Locus 145

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 760,529 – 760,683
Length 154
Max. P 0.792984
window235 window236 window237

overview

Window 5

Location 760,529 – 760,649
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.67
Mean single sequence MFE -41.60
Consensus MFE -23.88
Energy contribution -23.72
Covariance contribution -0.16
Combinations/Pair 1.35
Mean z-score -1.63
Structure conservation index 0.57
SVM decision value 0.05
SVM RNA-class probability 0.561208
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 760529 120 + 27905053
GCCGGUAAAGCCAGCUGACUCGCUGUACGCCAUGCCGGACUUGGACAAACCAGUGCCCAAGUCUUUCUGCUGGAAGGCAAGCUUGUCGUUCCAGCAGUCUCAGGAUUCUCUUGACUGGCC
(((((((..((((((......))))...))..))))((((((((.((......)).))))))))..(((((((((((((....)))).)))))))))..(((((.....)))))..))). ( -48.10)
>DroVir_CAF1 21744 120 + 1
ACCCGUCAAGCCGCCGGAGAACAUUUACGCCAUGCCAGACCUGGACAAGCCAGUGCCCAAGUCCUUCUGCUGGAAGGCUAGUAUGGCAUUCCAGCAAUCUCAAGAUUCAGUGGACUGGCC
............(((((...........(((((((..(..((((.....))))..)...((.(((((.....))))))).)))))))..((((..((((....))))...))))))))). ( -36.30)
>DroGri_CAF1 19942 120 + 1
GCCCGUUAAACCGCCAGAGACAAUCUAUGCCAUGCCAGAUCUGGACAAGCCGGUGCCGAAAUCCUUCUGCUGGAAGGCCAGCAUGGCAUUCCAACAAUCCCAAGAUUCGGUUGACUGGCC
(((.(((((.(((..(((.....)))(((((((((.....((((.....)))).(((....(((.......))).)))..)))))))))..................)))))))).))). ( -37.40)
>DroWil_CAF1 19449 120 + 1
ACCGGUGAAACCACCAGAUAACUUGUAUGGUAUGCCAGAUUUGGAUAAGCCCGUACCCAAAUCGUUCUGUUGGAAGGCUAGCAUGUCGUUUCAACAAUCGCAGGAUUCGAUCGAUUGGCC
.((((((....)))).(((..(((((.(((....)))(((((((.((......)).)))))))....(((((((((((......))).))))))))...))))).....)))....)).. ( -32.30)
>DroMoj_CAF1 19621 120 + 1
GCCGGUCAAGCCGGCCGAGAGUAUGUAUGCAAUGCCAGAUUUGGACAAGCCGGUGCCCAAGUCUUUCUGCUGGAAGGCCAGCAUGGCAUUCCAACAAUCACAAGAUUCGGUGGACUGGCC
(((((((..(((((.(....)..(((.((.((((((((((((((.((......)).)))))))....((((((....))))))))))))).)))))..........))))).))))))). ( -47.40)
>DroAna_CAF1 17698 120 + 1
UCCCAUAAAACCGGCCGACGCCCUGUAUGGUAUGCCAGAUCUGGAUAAGCCAGUGCCGAAAUCCUUCUGCUGGAAAGCCAGCUUGGCGUUCCAGCAGUCGCAGGAGUCGAUAGACUGGCC
..(((((.....(((....)))...)))))...(((((..((((.....))))...(((..((((.(((((((((.(((.....))).)))))))))....)))).))).....))))). ( -48.10)
>consensus
GCCCGUAAAACCGCCAGAGACCAUGUAUGCCAUGCCAGAUCUGGACAAGCCAGUGCCCAAAUCCUUCUGCUGGAAGGCCAGCAUGGCAUUCCAACAAUCGCAAGAUUCGGUGGACUGGCC
.................................(((((..((((.....))))..............((((((((.(((.....))).))))))))..................))))). (-23.88 = -23.72 +  -0.16)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 6

Location 760,529 – 760,649
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.67
Mean single sequence MFE -44.05
Consensus MFE -29.33
Energy contribution -29.25
Covariance contribution -0.08
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -1.57
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 0.59
SVM RNA-class probability 0.792984
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 760529 120 - 27905053
GGCCAGUCAAGAGAAUCCUGAGACUGCUGGAACGACAAGCUUGCCUUCCAGCAGAAAGACUUGGGCACUGGUUUGUCCAAGUCCGGCAUGGCGUACAGCGAGUCAGCUGGCUUUACCGGC
.(((((((...............(((((((((.(.((....))).)))))))))...((((((((((......)))))))))).))).))))(((.(((.((....)).))).))).... ( -48.50)
>DroVir_CAF1 21744 120 - 1
GGCCAGUCCACUGAAUCUUGAGAUUGCUGGAAUGCCAUACUAGCCUUCCAGCAGAAGGACUUGGGCACUGGCUUGUCCAGGUCUGGCAUGGCGUAAAUGUUCUCCGGCGGCUUGACGGGU
.(((.(((.....((((....))))(((((((((((((.(((((((((.....)))))(((((((((......))))))))))))).)))))))........)))))).....))).))) ( -45.10)
>DroGri_CAF1 19942 120 - 1
GGCCAGUCAACCGAAUCUUGGGAUUGUUGGAAUGCCAUGCUGGCCUUCCAGCAGAAGGAUUUCGGCACCGGCUUGUCCAGAUCUGGCAUGGCAUAGAUUGUCUCUGGCGGUUUAACGGGC
.(((.((((.(((.((((.(((...(((((..((((.((((((....))))))(((....))))))))))))...))))))).)))..)))).((((((((.....))))))))...))) ( -43.90)
>DroWil_CAF1 19449 120 - 1
GGCCAAUCGAUCGAAUCCUGCGAUUGUUGAAACGACAUGCUAGCCUUCCAACAGAACGAUUUGGGUACGGGCUUAUCCAAAUCUGGCAUACCAUACAAGUUAUCUGGUGGUUUCACCGGU
.(((...((((((.......)))))).((((((.........((((((.....))).((((((((((......)))))))))).))).(((((...........)))))))))))..))) ( -31.70)
>DroMoj_CAF1 19621 120 - 1
GGCCAGUCCACCGAAUCUUGUGAUUGUUGGAAUGCCAUGCUGGCCUUCCAGCAGAAAGACUUGGGCACCGGCUUGUCCAAAUCUGGCAUUGCAUACAUACUCUCGGCCGGCUUGACCGGC
(((.((((..(((((((....)))(((((.((((((.((((((....))))))...(((.(((((((......))))))).))))))))).)).))).....))))..)))).).))... ( -43.70)
>DroAna_CAF1 17698 120 - 1
GGCCAGUCUAUCGACUCCUGCGACUGCUGGAACGCCAAGCUGGCUUUCCAGCAGAAGGAUUUCGGCACUGGCUUAUCCAGAUCUGGCAUACCAUACAGGGCGUCGGCCGGUUUUAUGGGA
(((((((...((((.((((....(((((((((.(((.....))).))))))))).))))..)))).)))))))..((((...(((((...((.....))......))))).....)))). ( -51.40)
>consensus
GGCCAGUCAACCGAAUCCUGAGAUUGCUGGAACGCCAUGCUGGCCUUCCAGCAGAAGGACUUGGGCACUGGCUUGUCCAAAUCUGGCAUGGCAUACAUGGUCUCGGCCGGCUUGACCGGC
.((((..................(((((((((.((.......)).)))))))))...((((((((((......))))))))))))))................................. (-29.33 = -29.25 +  -0.08)

alignment

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dotplot

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Window 7

Location 760,569 – 760,683
Length 114
Sequences 6
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.05
Mean single sequence MFE -43.60
Consensus MFE -30.94
Energy contribution -30.75
Covariance contribution -0.19
Combinations/Pair 1.42
Mean z-score -1.36
Structure conservation index 0.71
SVM decision value 0.15
SVM RNA-class probability 0.608414
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 760569 114 - 27905053
UAUGGGAGCCCCGAUAGCACUAGAUGGCGGCGACGGCCAGUCAAGAGAAUCCUGAGACUGCUGGAACGACAAGCUUGCCUUCCAGCAGAAAGACUUGGGCACUGGUUUGUCCAA
...(((...)))(((((.(((((.(((((((....))).)))).......((..((.(((((((((.(.((....))).))))))))).....))..))..))))))))))... ( -38.10)
>DroVir_CAF1 21784 114 - 1
AAUGGGCGCAUCGAUGGUGCUGGAGGGCGGUGAGGGCCAGUCCACUGAAUCUUGAGAUUGCUGGAAUGCCAUACUAGCCUUCCAGCAGAAGGACUUGGGCACUGGCUUGUCCAG
..(((((((((.....))))...(((.(((((....(((((((....((((....))))(((((((.((.......)).)))))))....)))).))).))))).)))))))). ( -45.90)
>DroGri_CAF1 19982 114 - 1
AAUGGGCGCAUCGAUGGUGCUGGAGGGCGGUGAGGGCCAGUCAACCGAAUCUUGGGAUUGUUGGAAUGCCAUGCUGGCCUUCCAGCAGAAGGAUUUCGGCACCGGCUUGUCCAG
..(((((((((.....))))...(((.(((((..((....))..(((((((((....(((((((((.(((.....))).))))))))).)))).)))))))))).)))))))). ( -47.80)
>DroEre_CAF1 17499 114 - 1
AAUGGGAGCCCCGACGGCGCUUGAUGGAGGCGACGGCCAGUCAAGGGAGUCCUGAGACUGCUGGAACGACAAGCUUGCCUUCCAACAGAAAGACUUCGGCACCGGUUUGUCCAA
..((((....(((...((.((((((...(((....))).))))))((((((......(((.(((((.(.((....))).))))).)))...)))))).))..)))....)))). ( -35.80)
>DroMoj_CAF1 19661 114 - 1
AAUAGGCGCAUCGAUGGUACUGGAGGGCGGCGAUGGCCAGUCCACCGAAUCUUGUGAUUGUUGGAAUGCCAUGCUGGCCUUCCAGCAGAAAGACUUGGGCACCGGCUUGUCCAA
....((.(((....((((......(((((((....))).)))).((((.((((....(((((((((.(((.....))).))))))))).)))).))))..))))...))))).. ( -42.70)
>DroAna_CAF1 17738 114 - 1
GACGGGUGCUCCAACGGCGCUGGAAGGAGGCGAAGGCCAGUCUAUCGACUCCUGCGACUGCUGGAACGCCAAGCUGGCUUUCCAGCAGAAGGAUUUCGGCACUGGCUUAUCCAG
..(.((((((.....)))))).)..(((.....((((((((...((((.((((....(((((((((.(((.....))).))))))))).))))..)))).)))))))).))).. ( -51.30)
>consensus
AAUGGGCGCACCGAUGGCGCUGGAGGGCGGCGACGGCCAGUCAACCGAAUCCUGAGACUGCUGGAACGCCAAGCUGGCCUUCCAGCAGAAAGACUUCGGCACCGGCUUGUCCAA
..((((((..(((...((..(((.(((((((....))).)))).)))..((((....(((((((((.((.......)).))))))))).)))).....))..)))..)))))). (-30.94 = -30.75 +  -0.19)

alignment

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