Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,821,731 – 3,821,833 |
Length | 102 |
Max. P | 0.950470 |
Location | 3,821,731 – 3,821,833 |
---|---|
Length | 102 |
Sequences | 4 |
Columns | 107 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 89.31 |
Mean single sequence MFE | -45.82 |
Consensus MFE | -42.45 |
Energy contribution | -41.83 |
Covariance contribution | -0.63 |
Combinations/Pair | 1.18 |
Mean z-score | -1.83 |
Structure conservation index | 0.93 |
SVM decision value | 1.23 |
SVM RNA-class probability | 0.933462 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 3821731 102 + 27905053 GUCGCUAGCCACAGGUUCUGAGCAACAGGUUGUCGAUGUGUGCUCUCGCUCUGACAGCCGAAGCGAUCGGGUCGGGCGUCAGGAUGCCAGAGCGAGAGCGAG----- ((((.(((((....((.....))....))))).))))...(((((((((((((((..((((.....))))))).(((((....)))))))))))))))))..----- ( -44.70) >DroSec_CAF1 49474 102 + 1 GUCGCUAGCCACAGGUUCUGAGCAACAGGUUGUCGAUGUGUGCUCUCGCUCGGACAGCCGAAGCGAUCGGGUCGGGCGUCAGGAUGCCAGAGCGAGAGCGAG----- ((((.(((((....((.....))....))))).))))...(((((((((((.(((..((((.....))))))).(((((....))))).)))))))))))..----- ( -44.00) >DroSim_CAF1 54038 102 + 1 GUCGCUAGCCACAGGUUCUGAGCAACAGGUUGUCGAUGUGUGCUCUCGCUCGGACAGCCGAAGCGAUCGGGUCGGGCGUCAGGAUGCCAGAGCGAGAGCGAG----- ((((.(((((....((.....))....))))).))))...(((((((((((.(((..((((.....))))))).(((((....))))).)))))))))))..----- ( -44.00) >DroEre_CAF1 40759 105 + 1 GUCGCAAGCC--AGGUUCUGAGCAACAGGUUGGCGGCUCGUGCUCUCGCUCUGGCGGCUGAGGCGAUCGGGUCCGGCGUCAGGACGCCAGAGCGAUAGUGAGAGUGA .......(((--((..((((.....))))))))).((((..(((.(((((((((((.((((.((...((....)))).))))..))))))))))).)))..)))).. ( -50.60) >consensus GUCGCUAGCCACAGGUUCUGAGCAACAGGUUGUCGAUGUGUGCUCUCGCUCGGACAGCCGAAGCGAUCGGGUCGGGCGUCAGGAUGCCAGAGCGAGAGCGAG_____ ((((.(((((....((.....))....))))).))))...(((((((((((.(((..((((.....))))))).(((((....))))).)))))))))))....... (-42.45 = -41.83 + -0.63)
Location | 3,821,731 – 3,821,833 |
---|---|
Length | 102 |
Sequences | 4 |
Columns | 107 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 89.31 |
Mean single sequence MFE | -38.98 |
Consensus MFE | -34.78 |
Energy contribution | -35.27 |
Covariance contribution | 0.50 |
Combinations/Pair | 1.10 |
Mean z-score | -2.03 |
Structure conservation index | 0.89 |
SVM decision value | 1.40 |
SVM RNA-class probability | 0.950470 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 3821731 102 - 27905053 -----CUCGCUCUCGCUCUGGCAUCCUGACGCCCGACCCGAUCGCUUCGGCUGUCAGAGCGAGAGCACACAUCGACAACCUGUUGCUCAGAACCUGUGGCUAGCGAC -----.(((((((((((((((((.((.((.((...........)).)))).))))))))))))(((.(((((((((((....))).)).))...)))))))))))). ( -40.20) >DroSec_CAF1 49474 102 - 1 -----CUCGCUCUCGCUCUGGCAUCCUGACGCCCGACCCGAUCGCUUCGGCUGUCCGAGCGAGAGCACACAUCGACAACCUGUUGCUCAGAACCUGUGGCUAGCGAC -----.((((((((((((.(((........))).(((((((.....))))..))).)))))))(((.(((((((((((....))).)).))...)))))))))))). ( -36.90) >DroSim_CAF1 54038 102 - 1 -----CUCGCUCUCGCUCUGGCAUCCUGACGCCCGACCCGAUCGCUUCGGCUGUCCGAGCGAGAGCACACAUCGACAACCUGUUGCUCAGAACCUGUGGCUAGCGAC -----.((((((((((((.(((........))).(((((((.....))))..))).)))))))(((.(((((((((((....))).)).))...)))))))))))). ( -36.90) >DroEre_CAF1 40759 105 - 1 UCACUCUCACUAUCGCUCUGGCGUCCUGACGCCGGACCCGAUCGCCUCAGCCGCCAGAGCGAGAGCACGAGCCGCCAACCUGUUGCUCAGAACCU--GGCUUGCGAC .........((.(((((((((((..((((.((((....))...)).)))).))))))))))).))(.(((((((.....(((.....)))....)--)))))).).. ( -41.90) >consensus _____CUCGCUCUCGCUCUGGCAUCCUGACGCCCGACCCGAUCGCUUCGGCUGUCAGAGCGAGAGCACACAUCGACAACCUGUUGCUCAGAACCUGUGGCUAGCGAC ........(((((((((((((((..((((.((...........)).)))).)))))))))))))))...............((((((.((.........)))))))) (-34.78 = -35.27 + 0.50)
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