Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,403,432 – 3,403,527 |
Length | 95 |
Max. P | 0.555315 |
Location | 3,403,432 – 3,403,527 |
---|---|
Length | 95 |
Sequences | 6 |
Columns | 104 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 80.86 |
Mean single sequence MFE | -22.22 |
Consensus MFE | -12.83 |
Energy contribution | -12.75 |
Covariance contribution | -0.08 |
Combinations/Pair | 1.16 |
Mean z-score | -1.84 |
Structure conservation index | 0.58 |
SVM decision value | 0.04 |
SVM RNA-class probability | 0.555315 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 3403432 95 - 27905053 AGCCAUUUUACA--AUGUUAAUAU--AUAUUAUUAACAGCUAAUUA--GCUGCAUUGC-CAUAAUUGAUGUGCGCCUCUGCUGU--UAGCCAUGGUGAUGGGGG ..(((((...((--.((((((((.--....))))))))((((((.(--((.....(((-(((.....))).))).....)))))--))))..))..)))))... ( -24.90) >DroSec_CAF1 1580 95 - 1 AGCCAUUUUACA--AUGUUAAUAU--AUAUUAUUAACAGCUAAUUA--GCUGCGAUGC-CAUAAUUGAUGUGCGGCUCUGCUGU--UUGCCAUGGUGAUGGGAG ..(((((...((--..(((((((.--....)))))))(((.....(--(((((.((..-((....))..))))))))..)))..--......))..)))))... ( -22.80) >DroSim_CAF1 12363 78 - 1 AGCCAUUUUACA--AUGUUAAUAU--AUAUUAUUAACAGCUAAUUA--GCUGCGAUGC-CAUAAUUGAUGUGCGGCUCUGUUGU--U----------------- .........(((--(((((((((.--....)))))))........(--(((((.((..-((....))..))))))))..)))))--.----------------- ( -16.30) >DroEre_CAF1 10532 83 - 1 AGCCAUUUUACA--AUGUUAAUAU--AUAUUAUUAACAGCUAAUUA--GCUGCGAUUC-CAUAAUUGAUGUGCGGC--UGCUGU--UAGCCA----------AG ............--.((((((((.--....))))))))((((((((--((((((....-((....))...))))))--))..))--))))..----------.. ( -22.30) >DroYak_CAF1 15760 95 - 1 AGGCAUUCUACA--AUGUUAAUAU--AUAUUAUUAACAGCUAAUUG--GCUGCGAUUC-CAUAUUUGAUGUGCGGCUCUGCUGU--UAGCCAUAGUGAUGGAAG .(((.......(--((((......--)))))..(((((((.....(--((((((....-((....))...)))))))..)))))--)))))............. ( -24.10) >DroPer_CAF1 1748 93 - 1 GGCCAUUUUACAAAAUGUUAAUAUAUAUAUUAUUAACAGCUAAUUAGAGCUGCGAUUCACAUAAUUGAUGUGCGGCAC-GCUUUGAUUGUCGA---G------- (((............((((((((.......))))))))...((((((((((((....(((((.....)))))..))).-))))))))))))..---.------- ( -22.90) >consensus AGCCAUUUUACA__AUGUUAAUAU__AUAUUAUUAACAGCUAAUUA__GCUGCGAUGC_CAUAAUUGAUGUGCGGCUCUGCUGU__UAGCCAU___G_____AG (((............((((((((.......))))))))..........((((((.....((....))...))))))...)))...................... (-12.83 = -12.75 + -0.08)
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