Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,544,464 – 3,544,583 |
Length | 119 |
Max. P | 0.574318 |
Location | 3,544,464 – 3,544,583 |
---|---|
Length | 119 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 97.04 |
Mean single sequence MFE | -38.75 |
Consensus MFE | -33.48 |
Energy contribution | -33.90 |
Covariance contribution | 0.42 |
Combinations/Pair | 1.06 |
Mean z-score | -1.44 |
Structure conservation index | 0.86 |
SVM decision value | 0.08 |
SVM RNA-class probability | 0.574318 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 3544464 119 - 27905053 CAGCAGAGUGUAAGUGCACUCAACGCAGUUAACUGGCUGCGGCGUCUGCGAAGCAAUUUGUGAACGCUCGUCGAGCAUUUAAAACAAUUGGUGCCAAACAAUUACGCGGAGGGUGC-UUU ..(((((((((....))))))..(((((((....))))))).....)))((((((.((((((...((((...)))).........(((((........))))).))))))...)))-))) ( -39.30) >DroSec_CAF1 3397 119 - 1 CAGCAGAGUGUAAGUGCACUCAACGCAGUUAACUGGCUGCGGCGUCUGCGAAGCAAUUUGUGAACGCUCGUCGAGCAUUUAAAACAAUUGGUGCCAAACAAUUACGCGGAGGGUGC-UUU ..(((((((((....))))))..(((((((....))))))).....)))((((((.((((((...((((...)))).........(((((........))))).))))))...)))-))) ( -39.30) >DroSim_CAF1 3567 119 - 1 CAGCGGAGUGUAAGUGCACUCAACGCAGUUAACUGGCUGCGGCGUCUGCGAAGUAAUUUGUGAACGCUCGUCGAGCAUUUAAAACAAUUGGUGCCAAACAAUUACGCGGAGGGUGC-UUU .((((((((((....))))))..(((((((....))))))).(.((((((..........((((.((((...)))).))))....(((((........))))).)))))).).)))-).. ( -38.20) >DroEre_CAF1 3558 119 - 1 CAGCAGAGUGUAAGUGCACUCAGCGCAGUUAACUGGCUGCGGCGUCUGCGAAGCAAUUUGUGAACGCUCGUCGAGCAUUUAAAACAAUUGGUGCCAAACAAUUACGCGGAGGGUGC-UCU ..((.((((((....)))))).))((((((....))))))(((((..(((((....)))))..)))))....((((((((.....(((((........))))).......))))))-)). ( -40.80) >DroYak_CAF1 3805 119 - 1 CAGCAGAGUGUAAGUGCACUCAGCGCAGUUAACUGGCUGCGGAGUCUGGGAAGCAAUUUGUGAACGCUCGUCGAGCAUUUAAAACAAUUGGUGCCAAACAAUUACGCGGAGGGUGC-UUU ((((.((((((....))))))..(((((((....)))))))..).))).((((((.((((((...((((...)))).........(((((........))))).))))))...)))-))) ( -38.30) >DroAna_CAF1 230 120 - 1 CAGCAGAGUGUAAGUGCACUCAGCCAAGUUAACUGGCUGCGGCGUCUGUGAAGCAAUUUGUGAACGCUCGUCGAGCAUUUAAAACAAUUGGUGCCAAACAAUUACGCGGAGGGUGCGUUU .....((((((....))))))(((((.......)))))(((.(.((((((...(((((..((((.((((...)))).))))....)))))((.....)).....)))))).).))).... ( -36.60) >consensus CAGCAGAGUGUAAGUGCACUCAACGCAGUUAACUGGCUGCGGCGUCUGCGAAGCAAUUUGUGAACGCUCGUCGAGCAUUUAAAACAAUUGGUGCCAAACAAUUACGCGGAGGGUGC_UUU ..(((((((((....))))))..(((((((....))))))).(.((((((..........((((.((((...)))).))))....(((((........))))).)))))).).))).... (-33.48 = -33.90 + 0.42)
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