Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,176,419 – 4,176,539 |
Length | 120 |
Max. P | 0.688511 |
Location | 4,176,419 – 4,176,539 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 4 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 89.31 |
Mean single sequence MFE | -46.65 |
Consensus MFE | -42.78 |
Energy contribution | -42.27 |
Covariance contribution | -0.50 |
Combinations/Pair | 1.19 |
Mean z-score | -1.42 |
Structure conservation index | 0.92 |
SVM decision value | 0.32 |
SVM RNA-class probability | 0.688511 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 4176419 120 - 27905053 AUCCGACUUCAGCAUUAUGGUGUUGCUCUCUGACUGGGCAGCCGUGGGCGAAAUGGUCAGCUUUGUGCGGUAGGCCACGGACAUGACCAGCGAGCCAACAAUCGUGCUGAGUUGUCCGAU (((.(((((((((((((((((..(((((.......)))))))))))(((....((((((..(((((((.....).))))))..))))))....))).......))))))))..))).))) ( -45.40) >DroSim_CAF1 26820 120 - 1 AUCCGACUUCAGCAUGAUGGUGUUGCUCUCUGACUGGGCAGCCGUGGGCGAAAUGGUCAGCUUUGUGCGGUAGGCCACGGACAUGACCAGCGAGCCAACAAUCGUGUUGAGUUCUCCGAU ....((.(((((((((((.(.(((((((.......))))))))((.(((....((((((..(((((((.....).))))))..))))))....))).)).))))))))))).))...... ( -46.20) >DroYak_CAF1 26841 120 - 1 AUCCGACUUCAGCAUGAUGGUGUUGCUCUCUGACUGGGCAGCCGUGGGCGAGAUGGUCAGCUUGGUGCGGUAGGCCACGGACAUGACCAGCGAGCCAACAAUCGUGCUGAGUUGUCCGAU (((.((((((((((((((.(.(((((((.......))))))))((.(((..(.((((((.((((((.......)))).))...)))))).)..))).)).)))))))))))..))).))) ( -49.80) >DroAna_CAF1 23509 120 - 1 GUCGGACUUUAGCAUGAUGGUAUUGCUUUCCGCCUGGGCGGUCGUUGGCGAAAUCGUGAGUUUGGUUCGAUAGGCCACCGACAUCACCAGCGAGCCCACAAUCGUGUUGAGCUGGCCGAU (((((..(((((((((((.((...((...((((....))))(((((((.((..(((((.(((((......))))))).)))..)).)))))))))..)).)))))))))))....))))) ( -45.20) >consensus AUCCGACUUCAGCAUGAUGGUGUUGCUCUCUGACUGGGCAGCCGUGGGCGAAAUGGUCAGCUUGGUGCGGUAGGCCACGGACAUGACCAGCGAGCCAACAAUCGUGCUGAGUUGUCCGAU (((.((((((((((((((.(.(((((((.......))))))))((.(((....((((((..((((((........))))))..))))))....))).)).)))))))))))..))).))) (-42.78 = -42.27 + -0.50)
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