...)))).-)))))..-...((((((...)))))).))). ( -27.50)
>DroPer_CAF1 2884 111 + 1
UAGACUGAAAAUGCACUUGCUUCACUUUAAGCCUUCGCUUGCACAGAAUCAACGCCGCGGCUGAUUUAUUAU-UAAUGUGUUUAAGCAA-AUUCAAGUGAAGCAUUUGCGCAA
............(((..((((((((((.((......(((((((((((((((..((....)))))))).....-...)))))..))))..-.)).))))))))))..))).... ( -30.70)
>consensus
UA__AUGAAAAUGCACUUGCUUCACUUAAAGCCUUCGCUUGCACAAAAUCAACGCCGCGGCUGAUUUAUUAU_UAAUGUGCUUAAGCAA_AUUCAAGUGAAACAUUUGCGCAA
............(((..(((((((((((((......(((((((((((((((..((....)))))))).........)))))..))))....)))))))))))))..))).... (-30.26 = -29.43 +  -0.83)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	4,763,717 – 4,763,825
Length	108
Sequences	6
Columns	113
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.11
Mean single sequence MFE	-31.18
Consensus MFE	-24.49
Energy contribution	-25.77
Covariance contribution	1.28
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-3.14
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	1.71
SVM RNA-class probability	0.973572
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 4763717 108 - 27905053
UCGCGCAAAUGCUUCACUUGAAU-UUGCUUGAGCACAUCA-AUAAUAAAUCAGCCGCGGCGUUGAUUUUGUGCAAGCGAAUUUUCCAAGUAAAGCA-GUGCAUUUUCAU--UA
..((((...(((((.((((((((-((((((..(((((...-.....((((((((......))))))))))))))))))))))...))))).)))))-))))........--.. ( -34.80)
>DroVir_CAF1 3385 107 - 1
UAAGGCAAUUGUUUCACUUAAAAUUGACCUAAACACAUUU---AUAAAAUCAACCGCGGUAUUGAUUUUGUGCAAGCCAGG-CUAUAAGUGAAGCAAAUGCAUUUUCAU--GA
....(((.((((((((((((...................(---(((((((((((....))..))))))))))..(((...)-)).)))))))))))).)))........--.. ( -27.40)
>DroPse_CAF1 3214 111 - 1
UUGCGCAAAUGCUUCACUUGAAU-UUGCUUAAACACAUUA-AUAAUAAAUCAGCCGCGGCGUUGAUUCUGUGCAAGCGAAGGCUUAAAGUGAAGCAAGUGCAUUUUCAGUCUA
.(((((...((((((((((...(-((((((...((((...-......(((((((......))))))).)))).)))))))......)))))))))).)))))........... ( -32.60)
>DroGri_CAF1 4044 110 - 1
UUGUGCAAAUGUUUCACUUAAAUAAAGCUUAAGCACAAUUUAAAGGAAAUCAACCGCGGUAUUGAUUCUGUGCAAGCCAAG-CAUUAAGUGAAACAAAUGCAUUUUCAU--GG
..(((((..((((((((((((.....((((..(((((........(((.(((((....))..)))))))))))))))....-..))))))))))))..)))))......--.. ( -28.70)
>DroAna_CAF1 2759 108 - 1
UCUCACAAAUGUUUCACUUGAAA-UUGCUUG-GCACAUCA-AUAAUAAAUCAGCCGCGGCGUUGAUUUUGUGCAAGCGAGUGCUUCAAGGGAAGCAAAUGCAUUUUCAU--CG
.........((((((.((((((.-(((((((-.((((...-.....((((((((......)))))))))))))))))))....)))))).)))))).............--.. ( -31.00)
>DroPer_CAF1 2884 111 - 1
UUGCGCAAAUGCUUCACUUGAAU-UUGCUUAAACACAUUA-AUAAUAAAUCAGCCGCGGCGUUGAUUCUGUGCAAGCGAAGGCUUAAAGUGAAGCAAGUGCAUUUUCAGUCUA
.(((((...((((((((((...(-((((((...((((...-......(((((((......))))))).)))).)))))))......)))))))))).)))))........... ( -32.60)
>consensus
UUGCGCAAAUGCUUCACUUGAAU_UUGCUUAAACACAUUA_AUAAUAAAUCAGCCGCGGCGUUGAUUCUGUGCAAGCGAAGGCUUAAAGUGAAGCAAAUGCAUUUUCAU__UA
....(((..(((((((((((((..((((((...((((..........(((((((......))))))).)))).))))))....)))))))))))))..)))............ (-24.49 = -25.77 +   1.28)

alignment

secondary structure

dotplot

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