Locus 1220

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	3,684,615 – 3,684,796
Length	181
Max. P	0.979098

overview

Window 3

Location	3,684,615 – 3,684,733
Length	118
Sequences	6
Columns	118
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.41
Mean single sequence MFE	-40.95
Consensus MFE	-34.27
Energy contribution	-34.22
Covariance contribution	-0.06
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-1.95
Structure conservation index	0.84
SVM decision value	0.44
SVM RNA-class probability	0.736743
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3684615 118 + 27905053
UAUGGAAGUUUUGCGUUUUUAUUGAAGCGUGCUUAAUGGCUUACCGUCCAUCUUAGCCUGUUCGGUUAAUUGUGGCGGAGCCGAUUGUGGUGGCGGUGGGGGCUUCUCCACCGGUGUC
.....((((...(((((((....)))))))))))..(((((..(((.((((.((((((.....))))))..)))))))))))).....(..(.((((((((....)))))))).)..) ( -43.30)
>DroVir_CAF1 57041 114 + 1
UAUGGAAGU--GGCGU--UUAUUGAAGCGUGCUUAAAGGCUUACCGUCCAUUUUAGCCUGUUCGGUUAGUUGUGGCGGUGCCGAUUGUGGUGGCGGUGGUGGCUUUUCCACCGGCGUU
.....((((--(.(((--((....))))))))))...(((..((((.((((.((((((.....))))))..))))))))))).........((((.((((((.....)))))).)))) ( -40.20)
>DroGri_CAF1 14274 114 + 1
UAUGGAAGU--UGCGU--UUAUUGAAGCGUGCUUAUAGGCUUACCGUCCAUUUUAGCCUGUUCGGUUAGUUGCGGCGGUGCCGAUUGUGGUGGCGGUGGUGGCUUUUCCACCGGUGUC
.....((((--.((((--((....))))))))))...(((..((((((((..((((((.....)))))).)).))))))))).........((((.((((((.....)))))).)))) ( -39.10)
>DroWil_CAF1 51557 114 + 1
AAUGGAAGU--UGCGU--UUAUUGAAGCGUGCUUAAAGGCUUACCGUCCAUUUUAGCCUGUUCGGUUAGUUGUGGCGGUGCCGAUUGUGGUGGCGGUGGUGGCUUUUCCACCGGCGUU
.....((((--.((((--((....))))))))))...(((..((((.((((.((((((.....))))))..))))))))))).........((((.((((((.....)))))).)))) ( -40.20)
>DroMoj_CAF1 62018 114 + 1
UAUGGAAGU--UGCGU--UUAUUGAAGCGUGCUUUAAGGCUUACCGUCCAUUUUAGCCUGUUCGGUUAGUUGUGGCGGUGCCGAUUGUGGUGGCGGUGGUGGCUUUUCCACCGGUGUU
....(((((--.((((--((....)))))))))))..(((..((((.((((.((((((.....))))))..))))))))))).........((((.((((((.....)))))).)))) ( -39.90)
>DroAna_CAF1 29977 118 + 1
UAUGGAAGUUUUGCGUUUUUAUUGAAGCGUGCUUAAUGGCUUACCGUCCAUUUUAGCCUGUUCGGUUAGUUGUGGCGGUGCCGAUUGCGGUGGCGGUGGUGGCUUUUCCACCGGAGUC
.....((((...(((((((....)))))))))))...(((..((((.((((.((((((.....))))))..)))))))))))((((.((((((.(((....)))...)))))).)))) ( -43.00)
>consensus
UAUGGAAGU__UGCGU__UUAUUGAAGCGUGCUUAAAGGCUUACCGUCCAUUUUAGCCUGUUCGGUUAGUUGUGGCGGUGCCGAUUGUGGUGGCGGUGGUGGCUUUUCCACCGGUGUC
.....((((...((((..........))))))))...(((..((((((((..((((((.....)))))).)).))))))))).........((((.((((((.....)))))).)))) (-34.27 = -34.22 +  -0.06)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	3,684,615 – 3,684,733
Length	118
Sequences	6
Columns	118
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.41
Mean single sequence MFE	-25.60
Consensus MFE	-23.29
Energy contribution	-23.32
Covariance contribution	0.03
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-1.82
Structure conservation index	0.91
SVM decision value	1.83
SVM RNA-class probability	0.979098
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3684615 118 - 27905053
GACACCGGUGGAGAAGCCCCCACCGCCACCACAAUCGGCUCCGCCACAAUUAACCGAACAGGCUAAGAUGGACGGUAAGCCAUUAAGCACGCUUCAAUAAAAACGCAAAACUUCCAUA
......(((((........)))))((..........((((((((((...(((.((.....)).)))..))).)))..))))((((((....))).)))......))............ ( -27.10)
>DroVir_CAF1 57041 114 - 1
AACGCCGGUGGAAAAGCCACCACCGCCACCACAAUCGGCACCGCCACAACUAACCGAACAGGCUAAAAUGGACGGUAAGCCUUUAAGCACGCUUCAAUAA--ACGCC--ACUUCCAUA
...(.((((((........)))))).).........((((((((((....((.((.....)).))...))).))))..((......))............--..)))--......... ( -26.80)
>DroGri_CAF1 14274 114 - 1
GACACCGGUGGAAAAGCCACCACCGCCACCACAAUCGGCACCGCCGCAACUAACCGAACAGGCUAAAAUGGACGGUAAGCCUAUAAGCACGCUUCAAUAA--ACGCA--ACUUCCAUA
......(((((.....)))))(((((((.......((((...)))).......((.....))......))).))))..((......))..((........--..)).--......... ( -23.60)
>DroWil_CAF1 51557 114 - 1
AACGCCGGUGGAAAAGCCACCACCGCCACCACAAUCGGCACCGCCACAACUAACCGAACAGGCUAAAAUGGACGGUAAGCCUUUAAGCACGCUUCAAUAA--ACGCA--ACUUCCAUU
...((((((((.....)))))...(((.........))).....................)))...((((((.(((..((......))..((........--..)).--))))))))) ( -25.70)
>DroMoj_CAF1 62018 114 - 1
AACACCGGUGGAAAAGCCACCACCGCCACCACAAUCGGCACCGCCACAACUAACCGAACAGGCUAAAAUGGACGGUAAGCCUUAAAGCACGCUUCAAUAA--ACGCA--ACUUCCAUA
......(((((.....)))))...((..........((((((((((....((.((.....)).))...))).))))..)))...(((....)))......--..)).--......... ( -24.00)
>DroAna_CAF1 29977 118 - 1
GACUCCGGUGGAAAAGCCACCACCGCCACCGCAAUCGGCACCGCCACAACUAACCGAACAGGCUAAAAUGGACGGUAAGCCAUUAAGCACGCUUCAAUAAAAACGCAAAACUUCCAUA
.....((((((........)))))).....((....((((((((((....((.((.....)).))...))).))))..)))((((((....))).)))......))............ ( -26.40)
>consensus
AACACCGGUGGAAAAGCCACCACCGCCACCACAAUCGGCACCGCCACAACUAACCGAACAGGCUAAAAUGGACGGUAAGCCUUUAAGCACGCUUCAAUAA__ACGCA__ACUUCCAUA
......(((((........)))))((..........((((((((((....((.((.....)).))...))).))))..)))...(((....)))..........))............ (-23.29 = -23.32 +   0.03)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	3,684,693 – 3,684,796
Length	103
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.43
Mean single sequence MFE	-34.09
Consensus MFE	-28.24
Energy contribution	-27.63
Covariance contribution	-0.61
Combinations/Pair	1.26
Mean z-score	-1.04
Structure conservation index	0.83
SVM decision value	0.30
SVM RNA-class probability	0.679674
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3684693 103 + 27905053
AGCCGAUUGUGGUGGCGGUGGGGGCUUCUCCACCGGUGUCGACGCUUUAAUCUCGCUCUGAGGUCGGCUGUAGUUCUCCCCUAAAAA--AA-AAAAAA-G---AA--U--UUA---C
(((((((..(((.((((((((((....)))))))((((....))))........))))))..)))))))..((((((..........--..-.....)-)---))--)--)..---. ( -31.73)
>DroVir_CAF1 57115 106 + 1
UGCCGAUUGUGGUGGCGGUGGUGGCUUUUCCACCGGCGUUGACGCUUUUAUCUCGCUCUGAGGUCGGCUGUAGUUCUCGCCUGAGAA--AU-UUGAAAAU---UAUAU--AUA---U
.((((((..(((.(((((.(((((.....)))))((((....))))......))))))))..)))))).....(((((....)))))--..-........---.....--...---. ( -33.50)
>DroGri_CAF1 14348 113 + 1
UGCCGAUUGUGGUGGCGGUGGUGGCUUUUCCACCGGUGUCGACGCUUUUAUCUCGCUCUGAGGUCGGCUGUAGUUCUCGCCUACAAAAAAU-GUGUACAGACACAGGCAUUGA---U
((((..(((((((((((((((........))))))..((((((.(((............)))))))))........))))).))))....(-((((....)))))))))....---. ( -38.60)
>DroWil_CAF1 51631 103 + 1
UGCCGAUUGUGGUGGCGGUGGUGGCUUUUCCACCGGCGUUGACGCUUUUAUCUCGCUCUGAGGUCGGCUGUAGCUCUCGCCUAG--A--A--UGGAAA-G---UU--G--UGACAAU
.((((((..(((.(((((.(((((.....)))))((((....))))......))))))))..))))))(((.((.((..((...--.--.--.))..)-)---..--)--).))).. ( -35.70)
>DroAna_CAF1 30055 101 + 1
UGCCGAUUGCGGUGGCGGUGGUGGCUUUUCCACCGGAGUCGACGCUUUAAUUUCGCUCUGAGGUCGGCUGUAAUUUUCCCCUGCGAA--AAAUGA-A------UU--U--UCA---U
.((((((..(((.(((((.(((((.....)))))(((((....)))))....))))))))..))))))................(((--((....-.------))--)--)).---. ( -31.40)
>DroPer_CAF1 51707 100 + 1
UGCCGAUUGUGGUGGCGGCGGUGGUUUCUCCACCGGUGUCGAUGCUUUUAUCUCGCUCUGAGGUCGGCUAUAGUUCUCCCCUGA--A--AG-UGA-ACCG---AU--U--UCA----
.((.(((.((..(((((.((((((.....)))))).)))))..))....)))..))...((((((((......(((......))--)--..-...-.)))---))--)--)).---- ( -33.60)
>consensus
UGCCGAUUGUGGUGGCGGUGGUGGCUUUUCCACCGGUGUCGACGCUUUUAUCUCGCUCUGAGGUCGGCUGUAGUUCUCCCCUAA_AA__AA_UGAAAA_G___UA__U__UCA___U
.((((((.(((.(((((.((((((.....)))))).))))).)))......(((.....)))))))))................................................. (-28.24 = -27.63 +  -0.61)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	3,684,693 – 3,684,796
Length	103
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	78.43
Mean single sequence MFE	-27.13
Consensus MFE	-20.45
Energy contribution	-20.32
Covariance contribution	-0.14
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-1.03
Structure conservation index	0.75
SVM decision value	0.19
SVM RNA-class probability	0.625958
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3684693 103 - 27905053
G---UAA--A--UU---C-UUUUUU-UU--UUUUUAGGGGAGAACUACAGCCGACCUCAGAGCGAGAUUAAAGCGUCGACACCGGUGGAGAAGCCCCCACCGCCACCACAAUCGGCU
(---((.--.--((---(-((((((-..--.....))))))))).)))((((((.(((.....)))................((((((........)))))).........)))))) ( -25.90)
>DroVir_CAF1 57115 106 - 1
A---UAU--AUAUA---AUUUUCAA-AU--UUCUCAGGCGAGAACUACAGCCGACCUCAGAGCGAGAUAAAAGCGUCAACGCCGGUGGAAAAGCCACCACCGCCACCACAAUCGGCA
.---...--.....---........-..--(((((....))))).....(((((.......(((........(((....))).(((((.....)))))..)))........))))). ( -27.46)
>DroGri_CAF1 14348 113 - 1
A---UCAAUGCCUGUGUCUGUACAC-AUUUUUUGUAGGCGAGAACUACAGCCGACCUCAGAGCGAGAUAAAAGCGUCGACACCGGUGGAAAAGCCACCACCGCCACCACAAUCGGCA
.---....(((((((((....))))-)....((((.((((.........(.(((((((.....)))........)))).)...(((((.....)))))..))))...))))..)))) ( -29.50)
>DroWil_CAF1 51631 103 - 1
AUUGUCA--C--AA---C-UUUCCA--U--U--CUAGGCGAGAGCUACAGCCGACCUCAGAGCGAGAUAAAAGCGUCAACGCCGGUGGAAAAGCCACCACCGCCACCACAAUCGGCA
.......--.--..---.-......--.--.--...(((....)))...(((((.......(((........(((....))).(((((.....)))))..)))........))))). ( -28.16)
>DroAna_CAF1 30055 101 - 1
A---UGA--A--AA------U-UCAUUU--UUCGCAGGGGAAAAUUACAGCCGACCUCAGAGCGAAAUUAAAGCGUCGACUCCGGUGGAAAAGCCACCACCGCCACCGCAAUCGGCA
.---...--.--..------.-..((((--(((.....)))))))....(((((.....((((((..........))).)))((((((........)))))).........))))). ( -24.80)
>DroPer_CAF1 51707 100 - 1
----UGA--A--AU---CGGU-UCA-CU--U--UCAGGGGAGAACUAUAGCCGACCUCAGAGCGAGAUAAAAGCAUCGACACCGGUGGAGAAACCACCGCCGCCACCACAAUCGGCA
----...--.--..---.(((-((.-((--(--....))).)))))...(((((.......(((.(((......))).....((((((.....)))))).)))........))))). ( -26.96)
>consensus
A___UAA__A__AA___C_UUUCCA_AU__UU_UCAGGCGAGAACUACAGCCGACCUCAGAGCGAGAUAAAAGCGUCGACACCGGUGGAAAAGCCACCACCGCCACCACAAUCGGCA
.................................................(((((.....((((.........)).)).....((((((........)))))).........))))). (-20.45 = -20.32 +  -0.14)

alignment

secondary structure

dotplot

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