Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,543,190 – 4,543,284 |
Length | 94 |
Max. P | 0.840694 |
Location | 4,543,190 – 4,543,284 |
---|---|
Length | 94 |
Sequences | 5 |
Columns | 94 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 88.78 |
Mean single sequence MFE | -29.05 |
Consensus MFE | -20.44 |
Energy contribution | -19.92 |
Covariance contribution | -0.52 |
Combinations/Pair | 1.25 |
Mean z-score | -2.51 |
Structure conservation index | 0.70 |
SVM decision value | 0.75 |
SVM RNA-class probability | 0.840694 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 4543190 94 + 27905053 GGGGCCAUAACCCAUAAACGUUUGGACGGGCAUACAUACAUAUAUGUAUGAUGUAGCCCACUCGGCGUAUGCGUAAUUAUGGUCAUCACCCCGG (((((((((((.(((..((((..((..((((.(((((.((((....))))))))))))).))..))))))).))...)))))......)))).. ( -31.30) >DroSec_CAF1 343 91 + 1 GCGGCCAUAACCCAUAAACGUUUGGACGGUCAUACAUAUACAUAUGUA---UGUAGCCCACACGGCGUAUGCGUAAUUAUGGUCAUCACCCCGG ..(((((((((.((((..(((.(((.(...((((((((....))))))---))..).))).)))...)))).))...))))))).......... ( -28.30) >DroSim_CAF1 342 91 + 1 GCGGCCAUAACCCAUAAACGUUUGGAUGGCCAUACAUAUGUAUAUGUA---UGUAGCCCACACGGCGUAUGCGUAAUUAUGGUCAUCACCCCGG .(((........((........))((((((((((..(((((((((((.---(((.....)))..)))))))))))..))))))))))...))). ( -29.70) >DroEre_CAF1 343 87 + 1 GCGAUUAUAACCCAUAAACGUUUGGG----CGUACAUAUGUAUAUGUA---UCUAGCCCGCACGGCGUAUGCGUAAUUAUGGUCAUCACCCCGG ..(((((((((.((((..(((.((((----((((((((....))))))---)...))))).)))...)))).))...))))))).......... ( -25.60) >DroYak_CAF1 278 87 + 1 GCGGUUAUAACCCAUAAACGUUUGGG----CGUACAUAUGUAUAUGUA---UGUAGCCCACACGGCGUAUGCGUAAUUAUGGUCAUCAUCCCGG .(((.......((((((.(((.((((----(.(((((((......)))---))))))))).)))(((....)))..))))))........))). ( -30.36) >consensus GCGGCCAUAACCCAUAAACGUUUGGA_GG_CAUACAUAUGUAUAUGUA___UGUAGCCCACACGGCGUAUGCGUAAUUAUGGUCAUCACCCCGG ..((((((((.(((........)))...........(((((((((((....((.....))....))))))))))).)))))))).......... (-20.44 = -19.92 + -0.52)
Location | 4,543,190 – 4,543,284 |
---|---|
Length | 94 |
Sequences | 5 |
Columns | 94 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 88.78 |
Mean single sequence MFE | -30.08 |
Consensus MFE | -20.70 |
Energy contribution | -20.70 |
Covariance contribution | -0.00 |
Combinations/Pair | 1.10 |
Mean z-score | -2.60 |
Structure conservation index | 0.69 |
SVM decision value | 0.63 |
SVM RNA-class probability | 0.805540 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 4543190 94 - 27905053 CCGGGGUGAUGACCAUAAUUACGCAUACGCCGAGUGGGCUACAUCAUACAUAUAUGUAUGUAUGCCCGUCCAAACGUUUAUGGGUUAUGGCCCC ..(((((.((((((......((((....)).(..((((((((((((((....)))).))))).)))))..)....)).....)))))).))))) ( -36.60) >DroSec_CAF1 343 91 - 1 CCGGGGUGAUGACCAUAAUUACGCAUACGCCGUGUGGGCUACA---UACAUAUGUAUAUGUAUGACCGUCCAAACGUUUAUGGGUUAUGGCCGC ..(.(((.((((((((((....((....))(((.(((((..((---((((((....))))))))...))))).))).)))).)))))).))).) ( -31.60) >DroSim_CAF1 342 91 - 1 CCGGGGUGAUGACCAUAAUUACGCAUACGCCGUGUGGGCUACA---UACAUAUACAUAUGUAUGGCCAUCCAAACGUUUAUGGGUUAUGGCCGC ..(.(((.((((((......((((((((...)))))(((..((---((((((....))))))))))).......))).....)))))).))).) ( -30.00) >DroEre_CAF1 343 87 - 1 CCGGGGUGAUGACCAUAAUUACGCAUACGCCGUGCGGGCUAGA---UACAUAUACAUAUGUACG----CCCAAACGUUUAUGGGUUAUAAUCGC ..(.(((.((((((......((((((.....))))((((....---((((((....)))))).)----)))....)).....)))))).))).) ( -24.00) >DroYak_CAF1 278 87 - 1 CCGGGAUGAUGACCAUAAUUACGCAUACGCCGUGUGGGCUACA---UACAUAUACAUAUGUACG----CCCAAACGUUUAUGGGUUAUAACCGC .(((....((((((((((....((....))(((.(((((((((---((........)))))).)----)))).))).)))).))))))..))). ( -28.20) >consensus CCGGGGUGAUGACCAUAAUUACGCAUACGCCGUGUGGGCUACA___UACAUAUACAUAUGUAUG_CC_UCCAAACGUUUAUGGGUUAUGGCCGC ..(.(((.((((((((((....((....))(((.((((........((((((....))))))......)))).))).)))).)))))).))).) (-20.70 = -20.70 + -0.00)
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