Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,632,720 – 3,632,819 |
Length | 99 |
Max. P | 0.654310 |
Location | 3,632,720 – 3,632,819 |
---|---|
Length | 99 |
Sequences | 6 |
Columns | 108 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 82.61 |
Mean single sequence MFE | -33.55 |
Consensus MFE | -26.22 |
Energy contribution | -24.58 |
Covariance contribution | -1.63 |
Combinations/Pair | 1.40 |
Mean z-score | -1.36 |
Structure conservation index | 0.78 |
SVM decision value | 0.02 |
SVM RNA-class probability | 0.542830 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 3632720 99 + 27905053 GCGUUGAUGAGGGCGUGGAGCUUGUGGGCGUGGGACUGACAUUCGUUAUCAUAUU------CAUAUUGCUAUUGGUCGGCAGUAGUCC---GCCCACAAGGCGUCCAU ..........((((((....(((((((((...((((((((....)))).......------..(((((((.......)))))))))))---))))))))))))))).. ( -37.40) >DroPse_CAF1 371 99 + 1 GCGUUGAUGAUGGCGUGGAGCUAGUGGGCGUUGGACUGGCAUUCACUAUCAUAUU------CAUAUUGCUAUUGGUCGGCAGUAGUCC---ACCCACUAGACGUCCAU (((((......)))))((((((((((((...((((((((......))).......------..(((((((.......)))))))))))---))))))))).).))).. ( -33.10) >DroEre_CAF1 430 105 + 1 GCGUUGAUGAGGGCGUGGAGCUUGUGGGCGUGGGACUGGCAUUCACUAUCAUAUUCAUGUUCAUAUUGCUAUUGGUCGGCAGUAGUCC---GCCCACAAGGCGUCCAU ..........((((((....((((((((((.((.((((.(..(((.((.(((((........))).)).)).)))..).))))..)))---))))))))))))))).. ( -36.10) >DroWil_CAF1 579 102 + 1 GCGUCGAUGAAGGUGUUGAAUUUGUGGGCGUUGGACUAACAUUCAUCACCAUUUG------ACUAUUGCUAUUGGUCGGCAGUGCUCCAGCACCCACAAAACGUUGCU ((((((((......))))).((((((((.((((((.......(((........))------).(((((((.......))))))).)))))).))))))))....))). ( -31.50) >DroAna_CAF1 4809 99 + 1 CCGUUGAAGAGAGUGUGGAGCUUGUGGGUGUAGGACUGGCAAUCGUUAUCAUAUU------UAUAUUGCUAUUGGUCGGCAGUGGGCC---ACCCAUAGGGCGUCCAU ..............(((((((((((((((....((((((((((...((.......------)).))))))...))))(((.....)))---))))))).))).))))) ( -30.10) >DroPer_CAF1 371 99 + 1 GCGUUGAUGAAGGCGUGGAGCUAGUGGGCGUUGGACUGACAUUCACUAUCAUAUU------CAUAUUGCUAUUGGUCGGCAGUAGUCC---ACCCACUAGACGUCCAU ((.((....)).))((((((((((((((...(((((((.....))..........------..(((((((.......)))))))))))---))))))))).).))))) ( -33.10) >consensus GCGUUGAUGAGGGCGUGGAGCUUGUGGGCGUUGGACUGACAUUCACUAUCAUAUU______CAUAUUGCUAUUGGUCGGCAGUAGUCC___ACCCACAAGACGUCCAU (((((......)))))(((.((((((((....(((((((......)))...............(((((((.......)))))))))))....))))))))...))).. (-26.22 = -24.58 + -1.63)
Location | 3,632,720 – 3,632,819 |
---|---|
Length | 99 |
Sequences | 6 |
Columns | 108 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 82.61 |
Mean single sequence MFE | -27.31 |
Consensus MFE | -21.98 |
Energy contribution | -21.98 |
Covariance contribution | 0.01 |
Combinations/Pair | 1.23 |
Mean z-score | -1.54 |
Structure conservation index | 0.80 |
SVM decision value | 0.25 |
SVM RNA-class probability | 0.654310 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 3632720 99 - 27905053 AUGGACGCCUUGUGGGC---GGACUACUGCCGACCAAUAGCAAUAUG------AAUAUGAUAACGAAUGUCAGUCCCACGCCCACAAGCUCCACGCCCUCAUCAACGC .((((.((.((((((((---(((((..(((.........))).....------.....((((.....)))))))))...))))))))))))))............... ( -29.80) >DroPse_CAF1 371 99 - 1 AUGGACGUCUAGUGGGU---GGACUACUGCCGACCAAUAGCAAUAUG------AAUAUGAUAGUGAAUGCCAGUCCAACGCCCACUAGCUCCACGCCAUCAUCAACGC ((((.((((((((((((---(((((((((.((....(((....))).------....)).)))).......)))))...)))))))))....)))))))......... ( -27.61) >DroEre_CAF1 430 105 - 1 AUGGACGCCUUGUGGGC---GGACUACUGCCGACCAAUAGCAAUAUGAACAUGAAUAUGAUAGUGAAUGCCAGUCCCACGCCCACAAGCUCCACGCCCUCAUCAACGC .((((.((.((((((((---(....((((.((..((.((...((((........))))..)).))..)).))))....)))))))))))))))............... ( -31.00) >DroWil_CAF1 579 102 - 1 AGCAACGUUUUGUGGGUGCUGGAGCACUGCCGACCAAUAGCAAUAGU------CAAAUGGUGAUGAAUGUUAGUCCAACGCCCACAAAUUCAACACCUUCAUCGACGC ........((((((((((.((((((...)).......(((((...((------((.....))))...))))).)))).)))))))))).................... ( -25.70) >DroAna_CAF1 4809 99 - 1 AUGGACGCCCUAUGGGU---GGCCCACUGCCGACCAAUAGCAAUAUA------AAUAUGAUAACGAUUGCCAGUCCUACACCCACAAGCUCCACACUCUCUUCAACGG .((((.((....(((((---(....((((..........(((((...------............)))))))))....))))))...))))))............... ( -20.16) >DroPer_CAF1 371 99 - 1 AUGGACGUCUAGUGGGU---GGACUACUGCCGACCAAUAGCAAUAUG------AAUAUGAUAGUGAAUGUCAGUCCAACGCCCACUAGCUCCACGCCUUCAUCAACGC .((((.(.(((((((((---(((((..(((.........))).....------.....((((.....)))))))))...))))))))))))))............... ( -29.60) >consensus AUGGACGCCUUGUGGGU___GGACUACUGCCGACCAAUAGCAAUAUG______AAUAUGAUAAUGAAUGCCAGUCCAACGCCCACAAGCUCCACGCCCUCAUCAACGC .((((.(.(((((((((...((...((((.((..((.((...((((........))))..)).))..)).))))))...))))))))))))))............... (-21.98 = -21.98 + 0.01)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:03:36 2006