Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,380,019 – 3,380,135 |
Length | 116 |
Max. P | 0.589957 |
Location | 3,380,019 – 3,380,135 |
---|---|
Length | 116 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 84.95 |
Mean single sequence MFE | -37.66 |
Consensus MFE | -23.28 |
Energy contribution | -25.08 |
Covariance contribution | 1.80 |
Combinations/Pair | 1.17 |
Mean z-score | -2.08 |
Structure conservation index | 0.62 |
SVM decision value | 0.11 |
SVM RNA-class probability | 0.589957 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 3380019 116 + 27905053 UUAGUCAUUAGUUGCCUGCGGUUUCGGUUGGUUUAUAUUGAUGACUCUGGUGGGGCUCCAACCAUUUGCUGUCAGGAAUAAGUCACAAGAUGCAUUUGGAAAUGUGCUCC----CACCGC ..((((((((((.(((.((.......)).)))....))))))))))..((((((((.(...(((..(((.(((..((.....))....))))))..)))....).)).))----)))).. ( -36.90) >DroSec_CAF1 8367 115 + 1 UUAGUCAUUAGUUGCCUGCGGUUUCGGUUGGUUUAUAUUGAUGACUCUGGUGG-GCUCCAACCAUUUGCUGUGAGGAAUAAGUCACAAGAUGCAUUUGGAAAUGGGCUCC----CACCGC ..((((((((((.(((.((.......)).)))....))))))))))..(((((-(.((((.(((..((((((((........)))))....)))..)))...))))..))----)))).. ( -39.60) >DroAna_CAF1 17379 109 + 1 UUAGUCAUUAGUUGCCUGUGGUUGUGGUAGGUUUAUAUUGAUGACUCUGGUGGGGUUGAAACCAUUUG-------AACUCAGUCACAAACUGCA----GCAAUGAACUCGAAAGCAACGC ..........((((((((..(((((((..((((((...((.((((((.....))))))....))..))-------))).)..)))).)))..))----)...((....))...))))).. ( -25.00) >DroSim_CAF1 9200 116 + 1 UUAGUCAUUAGUUGCCUGCGGUUUCGGUUGGUUUAUAUUGAUGACUCUGGUGGGGCUCCAACCAUUUGCUGUGAGGAAUAAGUCACAAGAUGCAUUUGGAAAUGGGCUCC----CACCGC ..((((((((((.(((.((.......)).)))....))))))))))..((((((((.(((.(((..((((((((........)))))....)))..)))...))))).))----)))).. ( -43.50) >DroEre_CAF1 8804 116 + 1 UUAGUCAUUAGUUGCCUGUGGUUUUGGUCGGUUUAUAUUGAUGACUCUGGUGGGGUCCCAGCCAUUUGCUGUGUGGAAUAAGACACAGGAUGCAUUUGGAAAUGGUGUCC----CACCUC ..((((((((((.(((.............)))....))))))))))..(((((((..(((.(((..((((.((((........)))).)..)))..)))...)))..)))----)))).. ( -43.32) >consensus UUAGUCAUUAGUUGCCUGCGGUUUCGGUUGGUUUAUAUUGAUGACUCUGGUGGGGCUCCAACCAUUUGCUGUGAGGAAUAAGUCACAAGAUGCAUUUGGAAAUGGGCUCC____CACCGC ..((((((((((.(((..(.(...).)..)))....))))))))))..((((((((((...(((..((((((((........)))))....)))..)))....)))))).....)))).. (-23.28 = -25.08 + 1.80)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:01:24 2006