Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,658,415 – 4,658,522 |
Length | 107 |
Max. P | 0.790710 |
Location | 4,658,415 – 4,658,522 |
---|---|
Length | 107 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 78.84 |
Mean single sequence MFE | -43.58 |
Consensus MFE | -28.63 |
Energy contribution | -28.30 |
Covariance contribution | -0.33 |
Combinations/Pair | 1.36 |
Mean z-score | -1.61 |
Structure conservation index | 0.66 |
SVM decision value | 0.59 |
SVM RNA-class probability | 0.790710 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 4658415 107 + 27905053 --------UGA-----AACUUACCCCAUUCUCCCAAGGAGUUGUGCCUCCGCUGCCACUGCUACCACCACUUUGCACCGGUGGCCUAUAGUUUUUGGGUUUGGGUGGUGGCACCGGCUUG --------...-----....................((((......))))...(((..((((((((((.(...((.((((..((.....))..))))))..)))))))))))..)))... ( -35.10) >DroVir_CAF1 9711 112 + 1 ---UGAUUAGU-----UACUUACGCCAUUCUCCCAGGGCGUGGUGCCACCGCUGCCACUGCUACCGCCGCUCUGCACAGGCGGCCGAUAGUUUUUGGGCUUGGGUGGUGGCACGGGCUUA ---.....(((-----(...((((((..........))))))((((((((((((((...(((((.(((((.((....))))))).).)))).....)))...))))))))))).)))).. ( -49.30) >DroPse_CAF1 8686 115 + 1 CCCCGUCUGUU-----CACUUACGCCGUUUUCCCAGGGUGUGGUGCCCCCGCUGCCGCUGCUCCCACCGCUCUGCACCGGAGGACGAUAGUUCUUCGGUUUCGGUGGCGGCACUGGCUUG ....((..(..-----((((.(((((.(......).)))))))))..)..)).((((.((((.((((((......((((((((((....))))))))))..)))))).)))).))))... ( -47.40) >DroGri_CAF1 10144 117 + 1 ---CGUUUAGUUAAUCUACUUACGCCAUUCUCCCAGGGUGUGGUGCCACCACUGCCGCUGCUGCCGCCGCUCUGCACGGGUGGUCGAUAGUUUUUGGGCUUGGGCGGCGGCACUGGCUUG ---.((..(((......))).))(((((.((.....)).)))))((((....((((((((((((((((((((.....)))))))(((......))))))...)))))))))).))))... ( -45.90) >DroWil_CAF1 11407 110 + 1 -----UCUGUA-----CACUUACCCCAUUUUCCCAGGGUGUGGUGCCACCACUGCCACUGCUACCACCGCUCUGGACGGGCGGACGAUAGUUCUUGGGUUUUGGUGGUGGUACCGGUUUG -----......-----....(((((..........)))))((((((((((((((((...((((.(.((((((.....))))))..).)))).....)))...)))))))))))))..... ( -43.30) >DroAna_CAF1 11798 107 + 1 --------AGU-----AACUUACCCCAUUCUCCCAAGGUGUGGUGCCACCACUGCCACUGCUACCACCACUUUGCACUGGUGGCCUGUAGUUUUUGGGCUUGGGCGGUGGCACCGGCUUA --------...-----...................((((.((((((((((.((((((((((..((((((........))))))...))))).....)))...)).)))))))))))))). ( -40.50) >consensus _____U_UAGU_____AACUUACCCCAUUCUCCCAGGGUGUGGUGCCACCACUGCCACUGCUACCACCGCUCUGCACCGGUGGCCGAUAGUUUUUGGGCUUGGGUGGUGGCACCGGCUUG ...................................((((.(((((((.((((((((...((((...(((((.......)))))....)))).....)))...))))).))))))))))). (-28.63 = -28.30 + -0.33)
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