Locus 1465

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 4,214,201 – 4,214,353
Length 152
Max. P 0.975600
window2437 window2438

overview

Window 7

Location 4,214,201 – 4,214,316
Length 115
Sequences 6
Columns 116
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.03
Mean single sequence MFE -35.93
Consensus MFE -23.74
Energy contribution -23.60
Covariance contribution -0.14
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -2.84
Structure conservation index 0.66
SVM decision value 1.75
SVM RNA-class probability 0.975600
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 4214201 115 + 27905053
U-CUUGUUGUUGCUGUUGCGUUAGCUGUUCGUUGGAUUCGCUAGUGGUAUCAAUUGCCUGCUAGACCCUAGUGGGCGGUUGUAAUAUCAUUGCAGCCAUGCGUACCUUCAUUGCCU
.-...((((.(((....))).)))).((.((((((....((.((((((((((((((((..((((...))))..))))))))..))))))))))..))).))).))........... ( -36.90)
>DroVir_CAF1 43658 107 + 1
AGCUUGCUGUUGUUGAUAC---UGAAGCUCGUUGCUUUCGUU------AUCAACUGCCUGCUAGACCCUAGUGGGCGGUUGUAAUAUCAUUGCAGCCAUGCGUACCUUCAUUGCCU
.((..(((((...((((..---.(((((.....))))).(((------(.((((((((..((((...))))..))))))))))))))))..)))))...))............... ( -38.90)
>DroGri_CAF1 32646 107 + 1
UUCUGGCUGUGGUUGAUAG---UGAAGCGCGUUGCUUUCGUU------AUCAACUGCCUGCUAGACCCUAGUGGGCGGUUGUAAUAUCAUUGCAGCCAUGCGUACCUUCAUUGCCU
...((((((..((.(((..---.(((((.....))))).(((------(.((((((((..((((...))))..)))))))))))))))))..)))))).(((.........))).. ( -41.50)
>DroEre_CAF1 26099 115 + 1
U-GUUGCUGUUGCUGUUGCGUUAGCUGUUCGUUGGAUUCGCUAGUGGUAUCAAUUGCCUGCUAGACCCUAGUGGGCGGUUGUAAUAUCAUUGCAGCCAUGCGUACCUUCAUUGCCU
.-...((((.(((....))).)))).((.((((((....((.((((((((((((((((..((((...))))..))))))))..))))))))))..))).))).))........... ( -39.30)
>DroWil_CAF1 30716 88 + 1
-------------------------UGUUCCGUACUUUCGUUAC---UAUCAAUUGCCUGCUAGACUCUAGUGGGCGGUUGUAAUAUCAUAGCAGCCAUGCGUACCUUCAUUGCCU
-------------------------......((((.........---...((((((((..((((...))))..))))))))..........(((....)))))))........... ( -24.50)
>DroAna_CAF1 27957 109 + 1
U-GUUCGUGUUUGUGUUGCGUUUGCUGUUCGUUGGUAUCACU------AUCAAUUGCCUGCUAGACUCUAGUGGGCGGUUGUAAUAUCAUUGCAGCCAUGCGUACCUUCAUUGCCU
.-....(.((..(((.(((((..(((((....((((((....------..((((((((..((((...))))..))))))))..))))))..)))))...)))))....))).))). ( -34.50)
>consensus
U_CUUGCUGUUGCUGUUGC___UGCUGUUCGUUGCUUUCGCU______AUCAAUUGCCUGCUAGACCCUAGUGGGCGGUUGUAAUAUCAUUGCAGCCAUGCGUACCUUCAUUGCCU
..........................((..........(((..............(((..((((...))))..)))(((((((((...)))))))))..)))..........)).. (-23.74 = -23.60 +  -0.14)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 4,214,236 – 4,214,353
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.53
Mean single sequence MFE -41.08
Consensus MFE -34.00
Energy contribution -33.50
Covariance contribution -0.50
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -2.41
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 0.85
SVM RNA-class probability 0.865784
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 4214236 117 + 27905053
UUCGCUAGUGGUAUCAAUUGCCUGCUAGACCCUAGUGGGCGGUUGUAAUAUCAUUGCAGCCAUGCGUACCUUCAUUGCCUCCGGUGAUCCGUGUCCCGGGUACUGUUGCUGCGG---AUG
(((((.((((((((((((((((..((((...))))..))))))))..))))))))(((((..((((((.......)))..((((.(((....))))))))))..))))).))))---).. ( -44.60)
>DroVir_CAF1 43691 111 + 1
UUCGUU------AUCAACUGCCUGCUAGACCCUAGUGGGCGGUUGUAAUAUCAUUGCAGCCAUGCGUACCUUCAUUGCCUCCGGCGAUCCAUGUCCCGGAUACUGUUGCUGUGG---AUG
...(((------(.((((((((..((((...))))..)))))))))))).((((.(((((...(((.........))).(((((.(((....))))))))....))))).))))---... ( -41.00)
>DroGri_CAF1 32679 114 + 1
UUCGUU------AUCAACUGCCUGCUAGACCCUAGUGGGCGGUUGUAAUAUCAUUGCAGCCAUGCGUACCUUCAUUGCCUCCGGCGAUCCAUGUCCCGCAUACUGUUGCUGUUGAGCAUG
...(((------(.((((((((..((((...))))..)))))))))))).(((..(((((.(((((.((....((((((...))))))....))..)))))...)))))...)))..... ( -40.80)
>DroWil_CAF1 30727 114 + 1
UUCGUUAC---UAUCAAUUGCCUGCUAGACUCUAGUGGGCGGUUGUAAUAUCAUAGCAGCCAUGCGUACCUUCAUUGCCUCCGGCGAUCCAUGGCCCGGAUACUGCUGUUGCGG---AUG
(((((.((---...((((((((..((((...))))..)))))))).........(((((..((.((..((...((((((...))))))....))..)).)).))))))).))))---).. ( -40.30)
>DroMoj_CAF1 32429 111 + 1
UUCGUU------AUCAACUGCCUGCUAGACCCUAGUGGGCGGUUGUAAUAUCAUUGCAGCCAUGCGUACCUUCAUUGCCUCCGGCGAUCCAUGUCCCGGAUAUUGUUGCUGUGG---GUG
...(((------(.((((((((..((((...))))..)))))))))))).((((.(((((...(((.........))).(((((.(((....))))))))....))))).))))---... ( -41.00)
>DroAna_CAF1 27992 111 + 1
AUCACU------AUCAAUUGCCUGCUAGACUCUAGUGGGCGGUUGUAAUAUCAUUGCAGCCAUGCGUACCUUCAUUGCCUCCGGCGAUCCGUGGCCCGGAUACUGCUGCUGCGG---AUG
(((...------..((((((((..((((...))))..)))))))).........((((((...(((((......(((((...)))))((((.....))))))).)).)))))))---)). ( -38.80)
>consensus
UUCGUU______AUCAACUGCCUGCUAGACCCUAGUGGGCGGUUGUAAUAUCAUUGCAGCCAUGCGUACCUUCAUUGCCUCCGGCGAUCCAUGUCCCGGAUACUGUUGCUGCGG___AUG
..............((((((((..((((...))))..))))))))..........(((((...(((((.......))).(((((.(((....))))))))....)).)))))........ (-34.00 = -33.50 +  -0.50)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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