Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 762,978 – 763,095 |
Length | 117 |
Max. P | 0.918585 |
Location | 762,978 – 763,095 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 6 |
Columns | 117 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 76.63 |
Mean single sequence MFE | -45.28 |
Consensus MFE | -27.61 |
Energy contribution | -26.70 |
Covariance contribution | -0.91 |
Combinations/Pair | 1.53 |
Mean z-score | -1.90 |
Structure conservation index | 0.61 |
SVM decision value | 1.12 |
SVM RNA-class probability | 0.918585 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 762978 117 + 27905053 AGAAUGAGGGCUAAUUUAACAGCUGCAGCUCUGUUGGAGCAAGCGGAGAGUUCAGAGUGCUCCGAAGGCUACGUACCGGAAGUUGAUUCAGGUAGCUCUGAGUAUUCGUCUUGCCAG ........(((..........(((.((((...)))).)))(((((((...(((((((((((.....)))....((((.(((.....))).))))))))))))..)))).)))))).. ( -35.70) >DroVir_CAF1 24214 114 + 1 CGGAUGCGCGCCAAUUUGAACGCUGCGGCUUUGCUGGAGCAGGCGGAGAGCAGCGAAUGCUCCGAGGGCUAUAUGCCAGAAAUGGAUUCGGGCAGCUCAGAGUACUCGU---ACCAG .((.((((.(..........((((((..(((((((......))))))).))))))..(((((.(((.(((.....(((....))).....)))..))).)))))).)))---))).. ( -45.70) >DroGri_CAF1 22439 114 + 1 CGGAUGCGUGCCAAUCUCAAUGCUGCUGCGCUGCUGGAGCAAGCGGAGAGCAGUGAGUGCUCCGAGGGUUACAUGCCCGAAAUGGAUUCGGGCAGUUCGGAGUACUCGU---AUCAG ..(((((..............((((((.(.(((((......))))).)))))))(((((((((((((....).((((((((.....)))))))).))))))))))))))---))).. ( -55.00) >DroWil_CAF1 21907 114 + 1 CGGAUUCGUGCCAAUAUGGCUGCUGCCGCAUUGCUAGAGCAAGCAGAAAGUUCAGAAUGCUCUGAGGGUUAUGUACCCGAAAUGGAUUCGGGAAGCUCUGAAUAUUCGU---AUCAA ..(((.((.((.(((.((((....)))).)))))((((((..(((.((..((((((....))))))..)).))).((((((.....))))))..))))))......)).---))).. ( -35.60) >DroMoj_CAF1 22100 114 + 1 CGCAUGCGAGCCAACUUGAACGCAGCCGCGCUGCUGGAGCAGGCGGAGAGCAGCGAAUGCUCUGAGGGCUAUUUGCCCGAAAUGGACUCGGGCAGCUCAGAAUAUUCGU---AUCAG .((.((((..(......)..)))).((((.((((....))))))))...)).(((((((.((((((......((((((((.......)))))))))))))).)))))))---..... ( -47.50) >DroAna_CAF1 20159 117 + 1 CGGAUGAGGGCCAAUCUGACGGCGGCUGCCCUGCUAGAGCAGGCGGAGAGUUCCGAGUGCUCGGAGGGCUACGUGCCGGAGGUGGAUUCUGGGAGCUCGGAGUAUUCGUCCUGCCAG .(((((((..(((..((..((((((..(((((.((.(((((..(((......)))..))))))))))))..).)))))..)))))(((((((....))))))).)))))))...... ( -52.20) >consensus CGGAUGCGGGCCAAUUUGAACGCUGCCGCGCUGCUGGAGCAAGCGGAGAGCACCGAAUGCUCCGAGGGCUACGUGCCCGAAAUGGAUUCGGGCAGCUCAGAGUAUUCGU___ACCAG .........((.........(((....)))(((((......)))))...))...((((((((...(((((....(((((((.....)))))))))))).)))))))).......... (-27.61 = -26.70 + -0.91)
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