Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,786,396 – 3,786,516 |
Length | 120 |
Max. P | 0.584340 |
Location | 3,786,396 – 3,786,516 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 96.83 |
Mean single sequence MFE | -45.32 |
Consensus MFE | -43.00 |
Energy contribution | -43.28 |
Covariance contribution | 0.28 |
Combinations/Pair | 1.05 |
Mean z-score | -1.12 |
Structure conservation index | 0.95 |
SVM decision value | 0.10 |
SVM RNA-class probability | 0.584340 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 3786396 120 + 27905053 CAGUUCGGUGGUGUCCUCGGCGAAAUCGAGCUGCCGCUGGAACUGGAGGCUCCGCCACAGACGUCGUUCUUUGAGUCGAUCAUGUCCGAGUCGGACAUCGUGUCGCUAUUCCAGUUCUCC (((((((((..(((.....)))..))))))))).....((((((((((....((.(((.(((.(((.....))))))....(((((((...))))))).))).))...)))))))))).. ( -46.00) >DroSec_CAF1 15755 120 + 1 CAGUUGGGUGGCGUUCUCGGCGAAAUCGAGCUGCCGCUUGAACUGGAGGCUCCGCCACAGACGUCGUUCUUUGAGUCGAUCAUGUCCGAGUCGGACAUCGUGUCGCUAUUCCAGUUCUCC .....((((((((..(((((.....))))).))))))))(((((((((....((.(((.(((.(((.....))))))....(((((((...))))))).))).))...)))))))))... ( -45.30) >DroSim_CAF1 19509 120 + 1 CAGUUGGGUGGCGUUCUCGGCGAAAUCGAGCUGCCGCUGGAACUGGAGGCUCCGCCACAGACGUCGUUCUUUGAGUCGAUCAUGUCCGAGUCGGACAUCGUGUCGCUAUUCCAGUUCUCC ......(((((((..(((((.....))))).)))))))((((((((((....((.(((.(((.(((.....))))))....(((((((...))))))).))).))...)))))))))).. ( -45.70) >DroEre_CAF1 6426 120 + 1 CAGUUGGGUGGCGUCCUCGGCGAAAUCGAGCUGCCGCUGGAACUGGAGGCUCCUCCACAGACGUCGUUCUUUGAGUCGAUCAUGUCCGAGUCGGACAUCGUGUCGCUAUUCCAGUUCUCC ......(((((((..(((((.....))))).)))))))((((((((((((.........(((.(((.....))))))(((((((((((...))))))).).))))))..))))))))).. ( -44.50) >DroYak_CAF1 18723 120 + 1 CAGUUGGGUGGCGUCCUCGGUGAAAUCGAGCUGCCACUGGAACUGGAGGCACCGCCACAUACGUCGUUCUUUGAGUCGAUCAUGUCCGAGUCGGACAUCGUGUCGCUAUUCCAGUUCUCC ......(((((((..((((((...)))))).)))))))((((((((((....((.(((....(((((((...))).)))).(((((((...))))))).))).))...)))))))))).. ( -45.10) >consensus CAGUUGGGUGGCGUCCUCGGCGAAAUCGAGCUGCCGCUGGAACUGGAGGCUCCGCCACAGACGUCGUUCUUUGAGUCGAUCAUGUCCGAGUCGGACAUCGUGUCGCUAUUCCAGUUCUCC ......(((((((..(((((.....))))).)))))))((((((((((....((.(((.(((.(((.....))))))....(((((((...))))))).))).))...)))))))))).. (-43.00 = -43.28 + 0.28)
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