Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,093,074 – 4,093,194 |
Length | 120 |
Max. P | 0.517233 |
Location | 4,093,074 – 4,093,194 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 96.08 |
Mean single sequence MFE | -43.74 |
Consensus MFE | -38.84 |
Energy contribution | -38.68 |
Covariance contribution | -0.16 |
Combinations/Pair | 1.08 |
Mean z-score | -1.19 |
Structure conservation index | 0.89 |
SVM decision value | -0.03 |
SVM RNA-class probability | 0.517233 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 4093074 120 + 27905053 UGCCACGGGCUCACUGCCCAUUACGGUGCGUCACAUUGAGAGUGUCAUCCGAAUGUCCGAAGCGCACGCGCGGAUGCAUCUGCGCGAAAACGUAAUGGAGGCAGAUGUCAGCAUGGCCAU .((((...(((((((((((((((((((((.(((((((..((......))..)))))..)).)))).((((((((....))))))))....)))))))..))))).))..))).))))... ( -49.20) >DroSec_CAF1 4988 120 + 1 UGCCACGGGCUCACUGCCCAUUACGGUGCGUCACAUUGAGAGCGUCAUCCGAAUGUCCGAAGCGCACGCACGCAUGCAUCUGCGCGAAAACGUGAUGGAGGCAGAUGUCAGCAUGGCUAU .((((...(((((((((((((((((((((((.(((((..((......))..))))).....)))))).(.((((......)))).)....)))))))..))))).))..))).))))... ( -42.30) >DroSim_CAF1 5034 120 + 1 UGCCACGGGCUCACUGCCCAUUACGGUGCGUCACAUUGAGAGCGUCAUCCGAAUGUCCGAAGCGCACGCACGCAUGCAUCUGCGCGAAAACGUGAUGGAGGCAGAUGUCAGCAUGGCUAU .((((...(((((((((((((((((((((((.(((((..((......))..))))).....)))))).(.((((......)))).)....)))))))..))))).))..))).))))... ( -42.30) >DroEre_CAF1 5043 120 + 1 UGCCACGGGCUCACUGCCCAUUACGGUGCGUCAUAUUGAGAGCGUCAUCCGAAUGUCGGAAGCGCAUGCUCGCAUGCAUCUGCGCGAAAACGUGAUGGAGGCAGAUGUCAGCAUGGCUAU .((((...(((((((((((((((((.(((((..........((....((((.....)))).))(((((....)))))....)))))....)))))))..))))).))..))).))))... ( -46.20) >DroYak_CAF1 4976 120 + 1 UGCAACGGGCUCACUGCCCAUUACGGUGCGUCAUAUUGAGAGUGUCAUCCGAAUGUCUGAAGCGCACGCUCGCAUGCAUCUGCGCGAAAACGUGAUGGAGGCAGAUGUCAGCAUGGCUAU .(((..((((.....)))).......)))(((((.((((.(.((((.((((.((((.(...(((((.((......))...)))))..).))))..))))))))..).)))).)))))... ( -38.70) >consensus UGCCACGGGCUCACUGCCCAUUACGGUGCGUCACAUUGAGAGCGUCAUCCGAAUGUCCGAAGCGCACGCACGCAUGCAUCUGCGCGAAAACGUGAUGGAGGCAGAUGUCAGCAUGGCUAU .((((...(((((((((((((((((((((((.(((((..((......))..))))).....))))))...(((..((....)))))....)))))))..))))).))..))).))))... (-38.84 = -38.68 + -0.16)
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