Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,581,277 – 4,581,379 |
Length | 102 |
Max. P | 0.533245 |
Location | 4,581,277 – 4,581,379 |
---|---|
Length | 102 |
Sequences | 6 |
Columns | 108 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 85.13 |
Mean single sequence MFE | -51.83 |
Consensus MFE | -39.97 |
Energy contribution | -41.00 |
Covariance contribution | 1.03 |
Combinations/Pair | 1.20 |
Mean z-score | -1.82 |
Structure conservation index | 0.77 |
SVM decision value | -0.00 |
SVM RNA-class probability | 0.533245 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 4581277 102 - 27905053 GGCAACGUCGGCGUCGGCGUU------GGGGUCAACGUCGGCGUCGCCGUUGGCAGCGGCAGCCGGUACAAGGUGACGGCCCGCUGUGUGCCCGAAGUGAGCAUCACG (((((((.(((((((((((((------(....)))))))))))))).)))).(((((((..((((.(((...))).)))))))))))..)))....(((.....))). ( -54.40) >DroVir_CAF1 7456 99 - 1 GGC---GCCGGCUCCGGCGCU------GCCGUCGGUGUCGGCGUCAGCGUUGGCAGCGGCAGUCGCUACAAGGUGACCGCUCGCUGUGUGCCAGAAGUGAGCAUCACA (((---((((((.((((((..------..)))))).))))))))).(((...((((((((.((((((....)))))).)).)))))).))).....(((.....))). ( -53.60) >DroSec_CAF1 5096 102 - 1 GGCAACGUCGGCGUCGGCGUU------GGGGUCAACGUCGGCGUCGCCGUUGUCAGCGGCAGCCGGUACAAGGUGACGGCCCGCUGUGUGCCCGAAGUGAGCAUCACG (((((((.(((((((((((((------(....)))))))))))))).)))))))(((((..((((.(((...))).)))))))))((((((.(.....).))).))). ( -54.80) >DroEre_CAF1 5142 108 - 1 GGCAACGUCGGCGUCGGCGUCGGCGUUGGGGUCAACGUCGGCGUCGCCGUUGGCAGCGGCAGCCGGUACAAGGUGACGGCCCGCUGUGUGCCCGAAGUGAGCAUCACG (((((((((((((.((((((((((((((....)))))))))))))).)))))))(((((..((((.(((...))).))))))))))).))))....(((.....))). ( -57.90) >DroYak_CAF1 5353 102 - 1 GGCAACGUCGGCGUCGGCGUC------GGGGUCAACGUCGGCGUCGCCGUUGGCAGCGGCAGCCGGUACAAGGUGACGGCCCGCUGUGUGCCCGAAGUGAGCAUCACG (((((((.((((((((((((.------.......)))))))))))).)))).(((((((..((((.(((...))).)))))))))))..)))....(((.....))). ( -50.40) >DroAna_CAF1 5022 90 - 1 GGCCACGCCGGU------------------GUCAAUGUCGGCGUCGCCGUUGGCAGCGGCAGUCGGUACAAGGUGACGGCCCGCUGCGUCCCGGAAGUGAGCAUCACC (((.((((((..------------------(....)..)))))).)))....((((((((.((((.(....).)))).).)))))))(..((....).)..)...... ( -39.90) >consensus GGCAACGUCGGCGUCGGCGUU______GGGGUCAACGUCGGCGUCGCCGUUGGCAGCGGCAGCCGGUACAAGGUGACGGCCCGCUGUGUGCCCGAAGUGAGCAUCACG (((.((((((((((.(((.((......)).))).)))))))))).)))....(((((((..((((.(((...))).))))))))))).........(((.....))). (-39.97 = -41.00 + 1.03)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:14:31 2006