Locus 1194

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	3,596,622 – 3,596,758
Length	136
Max. P	0.864598

overview

Window 6

Location	3,596,622 – 3,596,718
Length	96
Sequences	6
Columns	99
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	82.45
Mean single sequence MFE	-24.22
Consensus MFE	-9.38
Energy contribution	-9.93
Covariance contribution	0.56
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-4.00
Structure conservation index	0.39
SVM decision value	0.57
SVM RNA-class probability	0.785059
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3596622 96 + 27905053
GGUAAUUUUAUCAGUUUUGCAGAGAAUAAUUGCAA---AAUUAAAUGAGCUAAUUAAACCAUUUCCAAGUGGAAUAAAAAGGCUCAUUUACUUUGCAAU
((((....))))....((((((((..(((((....---)))))((((((((..(((..(((((....)))))..)))...))))))))..)))))))). ( -23.50)
>DroSec_CAF1 46909 96 + 1
GGUAAUUGCAUCAGUUUUGCACAGAAUAAUUGCAA---AAUUAAAUGAGCUAAUUAAACCAUUUCCAAAUGGAAUAAAAAGGCUCAUUUACUUUGCAAU
....((((((..(((((((((.........)))))---))))(((((((((..(((..(((((....)))))..)))...)))))))))....)))))) ( -25.60)
>DroSim_CAF1 47747 96 + 1
GGUAAUUGCAUCAGUUUUGCACAGAAUAAUUGCAA---AAUUAAAUGAGCUAAUUAAACCAUUUCCAAAUGGAAUAAAAAGGCUCAUUUACUUUGCAAU
....((((((..(((((((((.........)))))---))))(((((((((..(((..(((((....)))))..)))...)))))))))....)))))) ( -25.60)
>DroEre_CAF1 53372 96 + 1
AGUAAUUUCAUAAUUUUUGCACAGAAUAAUUGCAA---AAUUAAAUGUGCUACUUAAACCGUUUCCAAGCGGAAUAAAAAGCCUCAUUUAUUUUGCAAU
.((((...........))))........(((((((---(((.(((((.(((..(((..(((((....)))))..)))..)))..))))))))))))))) ( -21.80)
>DroYak_CAF1 70502 99 + 1
GGUAAUUUCAUAAUUAUUGCACGAAAUAAUUGCAAAAAAAUUAAAUGUGCUACUUAAUCCGUUUCCAAAAGGAUUAAAAAGCCUCAUUUACUUUGCAAU
.(((((.........)))))........((((((((.....((((((.(((..(((((((..........)))))))..)))..)))))).)))))))) ( -21.00)
>DroAna_CAF1 42726 97 + 1
AGUAAUUAGCUGGGAAAUGGCUAGCUUGAUUGCAAA--AAACAAAUGUGCUAAUUAAACCAUUUUCGAAUGGAAUAAAUAGCAUAAUUGCUUUUUCAAU
.((((((((((((.......))))).)))))))(((--((.(((.(((((((.(((..(((((....)))))..))).))))))).))).))))).... ( -27.80)
>consensus
GGUAAUUUCAUCAGUUUUGCACAGAAUAAUUGCAA___AAUUAAAUGAGCUAAUUAAACCAUUUCCAAAUGGAAUAAAAAGCCUCAUUUACUUUGCAAU
............................(((((((......((((((.(((..(((..(((((....)))))..)))..)).).))))))..))))))) ( -9.38 =  -9.93 +   0.56)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	3,596,622 – 3,596,718
Length	96
Sequences	6
Columns	99
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.45
Mean single sequence MFE	-24.92
Consensus MFE	-10.94
Energy contribution	-12.05
Covariance contribution	1.11
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-3.94
Structure conservation index	0.44
SVM decision value	0.84
SVM RNA-class probability	0.864598
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3596622 96 - 27905053
AUUGCAAAGUAAAUGAGCCUUUUUAUUCCACUUGGAAAUGGUUUAAUUAGCUCAUUUAAUU---UUGCAAUUAUUCUCUGCAAAACUGAUAAAAUUACC
((((((((((((((((((.(..(((..(((........)))..)))..))))))))).)))---)))))))............................ ( -23.00)
>DroSec_CAF1 46909 96 - 1
AUUGCAAAGUAAAUGAGCCUUUUUAUUCCAUUUGGAAAUGGUUUAAUUAGCUCAUUUAAUU---UUGCAAUUAUUCUGUGCAAAACUGAUGCAAUUACC
((((((((((((((((((.(..(((..(((((....)))))..)))..))))))))).)))---))))))).......((((.......))))...... ( -27.70)
>DroSim_CAF1 47747 96 - 1
AUUGCAAAGUAAAUGAGCCUUUUUAUUCCAUUUGGAAAUGGUUUAAUUAGCUCAUUUAAUU---UUGCAAUUAUUCUGUGCAAAACUGAUGCAAUUACC
((((((((((((((((((.(..(((..(((((....)))))..)))..))))))))).)))---))))))).......((((.......))))...... ( -27.70)
>DroEre_CAF1 53372 96 - 1
AUUGCAAAAUAAAUGAGGCUUUUUAUUCCGCUUGGAAACGGUUUAAGUAGCACAUUUAAUU---UUGCAAUUAUUCUGUGCAAAAAUUAUGAAAUUACU
(((((((((((((((..(((.((((..(((........)))..)))).))).))))).)))---)))))))............................ ( -22.20)
>DroYak_CAF1 70502 99 - 1
AUUGCAAAGUAAAUGAGGCUUUUUAAUCCUUUUGGAAACGGAUUAAGUAGCACAUUUAAUUUUUUUGCAAUUAUUUCGUGCAAUAAUUAUGAAAUUACC
(((((((((((((((..(((.((((((((....(....))))))))).))).))))))....))))))))).((((((((.......)))))))).... ( -25.90)
>DroAna_CAF1 42726 97 - 1
AUUGAAAAAGCAAUUAUGCUAUUUAUUCCAUUCGAAAAUGGUUUAAUUAGCACAUUUGUUU--UUUGCAAUCAAGCUAGCCAUUUCCCAGCUAAUUACU
(((((((((((((...(((((.(((..(((((....)))))..))).)))))...))))))--))).))))..((((...........))))....... ( -23.00)
>consensus
AUUGCAAAGUAAAUGAGCCUUUUUAUUCCAUUUGGAAAUGGUUUAAUUAGCACAUUUAAUU___UUGCAAUUAUUCUGUGCAAAACUGAUGAAAUUACC
(((((((..((((((.(.((..(((..(((((....)))))..)))..))).))))))......)))))))............................ (-10.94 = -12.05 +   1.11)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	3,596,646 – 3,596,758
Length	112
Sequences	6
Columns	115
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	84.52
Mean single sequence MFE	-27.22
Consensus MFE	-11.36
Energy contribution	-12.03
Covariance contribution	0.67
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-4.38
Structure conservation index	0.42
SVM decision value	0.27
SVM RNA-class probability	0.663385
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3596646 112 + 27905053
AAUAAUUGCAA---AAUUAAAUGAGCUAAUUAAACCAUUUCCAAGUGGAAUAAAAAGGCUCAUUUACUUUGCAAUUGGAUCAGUUUUAGCAACCCAGACUUAAAUCCGUUUUCAA
...((((((((---(..((((((((((..(((..(((((....)))))..)))...)))))))))).)))))))))((((.(((((.........)))))...))))........ ( -28.10)
>DroSec_CAF1 46933 112 + 1
AAUAAUUGCAA---AAUUAAAUGAGCUAAUUAAACCAUUUCCAAAUGGAAUAAAAAGGCUCAUUUACUUUGCAAUUGGAUCAGUUUUAGCAACUCAGACUUAAAUCCGUUUUCAA
...((((((((---(..((((((((((..(((..(((((....)))))..)))...)))))))))).)))))))))((((.(((((.((...)).)))))...))))........ ( -29.10)
>DroSim_CAF1 47771 112 + 1
AAUAAUUGCAA---AAUUAAAUGAGCUAAUUAAACCAUUUCCAAAUGGAAUAAAAAGGCUCAUUUACUUUGCAAUUGGAUCAGUUUUAGCAACUCAGACUUAAAUCCGUUUUCAA
...((((((((---(..((((((((((..(((..(((((....)))))..)))...)))))))))).)))))))))((((.(((((.((...)).)))))...))))........ ( -29.10)
>DroEre_CAF1 53396 112 + 1
AAUAAUUGCAA---AAUUAAAUGUGCUACUUAAACCGUUUCCAAGCGGAAUAAAAAGCCUCAUUUAUUUUGCAAUUUGAUAAGUUCUAGCAACCCAGACUUAAAUCCGUUUUCAA
...((((((((---(((.(((((.(((..(((..(((((....)))))..)))..)))..))))))))))))))))...(((((.((........)))))))............. ( -24.40)
>DroYak_CAF1 70526 115 + 1
AAUAAUUGCAAAAAAAUUAAAUGUGCUACUUAAUCCGUUUCCAAAAGGAUUAAAAAGCCUCAUUUACUUUGCAAUUAAAUCGGUCUUAGCCACCCAGACUUAAAUCUGUUUUCAG
..((((((((((.....((((((.(((..(((((((..........)))))))..)))..)))))).))))))))))....(((....)))...((((......))))....... ( -27.00)
>DroAna_CAF1 42750 112 + 1
CUUGAUUGCAAA--AAACAAAUGUGCUAAUUAAACCAUUUUCGAAUGGAAUAAAUAGCAUAAUUGCUUUUUCAAUUUUUUGA-CUCUAGUUUCCUAGACUUAAAUCUGUUUUCAU
...(((((.(((--((.(((.(((((((.(((..(((((....)))))..))).))))))).))).)))))))))).(((((-.(((((....))))).)))))........... ( -25.60)
>consensus
AAUAAUUGCAA___AAUUAAAUGAGCUAAUUAAACCAUUUCCAAAUGGAAUAAAAAGCCUCAUUUACUUUGCAAUUGGAUCAGUUUUAGCAACCCAGACUUAAAUCCGUUUUCAA
..(((((((((......((((((.(((..(((..(((((....)))))..)))..)).).))))))..)))))))))...................................... (-11.36 = -12.03 +   0.67)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	3,596,646 – 3,596,758
Length	112
Sequences	6
Columns	115
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	84.52
Mean single sequence MFE	-31.52
Consensus MFE	-15.83
Energy contribution	-17.05
Covariance contribution	1.22
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-4.13
Structure conservation index	0.50
SVM decision value	0.50
SVM RNA-class probability	0.762076
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3596646 112 - 27905053
UUGAAAACGGAUUUAAGUCUGGGUUGCUAAAACUGAUCCAAUUGCAAAGUAAAUGAGCCUUUUUAUUCCACUUGGAAAUGGUUUAAUUAGCUCAUUUAAUU---UUGCAAUUAUU
.......(((((....)))))((((.....)))).....(((((((((((((((((((.(..(((..(((........)))..)))..))))))))).)))---))))))))... ( -30.50)
>DroSec_CAF1 46933 112 - 1
UUGAAAACGGAUUUAAGUCUGAGUUGCUAAAACUGAUCCAAUUGCAAAGUAAAUGAGCCUUUUUAUUCCAUUUGGAAAUGGUUUAAUUAGCUCAUUUAAUU---UUGCAAUUAUU
.......(((((....)))))((((.....)))).....(((((((((((((((((((.(..(((..(((((....)))))..)))..))))))))).)))---))))))))... ( -32.50)
>DroSim_CAF1 47771 112 - 1
UUGAAAACGGAUUUAAGUCUGAGUUGCUAAAACUGAUCCAAUUGCAAAGUAAAUGAGCCUUUUUAUUCCAUUUGGAAAUGGUUUAAUUAGCUCAUUUAAUU---UUGCAAUUAUU
.......(((((....)))))((((.....)))).....(((((((((((((((((((.(..(((..(((((....)))))..)))..))))))))).)))---))))))))... ( -32.50)
>DroEre_CAF1 53396 112 - 1
UUGAAAACGGAUUUAAGUCUGGGUUGCUAGAACUUAUCAAAUUGCAAAAUAAAUGAGGCUUUUUAUUCCGCUUGGAAACGGUUUAAGUAGCACAUUUAAUU---UUGCAAUUAUU
.............(((((((((....)))).)))))...((((((((((((((((..(((.((((..(((........)))..)))).))).))))).)))---))))))))... ( -30.40)
>DroYak_CAF1 70526 115 - 1
CUGAAAACAGAUUUAAGUCUGGGUGGCUAAGACCGAUUUAAUUGCAAAGUAAAUGAGGCUUUUUAAUCCUUUUGGAAACGGAUUAAGUAGCACAUUUAAUUUUUUUGCAAUUAUU
.......(((((....)))))(((.......)))....(((((((((((((((((..(((.((((((((....(....))))))))).))).))))))....))))))))))).. ( -32.40)
>DroAna_CAF1 42750 112 - 1
AUGAAAACAGAUUUAAGUCUAGGAAACUAGAG-UCAAAAAAUUGAAAAAGCAAUUAUGCUAUUUAUUCCAUUCGAAAAUGGUUUAAUUAGCACAUUUGUUU--UUUGCAAUCAAG
.(((.......(((.(.(((((....))))).-).)))...((((((((((((...(((((.(((..(((((....)))))..))).)))))...))))))--))).)))))).. ( -30.80)
>consensus
UUGAAAACGGAUUUAAGUCUGGGUUGCUAAAACUGAUCCAAUUGCAAAGUAAAUGAGCCUUUUUAUUCCAUUUGGAAAUGGUUUAAUUAGCACAUUUAAUU___UUGCAAUUAUU
.......(((((....)))))..................((((((((..((((((.(.((..(((..(((((....)))))..)))..))).))))))......))))))))... (-15.83 = -17.05 +   1.22)

alignment

secondary structure

dotplot

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