Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,825,845 – 3,825,965 |
Length | 120 |
Max. P | 0.932215 |
Location | 3,825,845 – 3,825,965 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 93.50 |
Mean single sequence MFE | -46.86 |
Consensus MFE | -39.00 |
Energy contribution | -39.80 |
Covariance contribution | 0.80 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -1.79 |
Structure conservation index | 0.83 |
SVM decision value | 1.22 |
SVM RNA-class probability | 0.932215 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 3825845 120 + 27905053 UGUGCAUCAAGCACUGCGGCGGCGACGUGGUUCGCAUCGAACUGGUGAACCGGCUGCAUGGAAUCCAACUGCAGCGCAAGUUGCGUCGACUACUGCUGCUCAUGUUCCUAUCUAUCGCUU .((((.....)))).((((((((((((((((((((.........))))))).(((((((((...)))..)))))).......))))))....)))))))..................... ( -44.00) >DroSec_CAF1 53567 120 + 1 UGUGCAUCAAGCACUGCGGCGGCGACGUGGUUCGCAUCGAACUGGUGAACCGGCUGCAUGGAAUCCAACUGCAGCGCAAGUUGCGUCGACUACUACUGCUCGUGUUCCUAUCCAUCGCUU .((((.....)))).((((((((....((((((((.........)))))))))))))(((((........(((((....)))))...((.(((........))).))...)))))))).. ( -41.10) >DroSim_CAF1 58343 120 + 1 UGUGCAUCAAGCACUGCGGCGGCGACGUGGUUCGCAUCGAACUGGUGAACCGGCUGCAUGGAAUCCAACUGCAGCGCAAGUUGCGUCGACUACUGCUGCUCGUGUUCCUAUCCAUCGCUU .((((.....)))).((((((((((((((((((((.........))))))).(((((((((...)))..)))))).......))))))....)))))))..(((...........))).. ( -44.30) >DroEre_CAF1 44922 120 + 1 UGUUCAUCAAGCACUGCGGCGGCGACGUGGUUCGCAUCGAACUGGUGAACCGGCUGCAUGGAAUCCAACUGCAGCGCAAGCUGCGUCGACUACUGCUGCUUGUGCUCCUGGCUAUCGCUU .........(((((.((((((((((((..(((.((.......(((....)))(((((((((...)))..)))))))).)))..)))))....)))))))..)))))...(((....))). ( -50.00) >DroYak_CAF1 60218 120 + 1 UGUGCAUCAAGCACUGCGGCGGCGACGUGGUUCGCAUCGAACUGGUGAACCGGCUGCAUGGAAUGCAACUGCAGCGGAAGCUGCGUCAAAUUCUACUGCUUGGGUUCCUAGCUGUCGCAU .((((.....))))(((((((((.....((((((...))))))((.(((((.(..(((((((((...((.(((((....)))))))...)))))).))).).))))))).))))))))). ( -54.90) >consensus UGUGCAUCAAGCACUGCGGCGGCGACGUGGUUCGCAUCGAACUGGUGAACCGGCUGCAUGGAAUCCAACUGCAGCGCAAGUUGCGUCGACUACUGCUGCUCGUGUUCCUAUCUAUCGCUU .((((.....)))).((((((((((((((((((((.........))))))).((((((((.....))..)))))).......))))))....)))))))..................... (-39.00 = -39.80 + 0.80)
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