Locus 1077

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 3,300,397 – 3,300,757
Length 360
Max. P 0.878421
window1740 window1741 window1742 window1743 window1744

overview

Window 0

Location 3,300,397 – 3,300,517
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 96.17
Mean single sequence MFE -62.54
Consensus MFE -59.22
Energy contribution -60.26
Covariance contribution 1.04
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -1.22
Structure conservation index 0.95
SVM decision value 0.56
SVM RNA-class probability 0.782231
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3300397 120 - 27905053
CGGUCAUGCACCCCCGAUCCGUCGCCCCCACCACCCCGCGGAUUCUGGUCUCGACCGGAAGCCGUAUUGGGCGGGGACGGGCGGCGGUCCGGUGCUGAAGCCGGCGACAGUUGCCCGAGU
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>DroSec_CAF1 4912 120 - 1
CGGUCAUGCACCCCCGAUCCGUCGCCCCCUCCACCCCGCGGAUUCCGGUCUCGACCGGUAGCCGUAUUGGGCGGGGACGGGCGGCGGUCCGGUGCUGAAGCCGGCGACAGUUGCCCGAGU
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>DroSim_CAF1 3301 120 - 1
CGGUCAUGCACCCCCGAUCCGUCGCCCCCUCCACCCCGCGGAUUCCGGUCUCGACCGAUAGCCGUAUUGGGCGGGGACGGGCGGCGGUCCGGUGCUGAAGCCGGCGACAGUUGCCCGAGU
.(((...(((((...((.(((((((((.((((.(((.((((....((((....))))....))))...))).))))..))))))))))).)))))....)))(((((...)))))..... ( -59.40)
>DroEre_CAF1 2211 120 - 1
CGGUCACGCACCCCCGAUCCGUCGCCCCCUCCGCCCCGCGUAGUCCGGUCUCGACCGGGAGCCGUAUUGGGCGGGGACGGGCGGCGGUCCGGUGCUGAAGCCGGCGACAGUUGCCCGAGU
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>DroYak_CAF1 7927 120 - 1
CGGUCACGCACCCCCGAUCCGUCGCCCCCUCCACCCCUCGGAUUUCGGUCUCGACCGGGAGCCGUAUUGGGCGGGGACGGGCGGCGGUCCGGUGCUGAAGCCGGCGACAGUUGCCCGAGU
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>consensus
CGGUCAUGCACCCCCGAUCCGUCGCCCCCUCCACCCCGCGGAUUCCGGUCUCGACCGGGAGCCGUAUUGGGCGGGGACGGGCGGCGGUCCGGUGCUGAAGCCGGCGACAGUUGCCCGAGU
.(((((.(((((...((.(((((((((.((((.(((.((((.(((((((....))))))).))))...))).))))..))))))))))).)))))))..)))(((((...)))))..... (-59.22 = -60.26 +   1.04)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 3,300,517 – 3,300,637
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 97.67
Mean single sequence MFE -45.30
Consensus MFE -40.90
Energy contribution -40.66
Covariance contribution -0.24
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.30
Structure conservation index 0.90
SVM decision value 0.16
SVM RNA-class probability 0.614406
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3300517 120 + 27905053
UGCGUCGACCGCCGGAUAACCCGUCGUCAUCCAGUGGAAGGCAGCGGAAAGCCGAUCCGAACGAGGAGCCACGGCAACGCCAGGCAGAAUUACUGGGAAACACAAAGGUGUGACGGAGGG
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>DroSec_CAF1 5032 120 + 1
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>DroSim_CAF1 3421 120 + 1
UGCGUCGACCGCCGGAUAACCCGUCGUCAUCCAGUGGAAGGCAGCGGAAAGCCGAUCCGAACGAGGAGCCACGGCAACGCCAGGCAGAAUUACUGGGAAACACAAAGGUGUGACGGAGGG
.(((.....))).......(((..((((.((((((((...((.(((....((((.(((......)))....))))..)))...))....))))))))..((((....))))))))..))) ( -42.70)
>DroEre_CAF1 2331 120 + 1
UGCGUCGACCGCCGGAUAACCCGUCGUUGUCCGGCGGAAGGCAGCGGAAAGCCGAUCCGGACGAGGAGCCACGGCAACGCCAGGCAGAAUUACUGGGAAACACAAAGGUGUGACGGAGGG
...((((.((((((((((((.....))))))))))))..(((..(((....))).(((......)))))).)))).(((((...(((.....)))(....).....)))))......... ( -49.90)
>DroYak_CAF1 8047 120 + 1
UGCGUCGACCGCCGGAUAACCCGUCGUUGUCCGGCGGAAGGCAGCGGAAAGCCGAUCCGAACGAGGAGCCACGGCAACGCCAGGCAGAAUUACUGGGAAACACAAAGGUGUGACGGAGGG
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>consensus
UGCGUCGACCGCCGGAUAACCCGUCGUCAUCCAGCGGAAGGCAGCGGAAAGCCGAUCCGAACGAGGAGCCACGGCAACGCCAGGCAGAAUUACUGGGAAACACAAAGGUGUGACGGAGGG
..(((((((((((((.....((((.(((.(((...))).))).))))...((((.(((......)))....))))....)).)))........(((....).))..))).)))))..... (-40.90 = -40.66 +  -0.24)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 3,300,557 – 3,300,677
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 99.67
Mean single sequence MFE -39.60
Consensus MFE -39.60
Energy contribution -39.60
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.42
Structure conservation index 1.00
SVM decision value 0.70
SVM RNA-class probability 0.827855
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3300557 120 + 27905053
GCAGCGGAAAGCCGAUCCGAACGAGGAGCCACGGCAACGCCAGGCAGAAUUACUGGGAAACACAAAGGUGUGACGGAGGGUCGGCUCUGAACAGAUCUGAUAAGCAGAUGCAGUUACCUG
((..((((..((((((((...((....((....)).(((((...(((.....)))(....).....)))))..))..)))))))))))).....(((((.....)))))))......... ( -39.60)
>DroSec_CAF1 5072 120 + 1
GCAGCGGAAAGCCGAUCCGAACGAGGAGCCACGGCAACGCCAGGCAGAAUUACUGGGAAACACAAAGGUGUGACGGAGGGUCGGCUCUGAACAGAUCUGAUAAGCAGAUGCAGUUACCUG
((..((((..((((((((...((....((....)).(((((...(((.....)))(....).....)))))..))..)))))))))))).....(((((.....)))))))......... ( -39.60)
>DroSim_CAF1 3461 120 + 1
GCAGCGGAAAGCCGAUCCGAACGAGGAGCCACGGCAACGCCAGGCAGAAUUACUGGGAAACACAAAGGUGUGACGGAGGGUCGGCUCUGAACAGAUCUGAUAAGCAGAUGCAGUUACCUG
((..((((..((((((((...((....((....)).(((((...(((.....)))(....).....)))))..))..)))))))))))).....(((((.....)))))))......... ( -39.60)
>DroEre_CAF1 2371 120 + 1
GCAGCGGAAAGCCGAUCCGGACGAGGAGCCACGGCAACGCCAGGCAGAAUUACUGGGAAACACAAAGGUGUGACGGAGGGUCGGCUCUGAACAGAUCUGAUAAGCAGAUGCAGUUACCUG
((..((((..((((((((...((....((....)).(((((...(((.....)))(....).....)))))..))..)))))))))))).....(((((.....)))))))......... ( -39.60)
>DroYak_CAF1 8087 120 + 1
GCAGCGGAAAGCCGAUCCGAACGAGGAGCCACGGCAACGCCAGGCAGAAUUACUGGGAAACACAAAGGUGUGACGGAGGGUCGGCUCUGAACAGAUCUGAUAAGCAGAUGCAGUUACCUG
((..((((..((((((((...((....((....)).(((((...(((.....)))(....).....)))))..))..)))))))))))).....(((((.....)))))))......... ( -39.60)
>consensus
GCAGCGGAAAGCCGAUCCGAACGAGGAGCCACGGCAACGCCAGGCAGAAUUACUGGGAAACACAAAGGUGUGACGGAGGGUCGGCUCUGAACAGAUCUGAUAAGCAGAUGCAGUUACCUG
((..((((..((((((((...((....((....)).(((((...(((.....)))(....).....)))))..))..)))))))))))).....(((((.....)))))))......... (-39.60 = -39.60 +   0.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 3,300,597 – 3,300,717
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 100.00
Mean single sequence MFE -30.00
Consensus MFE -30.00
Energy contribution -30.00
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.34
Structure conservation index 1.00
SVM decision value 0.28
SVM RNA-class probability 0.664326
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3300597 120 - 27905053
GAAGUGUAUUCUGUGAUUGUUCUGUACAUUGAUCGAUAUUCAGGUAACUGCAUCUGCUUAUCAGAUCUGUUCAGAGCCGACCCUCCGUCACACCUUUGUGUUUCCCAGUAAUUCUGCCUG
((((..((...(((((..((((((.(((..((((((((..(((((......)))))..)))).))))))).))))))((......)))))))....))..)))).(((.....))).... ( -30.00)
>DroSec_CAF1 5112 120 - 1
GAAGUGUAUUCUGUGAUUGUUCUGUACAUUGAUCGAUAUUCAGGUAACUGCAUCUGCUUAUCAGAUCUGUUCAGAGCCGACCCUCCGUCACACCUUUGUGUUUCCCAGUAAUUCUGCCUG
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>DroSim_CAF1 3501 120 - 1
GAAGUGUAUUCUGUGAUUGUUCUGUACAUUGAUCGAUAUUCAGGUAACUGCAUCUGCUUAUCAGAUCUGUUCAGAGCCGACCCUCCGUCACACCUUUGUGUUUCCCAGUAAUUCUGCCUG
((((..((...(((((..((((((.(((..((((((((..(((((......)))))..)))).))))))).))))))((......)))))))....))..)))).(((.....))).... ( -30.00)
>DroEre_CAF1 2411 120 - 1
GAAGUGUAUUCUGUGAUUGUUCUGUACAUUGAUCGAUAUUCAGGUAACUGCAUCUGCUUAUCAGAUCUGUUCAGAGCCGACCCUCCGUCACACCUUUGUGUUUCCCAGUAAUUCUGCCUG
((((..((...(((((..((((((.(((..((((((((..(((((......)))))..)))).))))))).))))))((......)))))))....))..)))).(((.....))).... ( -30.00)
>DroYak_CAF1 8127 120 - 1
GAAGUGUAUUCUGUGAUUGUUCUGUACAUUGAUCGAUAUUCAGGUAACUGCAUCUGCUUAUCAGAUCUGUUCAGAGCCGACCCUCCGUCACACCUUUGUGUUUCCCAGUAAUUCUGCCUG
((((..((...(((((..((((((.(((..((((((((..(((((......)))))..)))).))))))).))))))((......)))))))....))..)))).(((.....))).... ( -30.00)
>consensus
GAAGUGUAUUCUGUGAUUGUUCUGUACAUUGAUCGAUAUUCAGGUAACUGCAUCUGCUUAUCAGAUCUGUUCAGAGCCGACCCUCCGUCACACCUUUGUGUUUCCCAGUAAUUCUGCCUG
((((..((...(((((..((((((.(((..((((((((..(((((......)))))..)))).))))))).))))))((......)))))))....))..)))).(((.....))).... (-30.00 = -30.00 +   0.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 3,300,637 – 3,300,757
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 90.58
Mean single sequence MFE -31.50
Consensus MFE -24.56
Energy contribution -24.16
Covariance contribution -0.40
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.95
Structure conservation index 0.78
SVM decision value 0.90
SVM RNA-class probability 0.878421
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3300637 120 - 27905053
AAUACUCGUAUAAAUACGAUAUCUGCUUCCCGUUACUUCGGAAGUGUAUUCUGUGAUUGUUCUGUACAUUGAUCGAUAUUCAGGUAACUGCAUCUGCUUAUCAGAUCUGUUCAGAGCCGA
((((((((((....))))).....((((((.(......))))))))))))........((((((.(((..((((((((..(((((......)))))..)))).))))))).))))))... ( -32.10)
>DroSec_CAF1 5152 120 - 1
AUUUCUCGUAUAAAUACGACAGCUGCUUGUUGUUUUCUCGGAAGUGUAUUCUGUGAUUGUUCUGUACAUUGAUCGAUAUUCAGGUAACUGCAUCUGCUUAUCAGAUCUGUUCAGAGCCGA
.....(((((....)))))((((.....))))...((.(((((.....))))).))..((((((.(((..((((((((..(((((......)))))..)))).))))))).))))))... ( -32.00)
>DroSim_CAF1 3541 120 - 1
AUUGCUCGUAUAAAUACAACAGCUGCUUGAUAUUUCCUCGGAAGUGUAUUCUGUGAUUGUUCUGUACAUUGAUCGAUAUUCAGGUAACUGCAUCUGCUUAUCAGAUCUGUUCAGAGCCGA
...(((((((((...((((..((......(((((((....))))))).....))..))))..)))))...((((((((..(((((......)))))..)))).))))......))))... ( -31.80)
>DroEre_CAF1 2451 120 - 1
AUGGGUAGUAUAAAUACGACACCGGCUUCCUUUUUACUCGGAAGUGUAUUCUGUGAUUGUUCUGUACAUUGAUCGAUAUUCAGGUAACUGCAUCUGCUUAUCAGAUCUGUUCAGAGCCGA
.(((((.(((....))).)).)))((((((.........)))))).............((((((.(((..((((((((..(((((......)))))..)))).))))))).))))))... ( -31.80)
>DroYak_CAF1 8167 120 - 1
UUUUCUCGUAUAAAUGCAACACAAGCUUUACAGUUAUUCGGAAGUGUAUUCUGUGAUUGUUCUGUACAUUGAUCGAUAUUCAGGUAACUGCAUCUGCUUAUCAGAUCUGUUCAGAGCCGA
.....(((...................((((((.(((.(....).)))..))))))..((((((.(((..((((((((..(((((......)))))..)))).))))))).))))))))) ( -29.80)
>consensus
AUUGCUCGUAUAAAUACGACACCUGCUUCAUAUUUACUCGGAAGUGUAUUCUGUGAUUGUUCUGUACAUUGAUCGAUAUUCAGGUAACUGCAUCUGCUUAUCAGAUCUGUUCAGAGCCGA
.......(((....)))...................(.(((((.....))))).)...((((((.(((..((((((((..(((((......)))))..)))).))))))).))))))... (-24.56 = -24.16 +  -0.40)

alignment

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secondary structure

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