| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 4,446,017 – 4,446,137 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.703652 |
| Location | 4,446,017 – 4,446,137 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 87.89 |
| Mean single sequence MFE | -43.98 |
| Consensus MFE | -36.23 |
| Energy contribution | -35.65 |
| Covariance contribution | -0.58 |
| Combinations/Pair | 1.26 |
| Mean z-score | -2.03 |
| Structure conservation index | 0.82 |
| SVM decision value | 0.36 |
| SVM RNA-class probability | 0.703652 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 4446017 120 + 27905053 GAUUCCAGAAUCACGCCUCGGUGCUGGUGAAUGGAACUUGCCAGAUACCGGAUCCGGUGUACAAGCUGGUCGGCUCCAUUGUAUGCUUCUACAUUCCACUGGGCGUGAUGCUGCUGACAU .....(((.((((((((.(((((......((((((.((.(((((((((((....)))))).....))))).)).))))))(((......)))....))))))))))))).)))....... ( -47.00) >DroVir_CAF1 307 120 + 1 CUUGCCAGGAUCACGCCUCGGUGCUGGUGAAUGGCACCUGCCAGAUUCCAGAUCCGGUAUACAAGCUGGUCGGCUCCAUUGUCUGCUUUUACAUACCGCUGGGUGUGAUGCUGCUCACAU ...((.((.((((((((.((((.((((....((((....))))....))))....(((((.......(((.(((......))).))).....))))))))))))))))).))))...... ( -44.60) >DroPse_CAF1 478 120 + 1 GAUUCUAGAAUCAUGCCUCAGUGCUGGUGAAUGGGACUUGCCAGAUACCGGAUCCGGUGUACAAGCUCGUCGGGUCCAUUGUUUGCUUCUACAUUCCGCUGGGCGUGAUGCUGCUGACAU .....(((.((((((((.(((((..((((..(((......)))..))))(((((((..(........)..)))))))...................))))))))))))).)))....... ( -43.60) >DroGri_CAF1 211 120 + 1 CUGUCUAGGAUCAUGCCUCGGUGCUGGUGAAUGGCACUUGCCAAAUACCGGAUCCGGUUUACAAGCUAGUCGGCUCUAUUGUUUGCUUCUACAUACCGCUGGGCGUGAUGUUGCUCACCU .((..(((.((((((((((((((((((((..((((....))))..))))))....(((..(((((((....))))....)))..)))......)))))..))))))))).)))..))... ( -40.80) >DroWil_CAF1 227 120 + 1 CUUGCCAGAAUCAUGCCUCGGUGCUUGUGAAUGGAACAUGCCAGAUACCCGAUCCGGUUUACAAGCUGGUCGGCUCCAUUGUGUGCUUUUACAUUCCGCUGGGCGUGAUGCUACUCACCU ......((.((((((((.(((((..((((((.((.(((((...((...((((.((((((....)))))))))).))...))))).))))))))...))))))))))))).))........ ( -39.30) >DroMoj_CAF1 290 120 + 1 CUUGACAGGAUCAUGCCUCGGUGCUGGUGAAUGGCACUUGUCAGAUACCGGAUCCGGUCUACAAGCUGGUCGGCUCCAUUGUCUGCUUCUAUAUACCGCUGGGCGUGAUGCUGCUCACCU ..((((((.((((((((((((((..((((..((((....))))..))))(((.(((..(........)..))).)))................)))))..))))))))).))).)))... ( -48.60) >consensus CUUGCCAGAAUCAUGCCUCGGUGCUGGUGAAUGGCACUUGCCAGAUACCGGAUCCGGUGUACAAGCUGGUCGGCUCCAUUGUCUGCUUCUACAUACCGCUGGGCGUGAUGCUGCUCACAU .....(((.((((((((.(((((((((((..(((......)))..))))))....(((..((((..(((......)))))))..))).........))))))))))))).)))....... (-36.23 = -35.65 + -0.58)
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