Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,829,176 – 3,829,336 |
Length | 160 |
Max. P | 0.879384 |
Location | 3,829,176 – 3,829,296 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 87.83 |
Mean single sequence MFE | -42.00 |
Consensus MFE | -33.08 |
Energy contribution | -33.75 |
Covariance contribution | 0.67 |
Combinations/Pair | 1.22 |
Mean z-score | -3.13 |
Structure conservation index | 0.79 |
SVM decision value | 0.91 |
SVM RNA-class probability | 0.879384 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 3829176 120 - 27905053 AGGUUUCAAUCUUACGGCGACCAUAAUGGUGUGCGUUAUCAAGAGCAUCCUCGAUGGACGAUUGCAUGUUGGCAGGCAAGAUGUCAAUUAGCUCAGGCCGAUCUGUGAUCGUCUUGUUAA (((......(((((..(((..(((....)))..)))..).))))....)))....(((((((..((.((((((.(((..(((....))).)))...)))))).))..)))))))...... ( -35.00) >DroGri_CAF1 2488 120 - 1 AGGUCUCAAUCUUACGUCGUCCAUAAUGGUGCGCAUUAUCAAGCGCAUCAUCAAUGGACGCUUGUAUAUUGGCGGGCAAAAUAUCAAUUAGCUCAGGACGAUCGGUGAUUGUCUUGUUAA ..((((((((..((((.(((((((.(((((((((........)))))))))..)))))))..)))).))))..))))................((((((((((...)))))))))).... ( -42.40) >DroWil_CAF1 7586 120 - 1 AUGUCUCAAUUUUACGGCGUCCAUAAUGGUGAGCAUUGUCCAGCGCAUCAUCUAUGGACGCCUGCACAUUUGCGGGCAGAAUAUCAAUUAGCUCUGGACGAUCUGUGAUCGUCUUGUUAA .(((((.........((((((((((((((((.((........)).)))))).)))))))))).(((....)))))))).........(((((...((((((((...)))))))).))))) ( -46.00) >DroMoj_CAF1 2373 120 - 1 AGGUCUCAAUCUUACGGCGCCCAUAAUGAUGCGCAUUAUCGAGCGCAUCAUCAAUGGACGCUUGUAUAUUGGCUGGCAAAAUAUCAAUUAGCUCAGGACGAUCGGUGAUUGUCUUGUUAA ..((((((((..(((((((.((((.(((((((((........)))))))))..)))).))).)))).)))))..)))................((((((((((...)))))))))).... ( -41.20) >DroAna_CAF1 1500 120 - 1 ACGUCUCGAUCUUUCGGCGACCAUAAUGGUGCGCAUUAUCCAGCGCAUCAUCAAUGGACGCCUGCAUGUUGGCGGGCAAGAUAUCAAUUAGCUCAGGCCGAUCUGUGAUCGUCUUGUUAA (((...(((((....((((.((((.(((((((((........)))))))))..)))).)))).(((.((((((((((.............))))..)))))).))))))))...)))... ( -45.82) >DroPer_CAF1 1540 120 - 1 AGGUUUCUAUCUUACGGCGACCAUAAUGGUGCGCAUUGUCGAGCGCAUCAUCAAUGGACGCCUGCAUAUUGGCCGGCAAAAUAUCAAUUAACUCAGGACGGUCUGUGAUCGUCUUGUUAA .((((..((((....((((.((((.(((((((((........)))))))))..)))).)))).).)))..))))...................((((((((((...)))))))))).... ( -41.60) >consensus AGGUCUCAAUCUUACGGCGACCAUAAUGGUGCGCAUUAUCAAGCGCAUCAUCAAUGGACGCCUGCAUAUUGGCGGGCAAAAUAUCAAUUAGCUCAGGACGAUCUGUGAUCGUCUUGUUAA ...............(((..((((.(((((((((........)))))))))..))))..((((((......)))))).............)))((((((((((...)))))))))).... (-33.08 = -33.75 + 0.67)
Location | 3,829,216 – 3,829,336 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 84.89 |
Mean single sequence MFE | -44.50 |
Consensus MFE | -28.16 |
Energy contribution | -29.00 |
Covariance contribution | 0.84 |
Combinations/Pair | 1.24 |
Mean z-score | -3.39 |
Structure conservation index | 0.63 |
SVM decision value | 0.29 |
SVM RNA-class probability | 0.668909 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 3829216 120 - 27905053 GCGUGCACCUUAUCGGCGUCUGCCAGCCAGUCGUCUAUGUAGGUUUCAAUCUUACGGCGACCAUAAUGGUGUGCGUUAUCAAGAGCAUCCUCGAUGGACGAUUGCAUGUUGGCAGGCAAG ....((.........))(((((((((((((((((((((..(((......(((((..(((..(((....)))..)))..).))))....)))..)))))))))))...))))))))))... ( -44.00) >DroVir_CAF1 1559 120 - 1 GCAUGCACCUUGUCGGCAUCGGCUAGCCAAUCAUCUAUAUAGGUCUCAAUCUUACGGCGACCAUAAUGAUGCGCAUUGUCGAGCGCAUCAUCAAUGGACGCCUGUAUAUUGGCGGGCAAU ...(((.((..((((....))))..((((((.((((....))))........(((((((.((((.(((((((((........)))))))))..)))).)))).))).))))))))))).. ( -44.20) >DroGri_CAF1 2528 120 - 1 GCAUGCACUUUGUCCGCAUCCACGAGCCAAUCAUCAAUGUAGGUCUCAAUCUUACGUCGUCCAUAAUGGUGCGCAUUAUCAAGCGCAUCAUCAAUGGACGCUUGUAUAUUGGCGGGCAAA .........((((((((....((((((.........(((((((.......))))))).((((((.(((((((((........)))))))))..))))))))))))......)))))))). ( -47.70) >DroWil_CAF1 7626 120 - 1 GCAUGCACCUUGUCCGCAUCGGCCAGCCAAUCAUCAAUAUAUGUCUCAAUUUUACGGCGUCCAUAAUGGUGAGCAUUGUCCAGCGCAUCAUCUAUGGACGCCUGCACAUUUGCGGGCAGA .........(((((((((..((....))...........................((((((((((((((((.((........)).)))))).))))))))))........))))))))). ( -43.80) >DroMoj_CAF1 2413 120 - 1 GCAUGCACCUUGUCCGCAUCGGCCAACCAAUCAUCAAUGUAGGUCUCAAUCUUACGGCGCCCAUAAUGAUGCGCAUUAUCGAGCGCAUCAUCAAUGGACGCUUGUAUAUUGGCUGGCAAA (.((((.........))))).((((.(((((...(((((((((.......))))))(((.((((.(((((((((........)))))))))..)))).))))))...))))).))))... ( -42.60) >DroAna_CAF1 1540 120 - 1 GCAUGGACUUUGUCUGCAUCCGCCAGCCAGUCAUCUAUAUACGUCUCGAUCUUUCGGCGACCAUAAUGGUGCGCAUUAUCCAGCGCAUCAUCAAUGGACGCCUGCAUGUUGGCGGGCAAG ((..((((...))))....((((((((....................((....))((((.((((.(((((((((........)))))))))..)))).)))).....))))))))))... ( -44.70) >consensus GCAUGCACCUUGUCCGCAUCGGCCAGCCAAUCAUCAAUAUAGGUCUCAAUCUUACGGCGACCAUAAUGGUGCGCAUUAUCAAGCGCAUCAUCAAUGGACGCCUGCAUAUUGGCGGGCAAA ..((((.........))))..(((.(((((.........((((.......)))).((((.((((.(((((((((........)))))))))..)))).))))......))))).)))... (-28.16 = -29.00 + 0.84)
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