Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,288,308 – 4,288,443 |
Length | 135 |
Max. P | 0.988254 |
Location | 4,288,308 – 4,288,408 |
---|---|
Length | 100 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 79.03 |
Mean single sequence MFE | -25.02 |
Consensus MFE | -11.82 |
Energy contribution | -12.42 |
Covariance contribution | 0.60 |
Combinations/Pair | 1.12 |
Mean z-score | -2.80 |
Structure conservation index | 0.47 |
SVM decision value | 2.11 |
SVM RNA-class probability | 0.988254 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 4288308 100 - 27905053 ACAUGAGCCCAUGGGUAUUUCAGCAAUAAAUAAUUGUUUAUUAUUAAACAAUUACACAAUAAUAGCGCCAUACAG----------------UUGGA---UGGUUCAUUAUUGUUAUGUG- (((((((((....)))..............((((((((((....))))))))))..(((((((.(.(((((.(..----------------..).)---)))).)))))))))))))).- ( -24.20) >DroSec_CAF1 89755 100 - 1 ACAUGAGCCCAUGGUUAUUUCAGCAAUAAAUAAUUGUUUAUUAUUAAACAAUUACACAAUAAUAGCAGCACACAG----------------UUGGG---UGGGUCAUUGUUGUUGUGUA- .((((....))))..................(((((((((....)))))))))((((((((((((..((.(((..----------------....)---)).))..)))))))))))).- ( -25.70) >DroSim_CAF1 89211 100 - 1 ACAUGAGCCCAUGGUUAUUUCAGCAAUAAAUAAUUGUUUAUUAUUAAACAAUUACACAAUAAUAGCAGCACACAG----------------UUGGG---UGGGUCAUUGUUGUUGUGUA- .((((....))))..................(((((((((....)))))))))((((((((((((..((.(((..----------------....)---)).))..)))))))))))).- ( -25.70) >DroEre_CAF1 92813 108 - 1 ACAUGAGCCCA------UUUCAGCAAUAAAUAAAUGUUUAUUAUUAAACAAUUAUACAAUAAUAGCACCACACAAUUGUACCACGCAG---UUGGG---UGGGCCAUUGAUGUUAUGUAA ((((((((...------.....)).....((((.((((((....)))))).)))).((.((((.((.((((.(((((((.....))))---))).)---))))).)))).)))))))).. ( -26.90) >DroYak_CAF1 92585 114 - 1 ACAUGAGCCCAUGGUUAUUCCAGCAAUAAAUAAUUGUUUAUUAUUAAACAAUUAAACAAUAAUAGCACCACACAAUAGC-CCACAUUGAUGUUAUGUAAUAUGGCAUUG-UGUUAU---- .((((....))))((((((..(....)...((((((((((....))))))))))......))))))...(((((((.((-(.((((.......)))).....)))))))-)))...---- ( -22.60) >consensus ACAUGAGCCCAUGGUUAUUUCAGCAAUAAAUAAUUGUUUAUUAUUAAACAAUUACACAAUAAUAGCACCACACAG________________UUGGG___UGGGUCAUUGUUGUUAUGUA_ .((((....))))........((((((((.((((((((((....))))))))))......................................(((........)))))))))))...... (-11.82 = -12.42 + 0.60)
Location | 4,288,333 – 4,288,443 |
---|---|
Length | 110 |
Sequences | 5 |
Columns | 115 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 86.31 |
Mean single sequence MFE | -22.94 |
Consensus MFE | -17.06 |
Energy contribution | -17.06 |
Covariance contribution | 0.00 |
Combinations/Pair | 1.21 |
Mean z-score | -1.52 |
Structure conservation index | 0.74 |
SVM decision value | -0.05 |
SVM RNA-class probability | 0.509652 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 4288333 110 + 27905053 -----CUGUAUGGCGCUAUUAUUGUGUAAUUGUUUAAUAAUAAACAAUUAUUUAUUGCUGAAAUACCCAUGGGCUCAUGUAAAGUAUAUAUCAUCGCCGCAUGAUCUACUCCAAG -----..((((..(((...((....(((((((((((....))))))))))).))..)).)..)))).(((((((..(((((.....)))))....))).))))............ ( -20.50) >DroSec_CAF1 89780 110 + 1 -----CUGUGUGCUGCUAUUAUUGUGUAAUUGUUUAAUAAUAAACAAUUAUUUAUUGCUGAAAUAACCAUGGGCUCAUGUAAAGUAUAUAUCAGCGCCGCAUGAUCUAAUUAAAG -----....((((.((.........(((((((((((....))))))))))).....(((((.(((((((((....))))....)).))).))))))).))))............. ( -23.70) >DroSim_CAF1 89236 109 + 1 -----CUGUGUGCUGCUAUUAUUGUGUAAUUGUUUAAUAAUAAACAAUUAUUUAUUGCUGAAAUAACCAUGGGCUCAUGUUAAGUAUAUAUCAGCGCCGCAUGAUCUAAU-AAAG -----....((((.((.........(((((((((((....))))))))))).....(((((.(((((((((....))))....)).))).))))))).))))........-.... ( -23.70) >DroEre_CAF1 92847 109 + 1 UACAAUUGUGUGGUGCUAUUAUUGUAUAAUUGUUUAAUAAUAAACAUUUAUUUAUUGCUGAAA------UGGGCUCAUGUGAAAUAUUUAUCAUCACCACAUGAUCUAAUUAAAG .(((((((((..(((....)))..)))))))))(((.(((((((......))))))).)))..------((((.(((((((................)))))))))))....... ( -21.09) >DroYak_CAF1 92620 114 + 1 -GCUAUUGUGUGGUGCUAUUAUUGUUUAAUUGUUUAAUAAUAAACAAUUAUUUAUUGCUGGAAUAACCAUGGGCUCAUGUAAAGUAUUCAACAUCACCGCAUAAUCUAAUUUAAG -...(((((((((((.......((..((((((((((....))))))))))..))......(((((..((((....)))).....))))).....))))))))))).......... ( -25.70) >consensus _____CUGUGUGGUGCUAUUAUUGUGUAAUUGUUUAAUAAUAAACAAUUAUUUAUUGCUGAAAUAACCAUGGGCUCAUGUAAAGUAUAUAUCAUCGCCGCAUGAUCUAAUUAAAG ......(((((((((...........((((((((((....))))))))))(((((.(((.(........).)))....)))))...........)))))))))............ (-17.06 = -17.06 + 0.00)
Location | 4,288,333 – 4,288,443 |
---|---|
Length | 110 |
Sequences | 5 |
Columns | 115 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 86.31 |
Mean single sequence MFE | -22.51 |
Consensus MFE | -13.72 |
Energy contribution | -14.76 |
Covariance contribution | 1.04 |
Combinations/Pair | 1.09 |
Mean z-score | -2.42 |
Structure conservation index | 0.61 |
SVM decision value | 0.11 |
SVM RNA-class probability | 0.590509 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 4288333 110 - 27905053 CUUGGAGUAGAUCAUGCGGCGAUGAUAUAUACUUUACAUGAGCCCAUGGGUAUUUCAGCAAUAAAUAAUUGUUUAUUAUUAAACAAUUACACAAUAAUAGCGCCAUACAG----- .((((((((..(((((.(((.(((.((.......)))))..)))))))).)))))))).......((((((((((....)))))))))).....................----- ( -23.50) >DroSec_CAF1 89780 110 - 1 CUUUAAUUAGAUCAUGCGGCGCUGAUAUAUACUUUACAUGAGCCCAUGGUUAUUUCAGCAAUAAAUAAUUGUUUAUUAUUAAACAAUUACACAAUAAUAGCAGCACACAG----- ..............(((.(((((((.(((.......((((....))))..))).)))))......((((((((((....))))))))))..........)).))).....----- ( -23.80) >DroSim_CAF1 89236 109 - 1 CUUU-AUUAGAUCAUGCGGCGCUGAUAUAUACUUAACAUGAGCCCAUGGUUAUUUCAGCAAUAAAUAAUUGUUUAUUAUUAAACAAUUACACAAUAAUAGCAGCACACAG----- ....-.........(((.(((((((.(((.......((((....))))..))).)))))......((((((((((....))))))))))..........)).))).....----- ( -23.80) >DroEre_CAF1 92847 109 - 1 CUUUAAUUAGAUCAUGUGGUGAUGAUAAAUAUUUCACAUGAGCCCA------UUUCAGCAAUAAAUAAAUGUUUAUUAUUAAACAAUUAUACAAUAAUAGCACCACACAAUUGUA .........(((..((((((((((((((((((((.......((...------.....)).......)))))))))))))......(((((...)))))..)))))))..)))... ( -18.34) >DroYak_CAF1 92620 114 - 1 CUUAAAUUAGAUUAUGCGGUGAUGUUGAAUACUUUACAUGAGCCCAUGGUUAUUCCAGCAAUAAAUAAUUGUUUAUUAUUAAACAAUUAAACAAUAAUAGCACCACACAAUAGC- ..........(((.((.((((.(((((((((.....((((....))))..)))).))))).....((((((((((....))))))))))...........)))).)).)))...- ( -23.10) >consensus CUUUAAUUAGAUCAUGCGGCGAUGAUAUAUACUUUACAUGAGCCCAUGGUUAUUUCAGCAAUAAAUAAUUGUUUAUUAUUAAACAAUUACACAAUAAUAGCACCACACAG_____ .........(((((((.(((..((............))...))))))))))..............((((((((((....)))))))))).......................... (-13.72 = -14.76 + 1.04)
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