Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,269,867 – 3,269,958 |
Length | 91 |
Max. P | 0.935459 |
Location | 3,269,867 – 3,269,958 |
---|---|
Length | 91 |
Sequences | 6 |
Columns | 112 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 78.74 |
Mean single sequence MFE | -27.99 |
Consensus MFE | -15.49 |
Energy contribution | -15.35 |
Covariance contribution | -0.14 |
Combinations/Pair | 1.25 |
Mean z-score | -2.18 |
Structure conservation index | 0.55 |
SVM decision value | 0.83 |
SVM RNA-class probability | 0.860481 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 3269867 91 + 27905053 -----------AGUGUGCGGAU----C--CAGCAGCAGCAUUAAAAAUCGCUUUU-ACAAAUGGUGCCAUAAGCUCUUAGGCAAACUUUUAAUGUGCACACACACAC--AC- -----------.(((((((...----.--).......(((((((((...(((...-......)))(((.(((....))))))....)))))))))))))))......--..- ( -21.20) >DroVir_CAF1 23520 107 + 1 -UGCGGAUG--ACUGUGAGGGUUGAGUUUUUGAAGCUGCAUUAAAAAUCGCUUUUAACAAAUGGCGCCAUAAGCUCUUAGGCAAACUUUUAAUGUGCAUGCUUAC--ACACG -........--..((((((.((..((((.....))))(((((((((...(((..........)))(((.(((....))))))....)))))))))..)).)))))--).... ( -20.40) >DroPse_CAF1 33945 106 + 1 GUGUGUCUG--UAUGUGUGGAU----AUAUCGUGGCAGCAUUAAAAAUCGCUUUUAACAAAUGGUGCCAUAAGCUCUUAGGCAAACUUUUAAUGUGCACACAUACUAGCACA .(((((..(--((((((((.((----((...((((((.((((.................)))).))))))..(((....))).........)))).)))))))))..))))) ( -36.93) >DroMoj_CAF1 28682 104 + 1 -UU---UUG--GCUGUGAGGGUUGAGUUUUUGAAGCUGCAUUAAAAAUCGCUUUUAACAAAUGGCGCCAUAAGCUCUUAGGCAAACUUUUAAUGUGCACGCACCC--ACACA -..---...--...(((.((((((((((.....))))(((((((((...(((..........)))(((.(((....))))))....)))))))))...)).))))--.))). ( -24.20) >DroAna_CAF1 29701 105 + 1 -AUUCUAUGUGUGUGUGAGGAU----C--UCGCAGCAGCAUUAAAAAUCGCUUUUAACAAAUGGUGCCAUAAGCUCUUAGGCAAACUUUUAAUGUGCACACACAGCGACACA -..((..((((((((((((...----)--)))).(((.((((((((...(((..........)))(((.(((....))))))....))))))))))))))))))..)).... ( -27.60) >DroPer_CAF1 23129 106 + 1 GUGUGUCUG--UAUGUGUGGAU----AUAUCGUGGCAGCAUUAAAAAUCGCUUUUAACAAAUGGUGCCAUAAGCUCUUAGGCAAACUUUUAAUGUGCACACAUACUCGCACA (((((...(--((((((((.((----((...((((((.((((.................)))).))))))..(((....))).........)))).))))))))).))))). ( -37.63) >consensus _UGUGUAUG__UAUGUGAGGAU____AU_UCGAAGCAGCAUUAAAAAUCGCUUUUAACAAAUGGUGCCAUAAGCUCUUAGGCAAACUUUUAAUGUGCACACACAC__ACACA ...........((((((..((........))...((.(((((((((...(((..........)))(((.(((....))))))....))))))))))).))))))........ (-15.49 = -15.35 + -0.14)
Location | 3,269,867 – 3,269,958 |
---|---|
Length | 91 |
Sequences | 6 |
Columns | 112 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 78.74 |
Mean single sequence MFE | -27.33 |
Consensus MFE | -17.50 |
Energy contribution | -17.87 |
Covariance contribution | 0.36 |
Combinations/Pair | 1.12 |
Mean z-score | -2.18 |
Structure conservation index | 0.64 |
SVM decision value | 1.24 |
SVM RNA-class probability | 0.935459 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 3269867 91 - 27905053 -GU--GUGUGUGUGUGCACAUUAAAAGUUUGCCUAAGAGCUUAUGGCACCAUUUGU-AAAAGCGAUUUUUAAUGCUGCUGCUG--G----AUCCGCACACU----------- -((--(((((.(.((((((((((((((((.((......((..(((....)))..))-....))))))))))))).))).))..--.----..)))))))).----------- ( -25.50) >DroVir_CAF1 23520 107 - 1 CGUGU--GUAAGCAUGCACAUUAAAAGUUUGCCUAAGAGCUUAUGGCGCCAUUUGUUAAAAGCGAUUUUUAAUGCAGCUUCAAAAACUCAACCCUCACAGU--CAUCCGCA- .((.(--(.((((.((((..(((((((((.((.....(((..(((....)))..)))....)))))))))))))))))))))...))..............--........- ( -21.00) >DroPse_CAF1 33945 106 - 1 UGUGCUAGUAUGUGUGCACAUUAAAAGUUUGCCUAAGAGCUUAUGGCACCAUUUGUUAAAAGCGAUUUUUAAUGCUGCCACGAUAU----AUCCACACAUA--CAGACACAC ((((((.((((((((((((((((((((((.((.....(((..(((....)))..)))....))))))))))))).)))...((...----.)).)))))))--))).)))). ( -31.60) >DroMoj_CAF1 28682 104 - 1 UGUGU--GGGUGCGUGCACAUUAAAAGUUUGCCUAAGAGCUUAUGGCGCCAUUUGUUAAAAGCGAUUUUUAAUGCAGCUUCAAAAACUCAACCCUCACAGC--CAA---AA- ((((.--(((((.((((.(((((((((((.((.....(((..(((....)))..)))....)))))))))))))..)).......)).).)))).))))..--...---..- ( -25.71) >DroAna_CAF1 29701 105 - 1 UGUGUCGCUGUGUGUGCACAUUAAAAGUUUGCCUAAGAGCUUAUGGCACCAUUUGUUAAAAGCGAUUUUUAAUGCUGCUGCGA--G----AUCCUCACACACACAUAGAAU- .......((((((((((((((((((((((.((.....(((..(((....)))..)))....))))))))))))).)))((.((--(----...))).)).))))))))...- ( -30.00) >DroPer_CAF1 23129 106 - 1 UGUGCGAGUAUGUGUGCACAUUAAAAGUUUGCCUAAGAGCUUAUGGCACCAUUUGUUAAAAGCGAUUUUUAAUGCUGCCACGAUAU----AUCCACACAUA--CAGACACAC (((((..((((((((((((((((((((((.((.....(((..(((....)))..)))....))))))))))))).)))...((...----.)).)))))))--).).)))). ( -30.20) >consensus UGUGU__GUAUGUGUGCACAUUAAAAGUUUGCCUAAGAGCUUAUGGCACCAUUUGUUAAAAGCGAUUUUUAAUGCUGCUACGA_AA____AUCCUCACACA__CAGACACA_ ...........(((.((((((((((((((.((.....(((..(((....)))..)))....))))))))))))).))))))............................... (-17.50 = -17.87 + 0.36)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:59:24 2006