Locus 1458

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>3R_DroMel_CAF1 4197808 104 + 27905053
AGUCGACAGUC-GGC-GGUUUGGCCUGCGUUUGUUUUGUUUGCUGAUUGCGCAAAUAUUUGCGCAGGCAUUAAACGCAGAAUUGAUGGCCAAAAGGGG---CUGUGCCA-------
.((((.....)-)))-....(((((((((((((.......((((...(((((((....))))))))))).))))))))).....((((((......))---))))))))------- ( -39.50)
>DroVir_CAF1 25026 103 + 1
AGAGGACACUCCGGC-GGC---GACGGCGCUUGUUUUGUUUGCUGAUUGCGCAAAUAUUUGCGCAGGCAUUAAAAGCGGAAUUGAUGGUCAGACAAGGU--GAGGGUCA-------
....(((....((.(-(..---..)).))((..((((((((((...((((((((....)))))))).((((((........))))))).))))))))).--.)).))).------- ( -34.70)
>DroGri_CAF1 13624 99 + 1
AGACGA-----CGGCAAAC---GAUGGCGCUUGUUUUGUUUGCUGAUUGCGCAAAUAUUUGCGCAGGCAUUAAAAGAAGAAUUGAUGGUCAAACAAGGU--GUGUGGCA-------
......-----((((((((---((.(((....))))))))))))).((((((((....)))))))).((((((........))))))((((.((.....--)).)))).------- ( -29.90)
>DroMoj_CAF1 12892 103 + 1
AGCGGGCACUCCGGC-GGC---GACGGUGCUUGUUUUGUUUGCUGAUUGCGCAAAUAUUUGCGCAGGCAUUAAACGAAGAAUUGAUGGCCGAACAAGGU--GCGGGGCU-------
(((..(((((....(-(((---.(((((.....(((((((((.((.((((((((....)))))))).)).))))))))).)))).).)))).....)))--))...)))------- ( -36.70)
>DroAna_CAF1 11008 110 + 1
AGUCGACAGUC-GGC-GGU-UGGCCGGCGCUUGUUUUGUUUGCUGAUUGCGCAAAUAUUUGCGCAGGCAUUAAACGCAGAAUUGAUGGCCAAACGAGA---CCGUACGACUGGCAG
(((((((.(((-..(-(.(-((((((...(..((((((((((.((.((((((((....)))))))).)).)))..))))))).).))))))).)).))---).)).)))))..... ( -42.20)
>DroPer_CAF1 10260 95 + 1
AGUCGACGGCC-G-------------CUGCUUGUUUUGUUUGCUGAUUGCGCAAAUAUUUGCGCAGGCAUUAAACGCUGAAUUGAUGGCCAAACGAGACGACCGUGCGA-------
..(((((((.(-(-------------...(((((((.(((((.((.((((((((....)))))))).)).)))))(((........))).))))))).)).)))).)))------- ( -32.80)
>consensus
AGUCGACAGUC_GGC_GGC___GACGGCGCUUGUUUUGUUUGCUGAUUGCGCAAAUAUUUGCGCAGGCAUUAAACGCAGAAUUGAUGGCCAAACAAGGU__CCGUGCCA_______
.............................(((((((...........(((((((....)))))))((((((((........))))).))))))))))................... (-19.96 = -19.10 +  -0.86) 

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Window 5

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>3R_DroMel_CAF1 4197808 104 - 27905053
-------UGGCACAG---CCCCUUUUGGCCAUCAAUUCUGCGUUUAAUGCCUGCGCAAAUAUUUGCGCAAUCAGCAAACAAAACAAACGCAGGCCAAACC-GCC-GACUGUCGACU
-------((((...(---((......)))........((((((((..(((.(((((((....)))))))....)))........))))))))))))....-..(-(.....))... ( -28.60)
>DroVir_CAF1 25026 103 - 1
-------UGACCCUC--ACCUUGUCUGACCAUCAAUUCCGCUUUUAAUGCCUGCGCAAAUAUUUGCGCAAUCAGCAAACAAAACAAGCGCCGUC---GCC-GCCGGAGUGUCCUCU
-------.(((.(((--...(((.((((...........((.......)).(((((((....))))))).))))))).........(((....)---)).-....))).))).... ( -23.50)
>DroGri_CAF1 13624 99 - 1
-------UGCCACAC--ACCUUGUUUGACCAUCAAUUCUUCUUUUAAUGCCUGCGCAAAUAUUUGCGCAAUCAGCAAACAAAACAAGCGCCAUC---GUUUGCCG-----UCGUCU
-------.((.((..--...(((((((..(((.((........)).)))..(((((((....))))))).....)))))))..((((((....)---)))))..)-----).)).. ( -19.30)
>DroMoj_CAF1 12892 103 - 1
-------AGCCCCGC--ACCUUGUUCGGCCAUCAAUUCUUCGUUUAAUGCCUGCGCAAAUAUUUGCGCAAUCAGCAAACAAAACAAGCACCGUC---GCC-GCCGGAGUGCCCGCU
-------(((...((--((....((((((............((((..((..(((((((....)))))))..))..)))).......((......---)).-))))))))))..))) ( -29.00)
>DroAna_CAF1 11008 110 - 1
CUGCCAGUCGUACGG---UCUCGUUUGGCCAUCAAUUCUGCGUUUAAUGCCUGCGCAAAUAUUUGCGCAAUCAGCAAACAAAACAAGCGCCGGCCA-ACC-GCC-GACUGUCGACU
.....(((((.((((---((.((.((((((..((....)).((((..((..(((((((....)))))))..))..))))............)))))-).)-)..-))))))))))) ( -38.60)
>DroPer_CAF1 10260 95 - 1
-------UCGCACGGUCGUCUCGUUUGGCCAUCAAUUCAGCGUUUAAUGCCUGCGCAAAUAUUUGCGCAAUCAGCAAACAAAACAAGCAG-------------C-GGCCGUCGACU
-------(((.(((((((.((.(((((((..........))((((..((..(((((((....)))))))..))..))))....)))))))-------------)-))))))))).. ( -34.40)
>consensus
_______UGGCACGC__ACCUCGUUUGGCCAUCAAUUCUGCGUUUAAUGCCUGCGCAAAUAUUUGCGCAAUCAGCAAACAAAACAAGCGCCGUC___GCC_GCC_GACUGUCGACU
.........................................((((..((..(((((((....)))))))..))..))))..................................... (-11.90 = -12.23 +   0.33) 

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