Locus 1054

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 3,269,867 – 3,269,958
Length 91
Max. P 0.935459
window1705 window1706

overview

Window 5

Location 3,269,867 – 3,269,958
Length 91
Sequences 6
Columns 112
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.74
Mean single sequence MFE -27.99
Consensus MFE -15.49
Energy contribution -15.35
Covariance contribution -0.14
Combinations/Pair 1.25
Mean z-score -2.18
Structure conservation index 0.55
SVM decision value 0.83
SVM RNA-class probability 0.860481
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3269867 91 + 27905053
-----------AGUGUGCGGAU----C--CAGCAGCAGCAUUAAAAAUCGCUUUU-ACAAAUGGUGCCAUAAGCUCUUAGGCAAACUUUUAAUGUGCACACACACAC--AC-
-----------.(((((((...----.--).......(((((((((...(((...-......)))(((.(((....))))))....)))))))))))))))......--..- ( -21.20)
>DroVir_CAF1 23520 107 + 1
-UGCGGAUG--ACUGUGAGGGUUGAGUUUUUGAAGCUGCAUUAAAAAUCGCUUUUAACAAAUGGCGCCAUAAGCUCUUAGGCAAACUUUUAAUGUGCAUGCUUAC--ACACG
-........--..((((((.((..((((.....))))(((((((((...(((..........)))(((.(((....))))))....)))))))))..)).)))))--).... ( -20.40)
>DroPse_CAF1 33945 106 + 1
GUGUGUCUG--UAUGUGUGGAU----AUAUCGUGGCAGCAUUAAAAAUCGCUUUUAACAAAUGGUGCCAUAAGCUCUUAGGCAAACUUUUAAUGUGCACACAUACUAGCACA
.(((((..(--((((((((.((----((...((((((.((((.................)))).))))))..(((....))).........)))).)))))))))..))))) ( -36.93)
>DroMoj_CAF1 28682 104 + 1
-UU---UUG--GCUGUGAGGGUUGAGUUUUUGAAGCUGCAUUAAAAAUCGCUUUUAACAAAUGGCGCCAUAAGCUCUUAGGCAAACUUUUAAUGUGCACGCACCC--ACACA
-..---...--...(((.((((((((((.....))))(((((((((...(((..........)))(((.(((....))))))....)))))))))...)).))))--.))). ( -24.20)
>DroAna_CAF1 29701 105 + 1
-AUUCUAUGUGUGUGUGAGGAU----C--UCGCAGCAGCAUUAAAAAUCGCUUUUAACAAAUGGUGCCAUAAGCUCUUAGGCAAACUUUUAAUGUGCACACACAGCGACACA
-..((..((((((((((((...----)--)))).(((.((((((((...(((..........)))(((.(((....))))))....))))))))))))))))))..)).... ( -27.60)
>DroPer_CAF1 23129 106 + 1
GUGUGUCUG--UAUGUGUGGAU----AUAUCGUGGCAGCAUUAAAAAUCGCUUUUAACAAAUGGUGCCAUAAGCUCUUAGGCAAACUUUUAAUGUGCACACAUACUCGCACA
(((((...(--((((((((.((----((...((((((.((((.................)))).))))))..(((....))).........)))).))))))))).))))). ( -37.63)
>consensus
_UGUGUAUG__UAUGUGAGGAU____AU_UCGAAGCAGCAUUAAAAAUCGCUUUUAACAAAUGGUGCCAUAAGCUCUUAGGCAAACUUUUAAUGUGCACACACAC__ACACA
...........((((((..((........))...((.(((((((((...(((..........)))(((.(((....))))))....))))))))))).))))))........ (-15.49 = -15.35 +  -0.14) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 3,269,867 – 3,269,958
Length 91
Sequences 6
Columns 112
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.74
Mean single sequence MFE -27.33
Consensus MFE -17.50
Energy contribution -17.87
Covariance contribution 0.36
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -2.18
Structure conservation index 0.64
SVM decision value 1.24
SVM RNA-class probability 0.935459
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3269867 91 - 27905053
-GU--GUGUGUGUGUGCACAUUAAAAGUUUGCCUAAGAGCUUAUGGCACCAUUUGU-AAAAGCGAUUUUUAAUGCUGCUGCUG--G----AUCCGCACACU-----------
-((--(((((.(.((((((((((((((((.((......((..(((....)))..))-....))))))))))))).))).))..--.----..)))))))).----------- ( -25.50)
>DroVir_CAF1 23520 107 - 1
CGUGU--GUAAGCAUGCACAUUAAAAGUUUGCCUAAGAGCUUAUGGCGCCAUUUGUUAAAAGCGAUUUUUAAUGCAGCUUCAAAAACUCAACCCUCACAGU--CAUCCGCA-
.((.(--(.((((.((((..(((((((((.((.....(((..(((....)))..)))....)))))))))))))))))))))...))..............--........- ( -21.00)
>DroPse_CAF1 33945 106 - 1
UGUGCUAGUAUGUGUGCACAUUAAAAGUUUGCCUAAGAGCUUAUGGCACCAUUUGUUAAAAGCGAUUUUUAAUGCUGCCACGAUAU----AUCCACACAUA--CAGACACAC
((((((.((((((((((((((((((((((.((.....(((..(((....)))..)))....))))))))))))).)))...((...----.)).)))))))--))).)))). ( -31.60)
>DroMoj_CAF1 28682 104 - 1
UGUGU--GGGUGCGUGCACAUUAAAAGUUUGCCUAAGAGCUUAUGGCGCCAUUUGUUAAAAGCGAUUUUUAAUGCAGCUUCAAAAACUCAACCCUCACAGC--CAA---AA-
((((.--(((((.((((.(((((((((((.((.....(((..(((....)))..)))....)))))))))))))..)).......)).).)))).))))..--...---..- ( -25.71)
>DroAna_CAF1 29701 105 - 1
UGUGUCGCUGUGUGUGCACAUUAAAAGUUUGCCUAAGAGCUUAUGGCACCAUUUGUUAAAAGCGAUUUUUAAUGCUGCUGCGA--G----AUCCUCACACACACAUAGAAU-
.......((((((((((((((((((((((.((.....(((..(((....)))..)))....))))))))))))).)))((.((--(----...))).)).))))))))...- ( -30.00)
>DroPer_CAF1 23129 106 - 1
UGUGCGAGUAUGUGUGCACAUUAAAAGUUUGCCUAAGAGCUUAUGGCACCAUUUGUUAAAAGCGAUUUUUAAUGCUGCCACGAUAU----AUCCACACAUA--CAGACACAC
(((((..((((((((((((((((((((((.((.....(((..(((....)))..)))....))))))))))))).)))...((...----.)).)))))))--).).)))). ( -30.20)
>consensus
UGUGU__GUAUGUGUGCACAUUAAAAGUUUGCCUAAGAGCUUAUGGCACCAUUUGUUAAAAGCGAUUUUUAAUGCUGCUACGA_AA____AUCCUCACACA__CAGACACA_
...........(((.((((((((((((((.((.....(((..(((....)))..)))....))))))))))))).))))))............................... (-17.50 = -17.87 +   0.36) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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