Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,450,404 – 4,450,507 |
Length | 103 |
Max. P | 0.753692 |
Location | 4,450,404 – 4,450,507 |
---|---|
Length | 103 |
Sequences | 6 |
Columns | 105 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 84.97 |
Mean single sequence MFE | -33.90 |
Consensus MFE | -25.12 |
Energy contribution | -25.23 |
Covariance contribution | 0.11 |
Combinations/Pair | 1.07 |
Mean z-score | -2.78 |
Structure conservation index | 0.74 |
SVM decision value | 0.48 |
SVM RNA-class probability | 0.753692 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 4450404 103 - 27905053 AUGCUCGGUGCUGCCAAGACGCAGGAUAAGGAUGUCAGCUCAUUAUGCAUCCUUCGCGUUUUUGAUUUGUUUGCACGAGACGUGCGCAUAAAUUGAGAUGCGU-- .......((.((((......)))).))(((((((.((........)))))))))((((((.(..((((((.((((((...)))))).))))))..))))))).-- ( -34.70) >DroPse_CAF1 2736 88 - 1 ---------------AAGAUGGGGGAUAAAGAUGUCGGCUCAUUAUGCAUCCUUCGCGUUUUUGAUUUGUUUGCACAAGACGUGCGCAUAAAUUGAGAUGCGU-- ---------------.....(((((((.(.((((......)))).)..)))))))(((((.(..((((((.(((((.....))))).))))))..))))))..-- ( -27.20) >DroSim_CAF1 2401 103 - 1 AUGCACGGUGCUGCCAAGACGCAGGAUAAGGAUGUCAGCUCAUUAUGCAUCCUUCGCGUUUUUGAUUUGUGUGCACGAGACGUGCGCAUAAAUUGAGAUGCGU-- .......((.((((......)))).))(((((((.((........)))))))))((((((.(..(((((((((((((...)))))))))))))..))))))).-- ( -41.00) >DroYak_CAF1 2467 102 - 1 -UGCUCGGUGCUGCCAAGACGCAGGAUAAGGAUGUCAGCUCAUUAUGCAUCCUUCGCGUUUUUGAUUUGUGUGCACGAGACGUGCGCAUAAAUUGAGAUGCGU-- -......((.((((......)))).))(((((((.((........)))))))))((((((.(..(((((((((((((...)))))))))))))..))))))).-- ( -41.00) >DroAna_CAF1 2622 95 - 1 -AG---------CCCAGGACGCUGGAUAAGGAUGUCGGCUCAUUAUGCAUCCUUGGCGUUUUUGAUUUGUUUGCACGAGACGUGCGCAUAAAUUGAGAUGUGAAC -..---------.((((....)))).((((((((.((........))))))))))(((((.(..((((((.((((((...)))))).))))))..)))))).... ( -30.80) >DroPer_CAF1 2749 88 - 1 ---------------AAGAAGGGGGAUAAAGAUGUCGGCUCAUUAUGCAUCCUUCGCGUUUUUGAUUUGUUUGCACAAGACGUGCGCAUAAAUUGAGAUGCGU-- ---------------..(((((((.((((.((.(....))).)))).).))))))(((((.(..((((((.(((((.....))))).))))))..))))))..-- ( -28.70) >consensus _UG_________GCCAAGACGCAGGAUAAGGAUGUCAGCUCAUUAUGCAUCCUUCGCGUUUUUGAUUUGUUUGCACGAGACGUGCGCAUAAAUUGAGAUGCGU__ ...........................(((((((.((........)))))))))((((((.(..((((((.(((((.....))))).))))))..)))))))... (-25.12 = -25.23 + 0.11)
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