Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,623,492 – 4,623,597 |
Length | 105 |
Max. P | 0.935825 |
Location | 4,623,492 – 4,623,597 |
---|---|
Length | 105 |
Sequences | 6 |
Columns | 108 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 72.21 |
Mean single sequence MFE | -38.47 |
Consensus MFE | -14.96 |
Energy contribution | -16.30 |
Covariance contribution | 1.34 |
Combinations/Pair | 1.44 |
Mean z-score | -2.26 |
Structure conservation index | 0.39 |
SVM decision value | 1.25 |
SVM RNA-class probability | 0.935825 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 4623492 105 + 27905053 CUCUCUUUGAGUUUGGAGCCAGGAUCC--GUCCGG-CGGACCACAGUCCCAUUGUGGGGCGCCAGGAUAUGGGCGGUCCUGCUCAUUGUAUUACAUCCCUUGCUAGAG ..((((...(((..(((((.((((.((--((((((-((..(((((((...)))))))..)))).......))))))))))))))..((.....))...)..))))))) ( -40.51) >DroVir_CAF1 31265 102 + 1 CUCUGUUUUUCAUUGGAGUCCCGCUCUUGCUCCAAUUUACGCACUGCCCCAUUGUGGGGCAACAAGAUGUGUGCGUUUCU-UU-----CAUUGAACCCUUUGCUAGAG (((((......((((((((.........))))))))..((((((((((((.....))))))((.....))))))))....-..-----...............))))) ( -30.70) >DroEre_CAF1 23470 102 + 1 CUCUCCUUGAGUUUGGAGCCAGGAUCC--GUCCGG-CGGCCCACAGUCCCAUUGUGGGGCGCCAGGAUAUGGGCGGUCCUGCUCA---UAUUACAUCCCUUGCUAGAG (((.....)))....((((.((((.((--((((((-((.((((((((...)))))))).)))).......)))))))))))))).---.................... ( -44.01) >DroYak_CAF1 23371 102 + 1 CUCUCUUUGAGUUUGGAGCCGGGAUCC--GUCCGG-CGGCCCACAGUCCCAUUGUGGGGCGCCAGGAUAUGGGCGGUCCUGCUCA---UAUUACAUCCCUUGCUAGAG (((.....))).....(((.(((((..--((((((-((.((((((((...)))))))).)))).))))(((((((....))))))---).....)))))..))).... ( -44.50) >DroMoj_CAF1 30727 102 + 1 CUCUGUUUCUCAUUAGGUUUUCUCUCGUACUCCUGUUUACGCACCGCCCCAUUGUGGGGCGACAGGAUGUGUGCGUUUCU-CU-----CAUUUAUACCUUUGCUAGAG ((((((.......(((((.......(((((((((((........((((((.....))))))))))))...))))).....-..-----.))))).......)).)))) ( -28.10) >DroAna_CAF1 23328 102 + 1 CUUUCAUUGGGCUUGGAGCCAGGAUCC--GACCUG-UGCUUCAACGGUCCAUUGUGUGGCACUAGGAUGUGGGCGGUCCUGCUCC---CGUCGCAUCCCUUGCUAGAG ....((.((((((((((((((((....--..))))-.))))))..)))))).))(.(((((...((((((((.(((........)---))))))))))..))))).). ( -43.00) >consensus CUCUCUUUGAGUUUGGAGCCAGGAUCC__GUCCGG_CGGCCCACAGUCCCAUUGUGGGGCGCCAGGAUAUGGGCGGUCCUGCUCA___CAUUACAUCCCUUGCUAGAG ...............((((.((((((...................(((((.....))))).(((.....)))..))))))))))........................ (-14.96 = -16.30 + 1.34)
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